病理的组织形态学评估是诊断炎症性肠病（inflammatory bowel disease，IBD）的基础。事实上，IBD是排除特异性结肠炎之后的诊断，需结合临床病史、临床评估、实验室检查以及典型的内镜、影像学和组织病理学特征。本章主要讨论IBD的规范化取材、病理报告格式、典型病理学特征及鉴别诊断。

IBD病理诊断的标本包括两大类，一类是肠道黏膜活检（biopsy）标本，主要见于临床或内镜考虑为结肠炎性改变的病例，病理主要在于疾病诊断、分类、异型增生分级及排除其他疾病；另一类是手术切除（resection）标本，多见于临床出现并发症或疑为癌变的病例。

相关的诊断术语和定义：①活动性结肠炎（active colitis）指黏膜固有层内见中性粒细胞浸润，可出现在隐窝上皮内（隐窝炎），或出现在隐窝腔内形成小脓肿（隐窝脓肿）。中性粒细胞局限于黏膜血管系统内不是活动性结肠炎的特征。②局灶性活动性结肠炎（focal active colitis，FAC）用于描述无IBD病史或内镜下无异常发现的患者，组织学上仅见灶性急性炎性细胞浸润。常见于急性自限性结肠炎（acute selflim ited colitis），也可能是特发性IBD（idiopathic IBD）的早期表现。③慢性结肠炎（chronic colitis）的诊断主要基于黏膜结构的改变，例如黏膜表面呈“绒毛状”外观，隐窝破坏、萎缩或变短，出现分支。隐窝变短的多数原因在于基底慢性炎性细胞的浸润（基底浆细胞增多），使得隐窝基底和黏膜肌表面间距离增宽。

1.建议多部位取材，推荐至少5个部位（包括直肠和末段回肠），每个部位不少于2个活检。

2.离体后，应由内镜医师及时将活检黏膜组织基底面粘附于滤纸上，立即浸泡于10%中性甲醛溶液中固定。

3.描述送检组织的大小（直径）及数目，如果多于3粒，测量总的大小；如果少于3粒，分别测量其大小。

4.建议每个蜡块包埋2粒组织，且每个蜡块最大面连续切片（6片）。

描述肠管类型，检查外观，是否存在脂肪缠绕或瘘管；剪开肠管，记录黏膜面改变（裂隙状/阿弗他溃疡，息肉样隆起），仔细查看任何可疑癌变的区域，尤其是长期UC标本；观察切缘是否累及，切缘存在溃疡，提示复发的几率为100%。推荐每隔10cm连续取材，包括肉眼观正常和异常黏膜，以便判断病变是否连续。黏膜面任何隆起、息肉状或颗粒状疑为癌变部位均需全部取材。发生癌变，取材方式与肠癌相同，记录肿瘤的特征，包括大体类型（蕈伞型、溃疡型、浸润型）、部位、大小、浸润深度、浸润范围。建议取材方向平行于肠腔（图1-3-1）。

淋巴结取材按淋巴引流方向进行，记录数量、大小、有无融合；包埋所有检出的淋巴结，较大者须剖开包埋。

对于活检标本，作出IBD的诊断是一个难点，建议从上皮及隐窝、黏膜固有膜、黏膜肌及黏膜下层三方面仔细阅片（表1-3-1）。

上皮及隐窝结构的改变是鉴别UC和CD的关键，包括黏膜表面是否规则（绒毛状/平坦），隐窝结构是否正常（分支/扭曲/萎缩/数量减少），上皮是否改变（潘氏细胞化生/幽门腺化生/阿弗他溃疡/黏液分泌减少）等。

固有膜内炎性细胞浸润是判断IBD活动度的基础（表1-3-2），尤其对于UC具有重要的临床意义，可辅助性评估疾病分期（黏膜修复和疾病缓解），预测异常增生的风险。显微镜下观察炎症分布特点（局灶性/片状/弥漫性），分布密度是否均匀，炎性细胞类型（淋巴细胞/浆细胞/中性粒细胞）等。隐窝基底部淋巴细胞及浆细胞聚集是UC的典型特征，而非干酪样肉芽肿是CD的典型特征。

