亚里士多德的“实体”观念具有的困难，是近代理性主义和经验主义共享的思想基础。笛卡尔（Descartes，1596—1650）认为人是心灵和身体两种不同实体的结合，从亚里士多德到阿奎那规定世界的古代“自然法”开始分裂为身体和心灵（事实和价值）两套系统，此后的哲学发展基本都建立在承认两者的区分之上。斯宾诺莎（Spinoza，1632—1677）运用亚里士多德的原因观念（尤其是“自因”），重新为德谟克利特以来的决定论做辩护，任何事都是必然的。洛克（Locke，1632—1704）关注经验，但也谈论物自身，同样接受了亚里士多德的实体观念。休谟（Hume，1711—1776）的怀疑论认为理性具有局限性，强调在尊重传统中培养自然情感和自然常识，塑造个人品性。他把亚里士多德的伦理理想视为自己的出发点，但并没有接受亚里士多德伦理思想背后的形而上学预设。
19世纪的先验论、观念论、德国浪漫主义和历史主义，20世纪的英美分析哲学和欧陆传统（现象学、解释学等），它们的古希腊哲学研究我们将在下文详述，在此仅简要勾勒轮廓。德国浪漫主义复活了柏拉图有关哲学与诗歌的古老争论。叔本华（Schopenhauer，1788—1860）对柏拉图理念论的理解比较独特，他认为理念是在审美沉思中摆脱现象世界因果关系（受到欲望的奴役）后所获得的知识的普遍主体。历史主义开启了文本考订和分期研究。尼采（Nietzsche，1844—1900）推崇苏格拉底之前的希腊悲剧精神中具有主人的道德，反对基督教的平等道德，进而指向为基督教平等道德建立基础的柏拉图的形而上学传统。海德格尔（Heidegger，1889—1976）拒斥始于柏拉图终于尼采的西方形而上学传统，强调回到前苏格拉底哲学，开启真正的无前提性的整体哲学之路。20世纪英美分析哲学追随亚里士多德的步伐，尤其是牛津日常语言学派，他们自认为是好的亚里士多德主义者，奥斯汀（J.L.Austin，1911—1960）还开创了“克拉伦登亚里士多德系列”的翻译注疏工作。
近代以前的研究，或者为材料汇集，或者为评注，或者为针对相关主题评述前人论述，甚少系统撰述思想发展的历史，这方面首开其先的是黑格尔。黑格尔将希腊哲学分为三期，分别为“从泰勒斯到亚里士多德”、“独断论和怀疑主义”以及“新柏拉图主义”。第一期又分为三个阶段：“从泰勒斯到阿那克萨戈拉”、“从智者到苏格拉底学派”以及“柏拉图与亚里士多德”。策勒（E.Zeller，1814—1908）出版了三卷本《希腊哲学史》（后来又出版了其简本《古希腊哲学史纲》）。策勒的哲学思想受到黑格尔影响，其哲学史建立在对观念史所作的哲学解释之上。策勒将哲学史分为“前苏格拉底学派”、“苏格拉底、柏拉图和亚里士多德”以及“亚里士多德以后哲学”，这种分期为后世多数希腊哲学史著作沿用。冈伯茨（T.Gomperz，1832—1912）出版三卷本《希腊思想家：古代哲学史》（1896—1909），冈伯茨主要受英国史家和柏拉图学者格罗特（G.Grote）的影响，格罗特又深受功利主义哲学家密尔（J.S.Mill）的影响。英国的希腊古典学家伯奈特（J.Burnet，1863—1928）写作了《早期希腊哲学》（1892）和《希腊哲学：从泰勒斯到柏拉图》（1914）。格思里（W.K.C.Guthrie，1906—1982）的六卷本《希腊哲学史》（1962—1982）堪称当今古希腊哲学史的扛鼎力作，只是他写完亚里士多德部分便去世了，未能完成希腊化哲学的撰写。
