在成功封印宇宙终极力量，击退邪恶势力之后，宇宙联盟迎来了短暂的平静。然而，李方元和小雨心中的不安却愈发强烈，仿佛有一双无形的眼睛在暗处窥视着他们的一举一动。
宇宙联盟的科学家在对之前获取的数据进行深度分析时，发现了一些奇怪的扰动。这些扰动似乎并非来自本宇宙，而是来自一个更加神秘的维度——多元宇宙。这个惊人的发现让整个联盟陷入了紧张的氛围中。李方元和小雨意识到，他们必须深入研究多元宇宙的奥秘，以应对可能出现的新威胁。
他们召集了宇宙中最杰出的物理学家、异能者和神秘学专家，组建了一支跨领域的研究团队。这个团队开始尝试构建能够探测多元宇宙信息的设备。经过艰苦的努力，一台巨大的多元宇宙探测仪诞生了。这台仪器启动后，周围的空间被五彩斑斓的光线所环绕，它捕捉到了一些模糊的影像和零碎的信息。
从这些信息中，他们看到了无数个与自己宇宙相似又不同的世界。有的宇宙中，科技高度发达，星球被巨大的能量护盾所包裹；有的宇宙则充满了神秘的魔法力量，生物们凭借咒语和法杖施展神奇的法术。然而，其中也有一些黑暗的宇宙，被毁灭和绝望所笼罩，邪恶的力量似乎正在侵蚀这些世界的根基。
就在他们努力解读这些信息时，探测仪突然发出了强烈的警报。一股强大的能量波动从多元宇宙的某个方向传来，这股波动直接影响到了本宇宙的空间结构。李方元和小雨决定带领一支探险队，顺着能量波动的源头方向，尝试穿越宇宙边界，进入多元宇宙。
探险队乘坐着一艘特制的多元宇宙穿梭舰出发了。这艘穿梭舰装备了能够适应不同宇宙物理规则的引擎和护盾。当他们接近宇宙边界时，眼前出现了一幅令人震撼的景象。宇宙边界像是一层巨大的光幕，上面闪烁着无数的符文和光芒，这些光芒代表着不同宇宙的能量特征。
穿越宇宙边界的过程异常艰难，就像在穿越一层粘稠的液体。穿梭舰的护盾承受着巨大的压力，不断闪烁着警示的光芒。李方元和小雨运用异能，稳定着穿梭舰的能量场，确保它不会在穿越过程中解体。终于，他们成功地突破了宇宙边界，进入了多元宇宙的第一层。
这里的空间充满了奇异的色彩和扭曲的形状。星球以一种违背常理的方式运转着，有的甚至是方形或者三角形。他们在这个区域遇到了一种形如水母的生物，这些生物身体透明，内部闪烁着神秘的光团。它们围绕着穿梭舰游动，似乎在对这些外来者进行着观察。
小雨尝试用异能与这些水母生物沟通，她感受到了一种古老而温和的意识。这些水母生物似乎是多元宇宙的守护者，它们警告探险队，有一股来自黑暗多元宇宙的邪恶力量正在试图入侵各个宇宙，他们的到来可能会打破某种微妙的平衡。
李方元询问如何阻止这股邪恶力量，水母生物传递出一幅复杂的图像。图像显示在多元宇宙的中心，有一个被称为“命运之核”的地方，那里掌控着所有宇宙的命运丝线。如果邪恶力量控制了“命运之核”，整个多元宇宙都将陷入黑暗。而要阻止它们，必须找到散落在不同宇宙中的三把“命运之匙”，只有三把钥匙集齐，才能打开通往“命运之核”的通道，并阻止邪恶力量。
探险队开始了寻找“命运之匙”的征程。他们根据水母生物提供的线索，穿梭于不同的宇宙。在一个科技主宰的宇宙中，他们来到了一座巨大的机械城市。这座城市的建筑高耸入云，机械运转的声音震耳欲聋。城市的核心是一座巨大的能量塔，而第一把“命运之匙”就隐藏在能量塔的深处。