包括黏膜肌厚度及结构，神经节及神经束数量；如果出现较多炎性细胞浸润、淋巴管扩张、神经节细胞增生等，提示CD可能。

病理诊断意见需结合临床及内镜，如明确诊断，建议使用“诊断为UC/CD”；如镜下特征不典型，建议使用“考虑为UC/CD可能性大”；如无上述改变，而临床和内镜高度怀疑，建议使用“不能排除UC/CD”。

病变累及范围（回肠/结肠/直肠/肛管），病变分布（弥漫性/节段性），其他病变特征（溃疡/假性息肉/铺路石样/深在裂沟/瘘管/肠腔狭窄/脂肪缠绕），远近切缘是否累及。

黏膜层及黏膜下层改变同活检标本，其他特征如下文所述。

UC是以左半结肠病变为特点，起始于乙状结肠和直肠。部分病例病变仅局限于直肠，称为溃疡性直肠炎（proctitis），但是大多数病例可延伸至降结肠，甚至整个结肠，称为全结肠炎（pancolitis）。

鉴于UC病程长及急性发作的本质，病理诊断避免使用“急性（acute）”和“慢性（chronic）”，建议采用“活动期（active）”、“消退期（resolving）”和“静止期（quiescent）”。

UC的大体特征取决于疾病发展的阶段。在活动期，结肠黏膜表面充血、水肿，常见点状出血。随着疾病的进展，黏膜面出现不规则、大小不等的溃疡。部分溃疡向下侵蚀黏膜，边缘上皮增生形成黏膜桥，黏膜桥下面炎性细胞浸润。溃疡周围可见隆起的无蒂红色结节，貌似息肉样，称为假性息肉（图1-3-2），实质为肉芽组织和水肿的黏膜，这些息肉通常小且多发。在疾病进展期，整个肠壁出现纤维变性、缩窄和变短。炎症引起的瘢痕狭窄经常导致临床和影像学误诊为癌。结肠切除之前的回肠造口术或结肠造口术会加重肠腔的狭窄，引起肠壁全层及肠周脂肪的萎缩。在静止期，溃疡消失，黏膜萎缩，黏膜下层脂肪沉积。

UC病变主要局限于黏膜及黏膜下层，是一种慢性间断性病变。组织学的两大特点是隐窝结构的改变及炎性细胞的浸润。然而，疾病的进展及治疗会影响组织学的改变，因此临床医生须提供详细的信息，包括患者的年龄、性别、病程、内镜改变、治疗措施、并发症及临床诊断等。

1）活动期（active phase）：内镜下黏膜的改变对于病理诊断非常有帮助，包括：黏膜失去典型的血管特征，呈颗粒状、脆变，无典型的溃疡改变。

上皮及隐窝：隐窝是疾病主要累及的部位。隐窝最初表现为延长，黏膜表面呈现高低起伏或低矮的绒毛状改变；进一步表现为隐窝正常结构的消失，表现为隐窝分支和扭曲（图1-3-3），伴随急性和慢性炎性细胞的浸润。黏膜杯状细胞显著减少。上皮细胞表现为不同程度的再生和变性，有丝分裂增加。随着疾病的进展，隐窝变短，表现为萎缩。

任何原因引发的溃疡，黏膜均可表现为上皮内腺体的不规则改变，伴随再生。然而，隐窝上皮及结构的破坏是UC独特的组织学特征，因此证实隐窝的扭曲是诊断UC的特征性病变。

黏膜固有膜：活动期，UC的特征性表现为大量急性和慢性炎性细胞浸润黏膜固有膜。疾病始发阶段局限于固有层的下1/3，尤其出现隐窝基底的浆细胞增多；很快浆细胞、淋巴细胞（大多数为活化的T淋巴细胞）、中性粒细胞及少量的其他炎性细胞均匀分布于整个活检标本的间质。中性粒细胞主要浸润表面上皮、隐窝上皮内和管腔中，表现为隐窝炎和隐窝脓肿（图1-3-4）。另外可看到嗜酸性粒细胞和肥大细胞的浸润，但均不具代表性。同时，出现毛细血管充血和水肿，黏膜层变厚，使得黏膜呈现高低起伏绒毛状的外观，成为内镜下肠道黏膜脆变和易出血的主要原因。

