清军一日之内连破武昌城外大半天险，当天就引发武昌一次小规模的溃逃，因此被杀的有数十人。但靠杀人维持秩序是指标不治本的，慌乱的情绪依旧在城内漫延，随时可能引发一次大的崩溃。
是日夜，曾国藩命数十艘小划船采取“麻雀战”，折磨了太平军一夜，虽然仅炸毁太平军战船十余艘，但是成功的使太平军将士在恐慌的同时又变得无比疲惫。
第二天凌晨，昨日凭借着坚船利炮的优势出尽风头的湘军水师在吃跑喝足之后。前队水师：李孟群督率先行冲进鲇鱼套消灭在该处残余太平军舰队后，沿江西下进攻太平军汉阳朝宗门营地。后队水师杨载福、萧捷三等人督率水军袭击塘角太平军营地，其中后队何越埏营协助前队进攻汉口。
虽然太平军在清军水师冲过来都积极开炮应敌，但毕竟实力悬殊太大。江中对抗的太平军舰队，刚一照面被打沉三艘，顿时气势尽失，开始边打边退。但无奈的是太平军舰队船速还没清军的快。这就很陷入很尴尬的境地。“想打又打不过，想跑跑不了，”
最后只能无奈的一艘一艘的被追击最猛的杨载福将原本准备转移的物资运输船尽数焚毁。等到杨载福准备回航的时候，见其身后江心附近被焚毁的三百艘战舰火势正旺不易通行，最后杨载福率舰队只能靠岸回航。
杨载福驶至汉口江面后随即参与到李孟群等人进攻汉口的战斗之中，开始凭借汉口地势太平军在木栅内拼命拒守，正在相持不下之时。北岸清军陆军魁玉、杨昌泗沿江而下从陆路进攻汉口。
清军水陆合攻之下，未几便将汉口太平军筑于晴川阁、大别山的两处木城接连焚毁。
在水师大战不久，东岸清军陆师在攻克花园三处营地今日兵分两路进攻鲇鱼套太平军近湖处营地、傍江口街营地。太平军从陆军集结兵力从中路迎敌。是时，清军四川义勇、湖南亲勇、新田勇见太平军士气强溃退，好在李续宾带湘军及时回援破灭了危机。使得当日东岸仍按计划焚毁太平军该两处营地。
清军连续两日大战将武昌城外河内的太平军舰队尽数焚毁，岸上在险要之地所筑的营地亦尽数焚毁，至此武昌城和汉阳城像是被脱光了铠甲的孤城。
曾国藩见此情况断言“太平军万无可守之理，不日当弃城而逃。”果不其然，第二天湘军水陆大军进攻武昌、汉阳几乎没遇到什么抵抗就攻入城中。
进城后询问俘虏得知，太平军陆军主力已经在昨晚四更尽数跑路。
由于太平军陆军跑路时没给水军说一声，导致在清军攻克武昌、汉阳后搜索湖面时，将还被蒙在鼓里的停泊于蔡店、系马口、长江埠、侏儒山等处的千艘太平军战舰全部被清军击毁。