阿里还效仿西方，设立内阁，设置军事、司法、财政、商业、教育、卫生六部，独揽政治大权。他还经常去全国各地考察，了解政策的执行。并且建立起了一套严密的统治体系，通过严刑峻法很快改变了埃及的政治面貌，实现了国内的大一统局面。
那么如此努力富国强兵的阿里他成功了吗？
阿里的改革和建设，推动和恢复了生产，使埃及的经济出现了繁荣景象。
全国耕地增加130万费丹（约合780万亩），国家财政净增200%，全国人口增加到450万。
军事上陆军人数增加到20万人，海军2万人、拥有三十二艘军舰。入侵苏丹，并且趁希腊独立战争期间霸占了克里克岛。发动第一次土埃战争侵占巴勒斯坦和叙利亚。
到此为止阿里可以说是非常成功，从一个孤儿到埃及实际上的统治者，并且将过去的宗主国打的满地找牙。近代第一个完成西化改革的非洲国家。
但很可惜，欧洲想要的只是一只看门狗，而不是一匹想要吃肉的狼。
1840年7月15日英、俄、奥、普、土五国在伦敦签订伦敦条约。
对埃及发出最后通牒，阿里断然拒绝。他不想自己的大国梦破灭，接受这个条约意味着他一生的努力将付诸东流，同时埃及将丧尸独立，回到过去成为奥斯曼的附庸。
还有就是他已经被之前的胜利冲昏了头脑，在面见英国大使时居然说“五国同盟想要使用武力，那就请便，我穆罕默德·阿里在此恭候。如果你们英国人想要单独行动，那我更欢迎。”
阿里下令全国进入战争状态，加固城防，储备粮食，积极备战，准备和欧洲人开战。
然而同盟国还真没有把一个非洲国家当做一盘菜，9月英国舰队联合俄、奥、土耳其（奥斯曼）三国舰队进入地中海，炮轰贝鲁特。1500名英军在贝鲁特登陆，横扫了阿里在黎巴嫩沿海的部队。
同时英国人发挥了自己的传统特长，煽动叙利亚人起义并给他们提供枪支弹药。叙利亚人早就对阿里的统治不满，一时间战火四起。
埃及军队在正面无法对抗英军，海上他们的三十几艘军舰在四国联合舰队面前犹如玩具船。就算是列强中最弱的奥地利海军，也能实现单方面吊打埃及海军。仅仅是与联合舰队的先头部队，试探性的交火埃及人便损失他们四分之一的舰队。
法国人曾经支持过埃及，但是此时见埃及大势已去，便要求阿里做出让步，与苏丹谈判。
听人劝吃饱饭，阿里作为一代枭雄立刻放下了自己的面子开始和奥斯曼苏丹谈判。
阿里表示愿意从阿达纳、克里特岛。阿拉伯半岛和叙利亚撤军，以保住自己在埃及的世袭统治权和阿克（叙利亚的一个地区）的终身管辖权。
但是有世界第一搅屎棍在，阿里想妥协哪有那么容易。苏丹也对第一次土埃战争失败耿耿于怀，在大英的唆使下拒绝谈判。
现在轮到阿里愁了。1500名英军在6000土耳其军队的配合下攻克阿克要塞。切断了埃及和叙利亚之间的联系，使驻扎在叙利亚的七万埃及军队面临被全歼的风险。
四国联合舰队在亚历山大港外炫耀武力，港内的埃及舰队根本不敢应战。四国舰队遂摧毁了，附近的海防设施。并且要求阿里撤回入侵叙利亚的全部军队同时归还土耳其舰队，必须要在24小时内作出答复，否则将炮击亚历山大港同时彻底摧毁埃及舰队。
外有强敌，内有起义，盟友背叛，使阿里这个七十一岁的老人陷入绝望之中。他为此每日祈祷，但没有任何意义，最后只能屈服，接受条约，撤回军队。
埃及在撤军时，被当地的游击队和伪装成平民的奥斯曼军队袭击。此外埃及军队还遭到了寒冷和瘟疫，再加上缺水断粮。
士气低迷的埃及军队在一个月后回到了埃及，但是七万埃及军队，此时只剩下不到4万人。埃军元气大伤，无力再战。
战败后的埃及不得不全面接受制裁。奥斯曼苏丹颁布敕令，人名阿里为埃及统治者，但是免除了他在埃及政府中的所有职务。同时要求埃及解散军队，并且军队人数不得超过1.8万人，禁止建造战舰，所有的军官任命必须得到苏丹的批准，每年必须向奥斯曼苏丹纳贡8万袋皮亚斯（40万英镑）之前是8000英镑。
埃及海军所剩的二十几艘船被四国同盟瓜分，由于埃及军舰的水平不高根本达不到英国人的要求，直接被拆除了炮台当做商船使用。俄国人也对这种劣质的军舰兴致缺缺，转手卖给了奥斯曼人。
只有奥地利和奥斯曼对于这种白捡的军舰爱不释手。卡尔大公的小儿子奥地利海军司令，甚至还在的里雅斯特的军港举办了个欢迎仪式，同时给这次所有的战利品起了名字。
1.8万人的袖珍军队是不可能，抵抗西方殖民者的入侵的，英法的势力疯狂地渗透进埃及。
同时最可怕的是埃及失去了关税自主权和对外国资本的束缚，以及商品的垄断权。
阿里这些年穷兵黩武，虽然开办了大量工厂，但是绝大多数是军事工业，民用工业只占一小部分同时水平也不高。
由于军队规模被限制，军事工业失去了向上的动力。同时由于失去了对西方商人的限制的权利和各种商品的垄断专卖权。
西方商品疯狂涌入埃及，叩开了埃及的大门。之后英国、奥地利联合向埃及提出，调整关税，取消对外国商人和商品的“歧视”。
阿里迫于压力再次做出让步，最终埃及的关税只有2.5%仅为过去的四分之一。
至此埃及的国力被严重削弱，从此沦为半殖民地国家。
英法开始了长达数十年的埃及争夺战，而这次收获最大的居然是奥地利人。他们无意间获得了一个自己可以，低价购买原料，同时倾销垃圾的市场。