黏膜肌及黏膜下层：黏膜下层会出现少量炎性细胞浸润。如果黏膜下层出现大量的炎性细胞浸润，需考虑如下两点：①诊断错误，如果炎症分布不均匀，则考虑为CD；②活检标本取材于严重溃疡的邻近区域。黏膜肌增厚，一般只出现于病程长的病例。

总之，显微镜下看到杯状细胞减少，大量浆细胞、淋巴细胞和多形性中性粒细胞浸润，隐窝脓肿和黏膜表面绒毛状高低起伏的外观，首先考虑是UC。然后，由于此期处于疾病的早期，尚需要排除急性自限性肠炎、CD、隐窝相关的巨噬细胞和隐窝相关的肉芽肿。

2）消退期（resolving phase）：消退期，杯状细胞数量恢复正常，表面上皮恢复至正常的外观。但是隐窝结构依然是破坏的，表现为萎缩、变短和分支。黏膜固有层内中性粒细胞和慢性炎性细胞减少，尤其是中性粒细胞减少明显，仅见个别隐窝脓肿，局灶性浆细胞和淋巴细胞浸润（图1-3-5）。如果在消退期第一次取活检标本，须慎重作出UC的诊断。

3）静止期（the phase of rem ission）

上皮及隐窝：静止期，黏膜萎缩是其特异性改变，黏膜变薄，隐窝变短和变粗。在黏膜肌表面和隐窝基底出现大的间隙。隐窝数量减少，表面上皮细胞内杯状细胞正常。隐窝内出现潘氏细胞化生，并非UC的特异性标记，仅提示慢性损害。

黏膜固有层：静止期，固有层内仅出现慢性炎性细胞的浸润，无中性粒细胞的浸润。浆细胞和淋巴细胞的数量显著减少。原因可能是类固醇药物的影响，或是疾病发展的结果。黏膜肌表面和隐窝基底间隔内见纤维组织的增生，是对先前损伤的修复性反应。如果出现以上的组织学形态表现，提示UC的长期病程。

低倍镜下，黏膜内大量炎性细胞浸润，细胞密度增多，常伴充血；隐窝数量显著减少，正常结构消失；淋巴组织聚集。在明显活动区域，溃疡与残存的黏膜交错分布，形成假性息肉（图1-3-6）。黏膜下层常无显著的炎症反应，无纤维组织增生，常充血、水肿。透壁性炎症反应和淋巴组织聚集仅出现在深在溃疡的区域。

典型UC的形态学特点是黏膜结构和细胞的改变。1993年，Odze和同事评估了14例确诊为UC患者的123份直肠黏膜的活检标本，这些患者接受5-氨基水杨酸（5-aminosalicylic acid，5-ASA）或安慰剂灌肠的治疗，结果29%的标本显示正常的组织学形态，无慢性或活动期的证据；更重要的是，正常形态检出率的比例在接受5-ASA治疗组的患者中显著高于安慰剂灌肠组。这是第一次报道UC患者在接受治疗后，黏膜可恢复至正常形态。认识这些改变可以避免错误的诊断，当遇到正常的直肠活检标本时，不要轻易否定UC的诊断或认为是CD病的跳跃式病变。尤其是接受过治疗患者的第一次活检，临床上和病理学上均表现为静止，标本仅出现慢性炎症的形态学特征，或可能是完全正常的黏膜，对这些治疗改变应加以注意，以免误诊。

部分UC患者的病变仅局限于升结肠、盲肠，表现为跳跃式病变，非常容易根据节段性病变特征误诊为CD。Groisman和同事研究发现85%以上的UC患者存在溃疡性阑尾炎。UC累及阑尾的原因尚不清楚。有过阑尾切除史的患者发展为UC的风险降低。

研究证实确诊为UC的小儿患者，内镜或组织学表现为相对的或完全正常的直肠赦免或片状病变。Glickman和同事对比了70例小儿患者和40例成人患者的直肠标本，发现相比于成人组，小儿组表现为慢性活动性疾病的病例数显著少于成人组，更多的病例表现为显微镜下跳跃性病变和相对的直肠赦免。其中，2例儿童病例的直肠黏膜完全正常，而成人组无一例直肠黏膜正常。因此，在小儿病例中，即使最初的症状并无慢性炎症的特点，或仅表现为轻度的活动性炎，或显微镜下跳跃式病变，仍不能排除UC。

