根据取标本的途径不同，NOSES主要分为三种，即经肛门取标本NOSES、经阴道取标本NOSES以及经口取标本NOSES。目前临床应用最广的就是前两种方式，尤其是经肛门取标本。经肛门取标本主要适用于肿瘤较小、标本容易取出的患者；经阴道取标本主要适用于肿瘤较大，经过肛门取出困难的女性患者。除此两种取标本途径外，也有学者开始尝试开展经口腔取标本的NOSES，包括袖状胃切除术、胃间质瘤切除术、肝活检术、胆囊切除术、脾切除术等。但由于食管管腔狭长、管壁弹性差，术者在开展经口腔取标本手术时，一定要严格谨慎地把握手术适应证。

根据取标本的方式不同，NOSES又可分为三类，分别是标本外翻体外切除（外翻切除式）、标本拉出体外切除（拉出切除式）、标本体内切除拖出体外（切除拖出式）。不同的手术方式都有其不同的操作特点和技巧，但影响术式选择的决定性因素就是肿瘤的位置与大小。在结直肠NOSES中，外翻切除式主要适用于低位直肠肿瘤，拉出切除式主要适用于中位直肠肿瘤，而切除拖出式的适用范围最为广泛，包括高位直肠、乙状结肠、左半结肠、右半结肠以及全结肠。在胃NOSES中，所有的取标本方式都是采用切除拖出式。