一只猴子被注射了艾勃隆细胞，如今逃了出来，对日本居民展开了报复。阿基雷斯奥特曼出现，带走了梅尔莫尔加。
出了这种事故，D机关解散，研究计划也被彻底废除了。这是掘井向沙耶香打探到的，她的旁边还跟着真田翔。
卡罗基地被疾风队长毁灭，岸勇副队长跑了回来。
居间惠队长参加对岸勇的询问，王健跟随。会议室内，还有吉冈警务长、南原参谋和主位的泽井总监。
会议一开始，王健就道破了他的身份：“你是外星人。”
居间惠掏枪射击，一套动作迅速精准。这个外星人还没有行动，就被打回原形并化为飞灰。TPC总部基地开始了彻查，幸好没再发现其他人被替代。
从“岸勇”驾驶回来的飞船杂物间，解救了被困的疾风队长和岸勇副队长。
巨大化的双胞胎外星人，梅珠朗出现在了码头。疾风驾驶卡罗战机，参与迪迦对怪兽的战斗。
两人的配合很好，外星人被顺利消灭。
几个星期后，所需的建筑材料被运送到月球。疾风队长和岸勇副队长，前去保护正在建设中的月球基地。
正在巡逻的大古提前返回，汇报了一件怪事。
居间惠队长确认道：“要找圆谷英二导演买怪兽，他真的是这么说的吗？”
“是的。可是圆谷英二导演早就不在了，1970年就去世了。”
队长猜测道：“那个男的，是不是到圆谷英二导演还活着的1965年去找他了。”
“我想是的。”
丽娜猜测：“他会不会是外星人啊？”
队长回答：“如果他能用时光转换机，就有可能是。”
“我想应该是。”
这时，王健走了进来，“发生了什么事？”
大古简洁地复述了一遍。
“是怪兽买家的查利迦啊！有的外星人把怪兽当宠物饲养，有的把怪兽当做战斗伙伴，还有的让怪兽决斗从而得到财物。”
由于缺乏技术，居间惠队长暂停调查。
王健看着大古通过圆谷公司门前广场上的时空通道，去往了1965年。不到片刻，大古又从通道返回。
王健走了过去问道：“大古，事情顺利吗？”
“嗯。”
半夜，王健等人别叫了起来。
野瑞调出了新西兰附近海域探测器的影像，一座超古代的城市浮了上来。
怪兽登录澳洲，开始破坏城市。丽娜驾驶飞燕一号，带着大古。驾驶飞燕二号的是新城，掘井跟随。
还在TPC总部基地的王健，向一个号码发送了一则消息：黑暗即将来临！
对方回道：一切都已准备就绪。
看到回复的消息，王健放下了心。
知道大古的真实身份不知丽娜一人，丽娜也就没和大古产生隔阂。准确地来说，丽娜早就收拾好了心态。
次日，就在大古等人追击佐加和探查远古遗迹时，TPC昆仑分部连夜疏散地面民众、有序而快速地进入各地的地下避难所。
迪迦奥特曼虽然打败了一只佐加，但还有更多的佐加裹挟着黑云逐渐笼罩地球的天空，它们开始攻击城市。
黑雾是黑暗力量的具现化，普通防护是挡不住的。TPC总部被入侵，内部就剩王健、丽娜等胜利队员和三位领导没有避难。
老爹说得对，要用魔法对付魔法。
TPC昆仑支部仅利用大半年的时间，就在避难所的墙壁上刻满了先贤语录和经文神咒。其实刻的内容完全不重要，只要坚定信念，相信心中的光，黑暗就不会到来。
随着黑暗支配者浮出水面，司令室也被黑雾入侵，系统直接瘫痪。