肉芽肿并非只出现在CD，在破损隐窝或糜烂表面的周围同样可以出现由组织细胞和巨细胞组成的肉芽肿，被认为是组织细胞对隐窝破损和黏膜糜烂导致的黏液或粪便的反应。典型的上皮样肉芽肿，或孤立的巨细胞如果出现在远离黏膜糜烂的黏膜固有层内，在排除其他疾病后，支持CD的诊断。其他原因，例如感染、黏液或异物等均可引起肉芽肿。

约17%的UC患者存在末端回肠（约数厘米）炎症。目前尚无统一的诊断标准。绝大多数倒灌性回肠炎发生在结肠具有严重炎症反应（65%）或全结肠炎（94%）的患者，提示由于炎症导致回盲瓣功能减退，结肠病变累及回肠。倒灌性回肠炎的组织学特征包括轻度炎症反应，黏膜固有层内见中性粒细胞浸润，局灶性隐窝炎/隐窝脓肿，或伴有浅表黏膜糜烂，黏膜萎缩和上皮再生性改变。

CD最早是在1932年被Crohn、Ginzberg和Oppenheimer提出，认为是回肠末端病变；现在的观点认为CD可累及胃肠道的任何部位，30%～40%的病例只累及小肠，30%～40%累及回肠结肠，仅有10%～20%的病例只局限在结肠。CD通常表现为节段性回肠炎、回肠结肠炎、结肠炎或肛门周围炎；肛门周围病变在约75%的病例中表现为慢性裂隙状溃疡。不同于UC，CD是一种贯穿肠壁全层的肉芽肿性炎症，可侵犯肠系膜和局部淋巴结。根据该疾病的生物学行为分为炎症期（无狭窄、无穿孔）、狭窄期和瘘管形成期（穿孔期）。

大体上，CD主要表现为两个特征，节段性分布（放射学上呈现跳跃式改变）和右半结肠为好发部位。其他特征包括肠腔狭窄、裂隙状溃疡、鹅卵石样外观、透壁性炎和脂肪缠绕（fat wrapping or creeping fat）。其中，浆膜下和系膜脂肪的增生形成爬行脂肪的外观，是CD的大体特征之一；常见浆膜纤维化、充血和粘连。黏膜病变表现为片状，与正常黏膜交错分布。Bear-claw样溃疡常见，表现为线性、匐行性和不连续性，与正常或水肿样黏膜相互间隔。通常情况下，溃疡呈纵行，与肠腔的长轴一致，病变修复形成轨道样瘢痕。深在的不连续的溃疡将水肿的非溃疡黏膜分隔呈岛状，形成典型的鹅卵石样改变，及类似于UC的假性息肉和黏膜桥样病变。另外，在病变黏膜的周围常见小的、针尖样出血以及浅溃疡（阿弗他溃疡）。

CD的镜下表现具有多样性，在某一个特定病例中很难看到其所有的特征。鉴于透壁性炎症是CD的主要特点，因此，许多典型组织学特征只能在外科手术切除的标本中看到；对于活检标本，诊断CD的难度会更大。

1）上皮和隐窝：不同于UC，CD最主要的组织学特点是隐窝结构和杯状细胞的完整保留。隐窝长度无改变，表面上皮细胞仅显示轻度变性改变。表面上皮细胞/隐窝比例不变，是与UC鉴别的关键特征。隐窝分支有时可以出现，但不是其重要的特征。黏膜固有层内会出现不同程度的炎性细胞浸润。值得注意的是，早期由于溃疡引起的修复性改变，会出现类似UC的隐窝结构扭曲。因而，临床医生和内镜医生须提供患者详细的信息，包括病史、治疗及确切的取材部位，避免引起误诊。

2）黏膜固有层和炎症：淋巴细胞、浆细胞和多形性中性粒细胞等炎性细胞浸润，细胞密度分布不均匀是活检标本重要的特点（图1-3-7），表现为不同的隐窝簇之间，单个隐窝和邻近隐窝之间，炎性细胞密度变化很大。隐窝炎和隐窝脓肿可以看到，但不是活检标本的重要特点。有些病例会出现隐窝基底淋巴细胞的聚集。其他炎性细胞，例如嗜酸性粒细胞、肥大细胞和组织细胞浸润黏膜固有层，但这些特点均无鉴别诊断价值。