哲学史的撰写和研究深受研究者本人的思想倾向影响。近代以来的古希腊哲学研究，依照不同的思想基础、研究方式和研究重点，约略可分为几种研究传统和倾向。这些研究传统和倾向的形成与研究所依托的哲学流派密不可分。我们的划分并不按照研究方式，而是按照其所属的思想传统，尽可能勾勒19世纪以来各种流派和倾向的继受关系。19世纪流行的哲学流派主要分为三大传统，分述如下：（1）体系论—图宾根学派。康德、黑格尔等德国古典哲学开创的先验论和观念论哲学，19世纪后半期表现在新康德主义和新黑格尔主义，20世纪50年代以来得到图宾根学派的继承；（2）发展论—分析哲学传统。19世纪实证主义和历史主义的兴起，直接影响了当时古典学界的考订、校勘和辨伪工作，并在此基础上产生出“发展论”观点，20世纪50年代分析哲学进入古代哲学研究，继承“发展论”的很多成果，形成了分析哲学传统；（3）反思形而上学的诗学—政治学传统。19世纪浪漫派、尼采、克尔凯郭尔等学者开始反思传统形而上学，19世纪产生出施莱尔马赫的“解释学”，经由尼采和海德格尔的“回到希腊”，最后发展出施特劳斯的“柏拉图式政治哲学”。[1]
（1）体系论—图宾根学派
体系论[2]。19世纪后半期和20世纪初的体系论传统主要受康德和黑格尔影响，新康德主义与黑格尔主义学者取得不少成绩。黑格尔的哲学史研究在此不再赘述。策勒受黑格尔影响，将苏格拉底—柏拉图—亚里士多德当作整体来处理，重视柏拉图和亚里士多德的一致性，全面总结了当时亚里士多德思想的研究和资料，探讨了亚里士多德的整个哲学体系。其他代表人物如新康德主义马堡学派的柯亨（H.Cohen）和纳托普（Paul Natorp），主要用德国先验论和观念论来研究柏拉图思想，注重对柏拉图“理念论”的研究，尤其注重处理自亚里士多德以来提出的“分离”问题。新康德主义哲学家还吸收了发展论的成果（如文德尔班在《哲学史教程》《古代哲学》中的处理），但并不像宣称继承了他们的图宾根学派那样重视后期及未成文学说，而是仍以《理想国》的“理念论”为柏拉图体系的核心，以此为基础构筑柏拉图整个思想体系的大厦。为了保持《理想国》的核心地位，文德尔班甚至怀疑《巴门尼德》等作品并非柏拉图的作品。此外，还有受康德批判哲学影响的法国哲学家拉维松（Felix-Mollier Ravaisson），对亚里士多德的研究也持体系论观点。但是，新康德主义和黑格尔主义并非完全相同，先验论和观念论传统虽具有亲缘性，但对理念论的理解也有争论，产生所谓的“实在论”和“概念论”之争。19世纪中期实证主义—历史主义兴起，导致对黑格尔观念论和康德的先验论的批判，从19世纪末20世纪初，“发展论”逐渐取代“体系论”。
图宾根学派[3]。图宾根学派是20世纪50年代在德国兴起的解释柏拉图哲学的思想流派，强调通过柏拉图的“未成文学说”来理解柏拉图，代表人物有克雷默（H.J.Kramer）、盖瑟尔（K.Gaiser）、雷亚利（Reale）和斯勒扎克（T.A.Szlezák），在中国的传播者有从图宾根大学求学归国的先刚、程炜等学者。图宾根学派研究的主要特点有以下三点：（1）在研究柏拉图的方式上，反对只专注于柏拉图文本对话来理解柏拉图，而是强调流传在柏拉图亲炙弟子中的“未成文学说”才是柏拉图哲学的真义；（2）在文献学上，注重辑录柏拉图弟子有关“未成文学说”的间接原始文献，并扩展到收集柏拉图主义学者的相关记载；（3）在哲学义理上，反对将哲学视为本质上是“无限主义”的无知之知，而是在“本原说”的统合下系统重构柏拉图的哲学体系。雷利亚还总结了理解柏拉图的四种范式：一是柏拉图的嫡系学生，偏重内传的耳闻学说；二是新柏拉图主义模式，以内传学说为基础，揉和对话录；三是近代自施莱尔马赫—伽达默尔—施特劳斯学派，以对话录为圭臬解释柏拉图；四是图宾根学派从“未成文学说”出发重构柏拉图哲学体系。按照这个谱系，图宾根派继承了前两个传统，其矛头指向的是第三个传统，这个传统在当今学界的表现便是施特劳斯学派。图宾根在这个范式区分的基础上，提出了更广泛的接受谱系：柏拉图本原学说—亚里士多德等亲炙弟子—新柏拉图主义—中世纪（奥古斯丁、库萨的尼古拉）—文艺复兴（斐奇诺、布鲁诺）—近代理性主义（斯宾诺莎、莱布尼茨）—德国古典哲学（谢林、黑格尔）。图宾根学派也自陈接续的是德国先验哲学与观念论传统。
