根据2005—2007年对玉龙雪山地区常见的经济植物进行调查，调查路线从海拔1800米的南麓虎跳峡，至海拔近4000米的高山流石滩，高差近3000米，常见的野生经济植物有81科177属387种。依据植物资源的类型划分及其经济用途，将区内野生经济植物分为8类，其中药用植物172种、花卉126种、芳香植物21种、油料植物19种、鞣料植物19种、纤维植物10种、淀粉和胶质淀粉植物10种、野果植物10种。
玉龙雪山常见药用植物资源共31科90属172种，其中金铁锁、云南重楼是云南白药的主要原料。当归、岩白菜等名贵、珍稀药材种类比较丰富。
玉龙雪山海拔高差悬殊，具有寒、温、热3带若干气候类型，且湿度较大、日照多、紫外线充足，因而植物花大色艳，是云南高山花卉的主要产地，素有“天然花园”的美称。常见的观赏植物资源共有8科32属126种，尤以杜鹃属45种、报春花属44种和龙胆属36种植物居多。区内芳香植物资源涉及樟科、芸香科等7科13属21种。区内常见纤维植物有8科8属10余种。
玉龙雪山常见的鞣料植物资源4科7属19种。如松脂含量高的有云南松、华山松、高山松；可生产生漆的漆属植物有5种，栲胶资源有板栗和青冈等，单宁含量在7%以上的树种有水冬瓜和野核桃等，区内常见淀粉植物有5科5属10种，如各种栎类的果实。常见的野果植物资源有4科6属10种。
玉龙雪山总面积为2.6万公顷，天然林面积7663公顷，占总面积的29.5%；疏林地面积1235公顷，占总面积的4.8%；灌木林地2288公顷，占总面积的8.8%；无林地面积1269公顷，占总面积4.9%；非林地面积10545公顷，占总面积52%。主要有云南松林、铁杉林、华山松林、高山松林、丽江云杉林、长苞冷杉林、大果红杉林、小果垂枝柏林、栎类林等森林类型，积量1857796立方米，森林覆盖率为55%。
玉龙雪山已记录到的主要野生经济动物有59种，属于兽类的有8目21科 42属57种，多分布在高海拔和人迹少至的地方，有种类多、数量少的特点。其中属国家重点保护的珍稀濒危动物25种，其中国家级一类保护动物有：滇金丝猴、金钱豹、云豹、绿尾虹雉4种；二类保护动物有：猕猴、黑熊、小熊猫、石貂、大灵猫、小灵猫、鬣羚（野驴、苏门羚）、斑羚（岩羊）、岩羊（青羊）、原麝、林麝、马麝、藏马鸡、白鹇、红腹角雉、金猫、穿山甲、水獭、毛冠鹿、白腹锦鸡、鹦鹉21种。
玉龙雪山自然保护区当地和周边有4个乡12个村，有纳西、汉、藏、彝、傈僳、白、普米等7个民族10000余人。早期的森林采伐、过度放牧、环境污染等人为活动的影响造成了保护区动植物栖息地面积减少、质量下降和破碎化，对野生动植物资源的生存和发展造成了严重影响。自然保护区成立，由于生产生活的需要，一些优良用材和观赏树木如云南榧树、长苞冷杉、澜沧黄杉、丽江铁杉、棕背杜鹃等因过量采伐，林地生境恶化，植株数量极其有限，且多散生分布，天然更新困难，严重影响其正常生长。受市场高额利润的驱使，一些珍贵药材和花卉如虫草、松茸、短柄乌头、云南黄连、金荞麦、喜马拉雅红豆杉、红景天、黄牡丹、龙胆花、兰花、绿绒蒿等因长期滥采乱挖，资源破坏严重，分布范围日益减少，已濒临灭绝。
因传统习惯或利益驱动，周边社区村民非法进入保护区偷捕盗猎野生动物的现象也时有发生，在保护区偷捕盗猎的野生动物种类主要有野猪、岩羊、林麝、穿山甲、水獭等兽类和红腹角雉、白腹锦鸡、鹦鹉、画眉、山斑鸠、竹鸡等鸟类。
玉龙雪山自然保护区是中国少有的植物模式标本的集中产地，有800多种种子植物模式标本采集于此。国内外科研单位频繁涌入，年进入玉龙雪山进行科学考察的人员达2000多人次。