3）非干酪样肉芽肿：非干酪样肉芽肿是诊断CD的典型形态学特征，同时出现以上提到的炎症反应和淋巴组织聚集，几乎可以明确诊断CD（图1-3-8）。肉芽肿常单个出现，在近端结肠会出现2个或3个融合，出现大量融合性肉芽肿提示结核。除了CD外，其他疾病也可出现肉芽肿（表1-3-3）。

除了典型的肉芽肿外，微小肉芽肿（microgranuoma）时常发生。微小肉芽肿由成簇的组织细胞和少量炎性细胞组成。这些病变经常被忽视或过度诊断，隐窝周围的肌纤维母细胞和小血管壁容易误诊为微小肉芽肿。此外，需要排除隐窝破损相关的黏液巨细胞反应。这些肉芽肿样的隐窝脓肿常与感染性肠炎相关，不要误诊为CD。深切片有助于认识这些病变。

4）阿弗他溃疡：阿弗他溃疡是CD的早期病变。在活检标本中，表现为淋巴滤泡表面形成小范围的浅表溃疡，由少量黏液、中性粒细胞及炎性坏死渗出物组成；邻近的黏膜仅显示轻度异常。

5）黏膜下层：如果临床怀疑CD，内镜医生尽量取材到黏膜下层的上半部分区域，这对于评估“炎症分布不均匀”非常重要。在一些特殊病例中，这可能是诊断CD最有价值的特征。炎症分布不均匀反映了炎症发展进程中透壁性炎形成的本质及溃疡易向下侵蚀邻近黏膜的特质。此外，黏膜下层可以看到神经的增生和大的神经束。

1）局灶性、透壁性炎，炎性细胞包括淋巴细胞、浆细胞、中性粒细胞，以及大的淋巴样组织聚集。隐窝炎和隐窝脓肿可见。淋巴样组织聚集主要见于黏膜和黏膜下层，有时可出现在肠壁全层和浆膜下脂肪组织内（图1-3-9）。炎症分布呈跳跃式，即炎症区域与正常肠壁交错分布，此特点有助于诊断CD。

2）肠壁水肿和纤维化导致肠壁增厚，黏膜肌断裂，固有肌层扭曲，黏膜下层和浆膜下淋巴管扩张。

3）裂隙状溃疡，溃疡呈纵行，被覆肉芽组织、上皮样组织细胞和巨细胞（图1-3-10），可深达黏膜下层甚至固有肌层。

4）非干酪样肉芽肿，由上皮样组织细胞聚集构成，常呈圆形，无干酪样坏死，有或无Langerhans巨细胞。非干酪样肉芽肿是CD的关键特征之一，但也只有50%～60%的病例可见，常出现于黏膜固有层和黏膜下层，也可出现于固有肌层和浆膜下，甚至肠系膜内淋巴结内。通常情况下，肉芽肿与溃疡相关，伴行于黏膜下层和浆膜下淋巴管旁，很少见于小血管旁。淋巴结内出现肉芽肿，不是CD的特异性表现，尚需排除其他疾病。大肠和肛门部位比小肠更容易看到肉芽肿，且常见于病程短的年轻患者。一项基于meta分析的结果显示，相比于无肉芽肿的CD患者，肉芽肿性CD复发和接受再次手术的比例显著升高。

5）神经纤维增生，可见于黏膜下层的神经束、固有肌层、浆膜下及肠系膜组织内神经丛的增生，是由于炎症导致神经元轴突坏死的继发性改变。

临床上，5%～15%（小儿患者中高达30%）的IBD病例既有UC的特点，又有CD的特征，无法明确归类。1978年，英国病理学家Price和同事首次提出以“未定型结肠炎”来命名这一类别的IBD，用于UC和CD早期急性爆发期的临床诊断，形态学上表现为黏膜的大片脱落，溃疡形成，残留的黏膜形成息肉样岛屿，透壁性炎，深在的纵行溃疡和肌纤维崩解。根据其定义，未定型结肠炎的诊断仅局限于外科手术切除的标本，不是一个特定的病种，无诊断标准。对于内镜活检标本，建议采用“结肠炎症性肠病类型待定”（colonic IBD-type unclassified，IBDU），或“慢性炎症性肠病，未分类”（chronic inflammatory bowel disease，CIBD），或“意义不明确/非特异性慢性炎症性肠病”（equivocal/nonsepecific CIBD），或“炎症性肠病，未分类”（IBD，unclassified）。