然而，这座城市被一种名为“机械卫士”的智能机器人所守护。这些机器人装备着强大的武器和先进的防御系统，它们将探险队视为敌人，发起了猛烈的攻击。李方元带领队员们与机械卫士展开了激烈的战斗。他利用异能干扰机器人的信号系统，使它们陷入混乱。小雨则趁机潜入能量塔，寻找“命运之匙”。
在能量塔内部，小雨遇到了重重机关和陷阱。她凭借着敏锐的感知和灵活的身手，一次次避开危险。终于，在能量塔的最底层，她找到了一把散发着蓝色光芒的钥匙，这就是第一把“命运之匙”。
拿着第一把钥匙，他们前往下一个宇宙。这个宇宙充满了神秘的魔法力量，大陆被茂密的森林和古老的城堡所覆盖。在这里，他们需要找到一位隐居在魔法森林深处的大魔法师，因为第二把“命运之匙”在他的手中。
进入魔法森林后，他们遭遇了各种魔法生物的袭击。有会喷火的飞龙，有能操控藤蔓的树人，还有隐身的幽灵。探险队成员们运用各自的异能和从之前宇宙学到的科技知识，艰难地在森林中前进。当他们找到大魔法师的住所时，却发现这里被一层强大的魔法结界所保护。
李方元尝试用异能破解结界，但结界的力量超出了他的想象。小雨想起了在机械城市中学到的能量频率调整方法，她尝试将异能与科技手段相结合。经过多次尝试，他们终于找到了结界的频率弱点，成功进入了大魔法师的住所。
大魔法师是一位白发苍苍的老者，他目光深邃，仿佛能看穿时空。他知道探险队的来意后，提出了一个条件。他要求李方元帮助他解开一个困扰他多年的魔法谜题。这个谜题涉及到对魔法元素的重新排列和组合，如果答错，将会引发一场巨大的魔法爆炸。
李方元凭借着自己在异能修炼中对能量规律的理解，开始思考这个魔法谜题。他在脑海中模拟各种可能性，与小雨和队员们一起讨论。经过长时间的努力，他终于找到了正确的答案。大魔法师满意地点点头，将第二把“命运之匙”交给了他们。这把钥匙散发着金色的光芒，上面刻满了神秘的魔法符文。
现在，他们只差最后一把“命运之匙”了。根据线索，最后一把钥匙在一个处于战争状态的宇宙中。这个宇宙被两个强大的帝国所分割，战争已经持续了数百年，整个宇宙都被战火所笼罩。
当探险队来到这个宇宙时，立刻被卷入了一场激烈的星际战争。双方的战舰在宇宙中交火，能量光束和导弹四处飞舞。李方元和小雨必须在战火中找到隐藏着最后一把“命运之匙”的地方。他们一边躲避战争的攻击，一边寻找线索。在一艘被击毁的战舰残骸中，他们发现了一个指向一个神秘星球的坐标。
这个星球是战争的关键据点，被重重防御工事所保护。探险队突破了敌人的防线，登上了星球。在星球的核心区域，他们找到了一个被重兵把守的密室。经过一场艰苦的战斗，他们终于进入了密室，找到了最后一把“命运之匙”。这把钥匙散发着红色的光芒，仿佛燃烧着战争的火焰。
三把“命运之匙”集齐后，它们自动融合在一起，形成了一个通往“命运之核”的传送门。李方元和小雨带领探险队毫不犹豫地踏入了传送门，他们知道，等待他们的将是与黑暗多元宇宙邪恶力量的最终对决，而整个多元宇宙的命运都将在这场对决中被决定。
在传送门的另一边，是一个充满混沌能量的空间。“命运之核”悬浮在空间的中央，周围环绕着黑暗多元宇宙的邪恶力量。这些邪恶力量察觉到了探险队的到来，它们咆哮着向探险队扑来。李方元和小雨带领队员们勇敢地迎了上去，一场关乎多元宇宙命运的激战就此展开。