玉龙雪山上有3条索道，活动范围从海拔2400m的丽江古城扩大到了保护区核心的海拔4506m雪山冰川，每年接待的旅游客流量超出了玉龙雪山的接待能力。同时玉龙雪山旅游服务，活动范围深入到了海拔3800~ 4000m的雪线附近。高山植被和野生花卉被游客践踏、破坏；野生动物的数量急剧减少，滇金丝猴、野驴、黑熊等珍稀动物已难觅踪迹。
1982年到2002年，玉龙雪山最大的白水1号冰川冰舌大约后退了250米，厚度和积雪面积也在减小。冰川末端海拔高度由2004年的4255米上升至2009年的4320米；海拔4680米处的冰川宽度由2004年的336米缩减为2009年的318米。全球气候变暖是玉龙雪山冰川退缩的主要原因。
1957—1999年，玉龙雪山冰川消失了4条，总面积减少了3.11平方千米，冰川表面形态破碎严重，冰面破碎化趋势已从消融区发展到积累区，2008年和 2009年在冰川积累区已形成冰面河和冰面湖等。
2001和2009年，玉龙雪山地区由1957年的19冰川缩减为13条，总面积由11.6平方千米分别减小为5.30平方千米和4.42平方千米，1957~2009年冰川年面积变化率为-1.19%，远大于中国其他典型冰川区冰川面积年变化率。
2011年，白水1号冰川表面已陆续发育为一系列规模较大的冰裂隙，冰体冻结能力降低，冰缘带岩体稳定性下降，诱发了2004和2009年玉龙雪山漾弓江5号冰川的崩塌。
甘海子位于玉龙雪山东麓，原为高山冰蚀湖泊，后因雪线上升，积水减少以至干涸，人称“干海子”，是一个三面环山的高原草甸，整个大草甸长约4公里，宽约1.5公里。
蓝月谷玉龙雪山冰雪融化成河水从雪山东麓的一条山谷而过，因月亮在蓝天的映衬下倒影在蓝色的湖水中，又因英国作家希尔顿笔下的《消失的地平线》中的蓝月亮山谷近似于此。故名“蓝月谷”。
蓝月谷中的河水在流淌过程中因受山体阻挡，形成了4个较大的水面，人称玉液湖、镜潭湖、蓝月湖和听涛湖。湖岸四周植被繁茂，远处雪峰背衬。
滑雪场位于扇子陡东坡下，海拔在4500-4700米之间，四季积雪，东西向长1000米，南北向宽600米，且雪质好，适合四季滑雪。是世界上最温暖的滑雪场，中国一年中滑雪时间最长的滑雪场。
白水河，从干海子到云杉坪之间，有一条山谷，谷内林木森森，清溪长流，谷底清泉长流的河，叫白水河。因河床、台地都由白色大理石、石炭石碎块组成，呈一片灰白色；清泉从石上流过，亦呈白色，因色得名“白水河”。白水河之水来源于四五千米高处的冰川雪原融水。
云杉坪海拔3240米，是玉龙雪山东面的一块林间草地，约0.5平方公里，海拔3000米左右。纳西语称为“吾鲁游翠阁”，意为殉情之地，在纳西东巴经典《鲁般鲁饶》中，曾把云杉坪描绘成白鹿当耕牛、赤虎当坐骑、雉鸟来报晓、白雪酿美酒、树上结金果、洁净无苍蝇的理想乐园，即纳西族传说中的“玉龙第三国”。
牦牛坪纳西语称为“阁展古”（阁是高山草甸，展为有如星朵罗列，古为一方或一隅），意思是一方有如星朵罗列的高山草甸。海拔为3700米，一年四季风景如画。
两天之后。一对俊美的男女。行走在这座富有神话兴致的雪山之上！
“老公，你现在，真是越来脸皮越厚了，原本你还装着一点，现在，怎么，你这都已经开始照着手机。给我读了是吧！”玉如樱气愤的说道！
“嘿嘿，这不是，比较官方嘛，你要知道，这可是最为官方的记载！哎呦！如樱，你得温柔一点！哎呦，你还打我。哎呦。如樱啊，得得，我给你说一下关于这里的神话传说吧怎么样，求放过！”