有关未定型结肠炎的病理学特征、自然病史及预后报道差异非常大，主要原因是这些研究大多为回顾性，采用了不同的诊断标准，缺乏足够的随访资料。一项长期的随访发现，多数患者的生物学行为类似于UC，极少数发展为CD。

异型增生和癌变是临床已经证实的IBD的并发症。研究发现，具有相似病程和严重程度的UC和CD，进展为异型增生和癌的发病风险相似，发展为肠癌的相对危险度分别为2.7和2.6。然而，异型增生和癌变在常规的病理诊断中非常少见，不到1%的肠癌与IBD相关。

大体上，IBD相关的异型增生内镜下表现为平坦型或隆起型病变。平坦型异型增生病变在内镜下不可见，黏膜呈天鹅绒状；往往在随机的活检标本中检出，且取材部位黏膜并无明显的改变。隆起型异型增生称为异型增生相关的病灶或肿块（dysplasia associated lesiones or masses，DALMs），区别于平坦型异型增生，内镜下可见。在随访过程中，建议结肠部位每隔10 cm，乙状结肠和直肠部位每隔5 cm取材，且分别在四个象限取活检。

形态学上，异型增生包括细胞的不典型增生和结构的紊乱。目前，异型增生采用Vienna或Riddell分类（表1-3-4）。

对于不确定的病例，病理报告采用阳性、不明确或可能阴性。不能完全明确的原因在于：①结肠炎-异型增生-癌序列是生物学特征；②严重炎症引起的上皮异常与不典型增生的上皮非常相似，诊断异型增生须避开活动性炎症的区域；③IBD引起的异型增生不会形成一个明确的上皮肿块（息肉），仅累及个别或非常少的隐窝。这些增加了诊断的难度，尤其是活检的标本。即使找到异型增生的区域，也不代表患者一定会发展为浸润性癌。因此，多取材才能给出正确的诊断。

IBD相关的癌多数为腺癌。UC和CD为基础病变的结直肠癌的5年死亡率分别为59%和62%，标化死亡率比是无IBD结直肠癌的1.14倍和1.26倍。

在西方国家，IBD的鉴别难点是UC和CD，两者的治疗方式、随访及临床干预等不相同。两者大体和显微镜下的鉴别诊断详见表1-3-5和表1-3-6。

在我国，IBD的鉴别难点主要是肠结核和CD。在诊断CD之前，一定要排除肠结核。两者的临床表现、影像学和病理特征十分相似，临床上常被误诊。在病理学上，尽管两者存在很多相似之处，例如肉芽肿、溃疡及慢性非特异性炎等，但在形态学上仍有差异（表1-3-7）。

肠道原发淋巴瘤好发于中青年，分为B细胞源性和T细胞源性，以B细胞源性淋巴瘤为主。常发于回肠末端，其次为空肠，需与CD鉴别。内镜下，B细胞淋巴瘤以肠腔肿块、肠套叠多见，而T细胞淋巴瘤多以溃疡为主。活检标本由于取材浅及组织小，缺乏典型显微镜下改变，因此，需多次、多部位活检。

急性、严重性缺血性损伤表现为黏膜坏死，表面见凋亡细胞碎屑和急性炎性细胞，毛细血管血栓常见，此时需与假膜性结肠炎鉴别。慢性缺血性结肠炎，黏膜固有层内胶原化是其主要的特点，但是由于缺血性溃疡的修复和上皮再生会引起隐窝的扭曲，需与UC鉴别。炎症反应不明显，类似于UC的静止期，鉴别特征主要在于UC黏膜肌表面见慢性炎性细胞聚集。如果看到巨噬细胞内吞噬铁色素，提示缺血性结肠炎。