图宾根学派受到的不少批评，简述如下：首先，柏拉图文本的地位问题。柏拉图对话处于次要地位的依据是《斐德若》《书简七》中对“书写”的讨论，图宾根派削弱从“读者对象”的区分来讨论这个问题的重要性，但对“书写者和知识传播”的讨论并不令人感到信服，难以说明“批判式”的哲学为什么不能书写，毕竟后世有很长的谱系都不同程度都成体系地“重构”了柏拉图的批判哲学体系。此外，图宾根学派重构柏拉图未成文的本原学说虽然直接来源于其亲炙弟子，但很大程度其实要回到柏拉图的文本如《蒂迈欧》《巴门尼德》等著作来获得佐证，这类著作有对宇宙生成和存在等级的系统论述，甚至需要成为论证的中心。其次，柏拉图“未成文学说”的文献问题。柏拉图未成文学说在其亲炙弟子那里大概只有80多条流传了下来，早期图宾根学派已经将收集范围扩展到柏拉图主义。早期学者对这些“口传文字”的研究已经非常透彻，学术要深入拓展，必然会强调整个流传谱系对柏拉图未成文学说的真正继承。图宾根学派非常强调谢林等学者的思想真正体现了柏拉图的未成文学说，这让人怀疑，图宾根的柏拉图研究是否是从德国古典哲学的先验哲学和观念论对柏拉图的反观。此外，“未成文学说”研究方法如何延伸到其他哲学家的研究，这也是图宾根学派需要面对的问题。[4]
（2）发展论—分析哲学传统。
发展论的兴起。19世纪中期以来实证主义盛行，古典学术研究受实证主义影响，展开了对各类文本考订、辨伪、确定写作时间和写作背景的研究工作。在此基础上，前苏格拉底哲学产生出第尔斯的《希腊学述》和《前苏格拉底哲学家残篇》等文献考订和汇编，柏拉图的权威校勘本和亚里士多德的权威标准本也纷纷出版。此外，《柏拉图辞典》（Lexicon Platonicum，1835—1838）和《亚里士多德索引》（Index Aristotelicus，1870）等基本工具书也编撰完成，极大方便了学者的研究。在此基础上，柏拉图和亚里士多德研究领域都产生了所谓的“发展论”方法。柏拉图本人思想的发展过程，柏拉图的对话的写作时间也因此有先后之分，这产生出柏拉图对话的分期问题。发生论研究广泛利用文体风格、语言现象、古代记载、对话人物和事件等各个方面深入探讨了柏拉图对话的分期问题。不同学者分期并不相同，但大体上分为早期、中期和后期，早期受苏格拉底方法影响；中期思想成熟，建立系统的理念论学说；晚期反思中期的政治学说和理念论。柏拉图的发生论研究可以追溯至施莱尔马赫对柏拉图作品的分类（但他并不是持发展论的观点），首先明确提出的是赫尔曼（K.F.Hermann）。格罗特（G.Grote）、蒙克（E.Munk）、策勒（E.Zeller）、文德尔班（W.Windelband）、坎贝尔（L.Compbell）、托考（F.Tocco）、卢托斯拉夫斯基（W.Lutoslawski）、伯奈特（J.Burnet）、泰勒（A.E.Taylor）、菲尔德（G.C.Field）、维拉莫维茨（Wilamuwitz）、耶格尔（W.Jaeger）、斯坦泽尔（J.Stenzel）、罗斯（Ross）、康福德（F.M.Cornford）、格思里（W.K.C.Gethrie）等学者，他们都持这种观点。值得注意的是，后来的分析哲学传统对于柏拉图著作的分期基本也持这种观点，如赖尔（G.Ryle）、弗拉斯托斯（G.Vlastos）、欧文（G.E.L.Owen）、泰罗（H.Teloh）和艾尔文（T.Irwin）、克劳特（R.Kraut）等学者。