皇后生日的第二天，在宿迁顺河集乾隆下旨减去部分扈驾兵丁和大部分随行车辆，然后在徐家集渡过黄河。上岸后，乾隆在黄淮交汇的清口巡查河务，之后，开始乘船沿运河南下，船队由京口渡过长江。
御舟前有两对船在两边引路，船旁有一人骑马在河边行走，以备差遣。另有四只大船名安福舻、翔凤艇、湖船、扑拉船，载着太后、妃嫔和随行大臣跟在其后，其余船只装载各种用品及随从官兵。船行时，河两岸及桥头村口各安排士兵守卫，禁止私船出入，纤道每里安设兵丁五名，令村镇民妇跪伏瞻仰，御舟经过需回避时，令男子退出，妇女则有幸可一睹圣颜。
乾隆皇帝南巡过程中，地方要搞建设、做典礼，因此产生了很多拉动经济的工程，民众有了做工的机会，商人有了赚钱的机会，贪婪的官员们也就有了太多可以伸手的机会。因此，江南官场、民众都以殷切的心情盼望皇帝前来本地巡行。
为了接待好皇帝，江南地方上的官员、士绅都竭尽全力，绞尽脑汁来准备迎接圣驾的一切事体。接驾时，这些人想出各种争奇斗异的名目、节目和器物等，让人眼界大开，很多特殊奇异的想法和作为，还真让人为他们的才干侧目。
乾隆南巡的主要财政支柱是两淮的盐商，两淮盐运使司公署就设在扬州城内，八大商总也住在扬州城内。扬州盐商豪侈甲天下，百万以下者谓之小商。这些商人尽管经济上富逾王侯，但在政治上却无权无势，对官府存在着严重的依附关系。因此，每次南巡时，当地官员都借机从他们手中勒索资金，以巴结皇帝，还令他们筹办行宫、园林等南巡工程。而这些富商也正想借南巡之机讨好官府，如果能引起皇上的青睐，那今后自己的荣誉、富贵和权势就有保障了。所以，这些富商们都心甘情愿、积极踊跃的为皇上的南巡出资效力。
每次到扬州，乾隆帝都会驻跸多日。扬州的御道用文砖或石板铺成，要求平整笔直，不能随意弯曲，为此，许多民宅被拆，坟墓被挖，良田被毁。此外，皇上所经之路要用黄土铺垫，泼水清尘。道旁或搭彩棚，或陈水嬉，还要有老百姓沿路迎接。乾隆此次游上方寺时，由于“万民随马足趋瞻”，出现了“或有践踏麦苗者”的景象，乾隆帝作诗云：“马足纷随定何碍，蹂躏惟惜麦苗芒。”
扬州巡行结束后，船队沿运河继续南下，经镇江、丹阳、常州、苏州进入浙江境内。二月二十五日，乾隆驻跸苏州府，赏给六班拉纤河兵（每班600人）各一月钱粮。乾隆在苏州游览各处园林，又陆行至灵岩山游玩，前后八天。
闰二月初三，乾隆由苏州出发，继续沿运河南行，至嘉兴右门镇后，乾隆舍舟骑马前往海宁阅视海塘，海宁陈世倌家第二次接驾。乾隆第三次南巡时将海宁陈家的隅园作为行馆，并赐名“安澜园”。乾隆皇帝很喜欢该园结构佳妙，回京后就在圆明园四宜书屋左右仿其位置进行改建和增建，园成之后也题名叫“安澜园”。此次南巡乾隆在陈家“安澜园”住了两天，而后重新登船。初七日，乾隆到达此行的终点杭州。乾隆在杭州登观潮楼检阅福建水师，游览西湖美景，题诗作赋，好不快活。
“上有天堂下有苏杭”的经典诗句将杭州这座古城的美景描绘的如诗如画，漫步苏堤，泛舟湖上，西湖美景尽收眼底；灵隐寺更是鸟鸣山幽，香客络绎不绝，在青山绿水间多了一重浓郁的文化气息。位于杭州西湖孤山脚下的皇帝行宫，始建于康熙四十四年，康熙、乾隆南巡时都在这里驻跸。行宫门前的一对汉白玉狮子，是明代的遗物，左边的是雄狮，右边的是雌狮。行宫园内布局十分巧妙，将天然孤山景色和人工亭台幽径结合一体。三进门里的奏事殿，是皇帝办公的地方。通过中轴线上的甬道进入楠木寝殿，就是乾隆皇帝的下榻之地。五进殿后面，包括整个孤山都是乾隆行宫的后花园。站在孤山上，西湖十景的湖光山色一览无余，桥面上精美亭子清晰可见。后花园里还有玉兰馆、鹫香庭、领要阁、绿云径、戏台等院落和建筑。
杭州不仅风景如画，而且美女如云，这让乾隆这个天性风流的皇帝春心大动。
闰二月十五日晚膳后，乾隆在寝殿里换上便服，对身边的侍卫额尔图悄声说：“昨晚上那个歌女找到了吗？”
额尔图点点头：“找到了，今晚上她在云龙阁里等皇上。”
乾隆问：“她知道朕的身份吗？”
“不知道，只晓得您是龙老板。”
“太好了。”乾隆微微一笑，小声说：“你带两个侍卫，都换上便装，随朕去云龙阁。”
“喳！”额尔图犹豫了一下，说：“可是，皇后似乎有些察觉，今天上午问奴才昨晚上皇上到哪里去了？”
“你怎么回答的？”
“皇上昨晚不是去拜访杭州名仕黄嘉诚去了吗？”
“呵呵呵，”乾隆拍拍额尔图的肩膀，笑道：“妙，看不出来，你还挺机灵的。”
“不过，皇上还是小心一些，如果皇后真的较起真来，奴才们怕是不好交代呀。”额尔图有些担心。
“你怕什么，不是还有朕为你做主吗？哼，”乾隆冷笑一声说：“谅她也不敢管朕的事。别管她，你快去换衣服吧。”
“喳。”额尔图转身出去了。
乾隆对着镜子照着，端详着自己穿上便衣的样子，虽然时年他已五十四岁，但方正的脸庞上依然显示着端庄威严的风采。“朕还没有老嘛，还能快活几年。”皇上的嘴角泛起一丝微笑。