憩室相关结肠炎最主要的显微镜下特征是大的淋巴滤泡增生，大体上表现为结节状黏膜。部分病例类似UC，出现隐窝扭曲和黏膜固有层内大量慢性炎性细胞浸润；而另有部分病例的特点与CD相似。因而，明确取材部位非常重要，如果以上改变来自于结肠的憩室肠段，则可排除IBD。

Read和同事在1980年首次提出显微镜下结肠炎，用于描述临床上肠镜检查无阳性发现，但有慢性、非血性水样腹泻的一类疾病。主要包括胶原性结肠炎和淋巴细胞性结肠炎。胶原性结肠炎主要病理学改变是黏膜上皮下出现一条厚度＞10μm的胶原带，下缘不规则，内见毛细血管、红细胞，偶见炎性细胞和凋亡细胞碎屑；淋巴细胞结肠炎的主要病理学特征是上皮内大量淋巴细胞浸润（＞20/100个上皮细胞），黏膜固有层内浆细胞增多，无隐窝结构的扭曲。

急性自限性结肠炎的主要病理学改变是黏膜固有层内中性粒细胞浸润，隐窝结构完整。弥漫或局灶性活动性结肠炎，无隐窝结构的扭曲，显著的隐窝炎，无隐窝脓肿，支持感染性肠炎的诊断；隐窝结构扭曲、萎缩，基底浆细胞和淋巴聚集支持IBD。

嗜酸性粒细胞性直肠结肠炎主要见于＜1岁的婴幼儿，其经常引起腹泻和直肠出血，与人奶或牛奶中蛋白抵抗有关。组织学特征除了黏膜内大量嗜酸性粒细胞浸润外，没有明显的其他异常。嗜酸性粒细胞计数最少为6个/HPF。对于成人，嗜酸性粒细胞常浸润胃肠道黏膜，嗜酸性粒细胞性直肠结肠炎是嗜酸性粒细胞性胃肠炎的一个组成部分。嗜酸性粒细胞性胃肠炎好发于30～60岁，仅有50%～70%的患者曾有过敏史，外周血嗜酸性粒细胞的计数也不同，无诊断意义，经常累及胃和小肠。诊断嗜酸性粒细胞性直肠结肠炎需看到成群或成片嗜酸性粒细胞浸润（＞60个/10HPF），CD、UC、药物诱发性结肠炎和寄生虫感染均可以看到嗜酸性粒细胞浸润。嗜酸性粒细胞性直肠结肠炎一个非常少见的类别是隐窝周围嗜酸细胞性结肠炎（pericryptal eosinophilic colitis），其于1992年被Clouse首次提出，临床表现与显微镜下肠炎相似，水样腹泻，内镜检查正常。显微镜下的特征为肠黏膜隐窝基底周围、隐窝基底和黏膜肌层之间见大量嗜酸性粒细胞浸润，但无隐窝结构破坏。

放疗诱发的结肠炎是临床医生经常忽略的疾病，常见原因是治疗和结肠炎发病的间隔时间较长。急性放疗引起的肠黏膜破坏，一般都不会取活检，类似于过敏性或嗜酸细胞性胃肠炎，组织学特征包括凋亡增多、核分裂减少、再生修复及嗜酸性粒细胞增多等。慢性放疗引起的组织学改变表现为毛细血管扩张、黏膜固有层胶原化、血管壁增厚或非典型成纤维细胞增生，炎症反应不明显。有时隐窝呈现不规则，类似于UC，但无慢性结肠炎的典型特征。

IBD是一种复杂的、多基因参与的疾病。近年来，越来越多的研究者关注IBD的基因及分子分型。目前，遗传学研究已经报道163个易感基因位点与IBD发病相关。例如，人白细胞抗原（human leucocyte antigen，HLA）等位基因与UC密切相关；而NOD2/CARD15在CD中的突变率高达30%，显著增加CD的发病风险。NOD2主要是通过激活NF-B和MAP信号通路促使多种细胞因子（如TNF和IL-1）表达，进而诱发肠道黏膜上皮发病。近期一项基于基因关联的研究显示，回肠型CD和结肠型CD是两种实质不同疾病。因而，基于分子水平的分型更能准确反映疾病发展的生物学特性，并且为个体化治疗提供更精准的依据。

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