脾胃学说，历代医书均有论述，至东垣乃集其大成。其理论特征是系统地论述脾胃升降。他认为：“人之所受气者谷也，谷之所注者胃也。”虽然脾胃同是“后天之本”，“仓廪之官”，而主体在胃。胃气旺盛与否，决定脾气的盛衰，宗气的强弱，营卫运行的畅阻。

脾为太阴之脏，恶湿喜燥，燥则脾的清阳之气上升以煦心肺，心肺和煦，则下济肝肾；胃属阳明之腑，恶燥喜润，润则胃的浊阴之气下降以濡肝肾，肝肾濡润，则上滋心肺。以胃纳脾运为中心的生理活动，推动心、肺、肝、肾四脏的生理活动。如胃气下溜，清阳之气陷于下焦，下焦浊阴之气反逆于上，清浊相干，营卫往来受到障碍，心、肺、肝、肾四脏也就不能获得生理上正常代谢的要求。脏腑之间，依存破裂，矛盾激化，于是以各种病理形态表现出来。

即病之本在脾胃，病之标在肺。症现怠惰嗜卧，四肢不收，体重节痛，饮食无味，大便不调，小溲频数，不欲食，食不消，而又洒淅恶寒，面色不和，阳气不得舒伸，称为“肺之脾胃病”。东垣用升阳益胃汤，黄芪、人参益肺气，白术、陈皮、芍药、甘草益胃气，半夏、茯苓、泽泻化里湿，羌活、独活、防风散表寒，黄连清热，柴胡升阳，姜、枣固卫和营。脾胃一虚，肺气失其生化之源，治疗原则是升阳益胃，故名。

“五志所伤，心气不宁，化而为火，神无所养，津液不行，不能生血脉。要使病人心无凝滞，重在调治脾胃。”因为脾胃是元气生发的根本，又是制伏阴火的关键，用补中益气汤配合朱砂安神丸，“黄芪益皮肤而固腠理，不令自汗；损其元气，上喘气短，补之以人参；阴火乘脾，须以炙甘草泻火热而补脾胃中元气；白术苦甘温除胃中热，利腰脐间血；清气在下，加升麻、柴胡引黄芪、炙甘草上升，益卫气而实肌表；陈皮以理滞气，当归以和阴血”，组成辛甘温之剂引阳气上行。如因劳倦所伤兼有“五志过极”，阴火炽盛，损害元气，心乱而烦的征兆，“热淫所胜，治以甘寒，以苦泻之”。用“黄连除心烦，清湿热，炙甘草、生地黄泻火、补气，滋生阴血，当归补其血不足，朱砂纳浮游之火而安心神。”把益元气与平阴火、调治脾胃与安养心神统一起来。

有形食物窒塞于胸中，遏制肝气失于条达，郁伏于下，用“木郁达之”之法，主张涌吐以泄肝气的郁实。“在上者因而越之”，故暂取瓜蒂散吐法，使吐去食物，畅豁胸阳，肝气郁而得舒。但不是“凡病在上者皆可吐”。如果“浊气在上则生 胀”的病，误用吐法，胃气既虚，反吐则助肝气之逆，乘凌脾胃，危害不浅。治疗方面，如逍遥散、越鞠丸、温胆汤、四逆散等方，都具有疏肝达郁的作用，当辨证使用。

复气夹肝火之势上凌，脾胃元气受损，虚证自见。如果有腰背胸膈闭塞疼痛，肩胛痛，腹胁急缩疼痛，目中流火，视物模糊，耳鸣耳聋，口流涎唾，心中烦乱，风痹麻木，腓肌转筋，阴冷出汗，妇人白带，面如赭色等症状，都是肾经寒水夹肝气的横逆而伤害脾胃。神圣复气汤大抵寒热并用，既温肾寒又制肝火，既升阳气又平阴火。在复杂的矛盾情况下，当用风药以胜寒水之湿，如羌、防、升、柴、藁本、细辛之类，不但升发阳气，而且都是风以胜湿之品。如因于湿热，身腰沉重，东垣往往加进黄柏、苍术和少量附子。殊不知湿热偏盛，转耗津液，苍术、黄柏辛苦而燥，更劫真阴。在一定阶段还须救肾中之真阴。应予审证求因、正确掌握治疗法则。

上述由于脾胃病的影响或转化为心肺肝肾四脏受病，东垣都注重补益脾胃中元气兼治他脏之证。因为这些致病因素，都是从脾胃而后及于他脏的。东垣阐发脾胃病机与四脏发病机制密切关联，因此特举“肺之脾胃虚”和“肾之脾胃虚”的论点，以为脾胃升降之机，上行及于肺，下行及于肾。例如清阳之气下陷，阳气内伐，湿热舍肾，移热于肝，发为筋痹骨痿。又如阴火上乘，干心灼肺，上焦生发之气不行，无阳以护营卫，因而喘热烦渴，寒热闷乱，“劳动喘息汗出，外内皆越”。举肺肾以概心肝，皆由饮食劳倦致伤脾胃而及于四脏的病变。