鹳妈妈坐在巢里给四个刚刚出生的鹳娃娃讲故事，鹳爸爸就在离他们不远的地方站岗。
这时，有一群孩子从街上走来，他们远远地就看见了鹳，于是，他们唱起了一首古老的关于鹳的歌谣：“鹳儿鹳儿快快飞，飞回自己的巢里，你的妻子在巢里，带着四个小宝宝，第一只将被吊死，第二只将被棍棒打死，第三只将被烧死，第四只将要摔死。”
鹳娃娃们听见了，心里有些不安，就问妈妈，是不是自己要被烧死或吊死。鹳妈妈安慰鹳娃娃们，叫它们不要听孩子们唱，只要安心听妈妈讲故事就行了。
那些孩子们依旧不停地唱着，有一个名叫彼得的孩子听了很不安，叫其他的孩子不要这样唱，可那些孩子们根本就不听他的。
到了第二天，鹳妈妈正在喂鹳娃娃们吃东西，那些孩子又来了，还唱着同样的歌谣，还边唱边拍起了巴掌。鹳娃娃们听了心里很害怕，紧紧地依偎在鹳妈妈身边。鹳妈妈不住地安慰着鹳娃娃们，给他们讲鹳爸爸是多么坚强，只要有信心面对一切就不会害怕任何事情。鹳妈妈还告诉他们，从明天开始，它将领着他们去学习飞翔，因为只有学会了飞翔，能在空中自由活动，才不会被人欺负。
听着鹳妈妈的耐心解释，鹳娃娃们心里不再害怕，静静地等着明天到来，就可以跟妈妈学习飞翔。这时，站岗的鹳爸爸也叼着鹳娃娃们爱吃的青蛙和小蛇回来了。等鹳娃娃吃饱后，鹳爸爸就和鹳妈妈商量了一阵娃娃们学习飞翔的事。
第二天太阳刚刚升起的时候，鹳妈妈就把鹳娃娃们全部叫起来，跟着它一起来到屋顶上，娃娃们走路都还摇摇晃晃的。可鹳妈妈不管这些，不停地给娃娃们做示范，鼓励娃娃们要有耐心，要坚强，不要害怕困难，如果害怕困难的话，就真的会像那些孩子们唱的那样死去的。鹳娃娃们刚开始即使只是笨拙地跳跳也要摔倒，有一只鹳娃娃的头上还摔出了血。可是，鹳娃娃们在妈妈的带领下，坚强地飞着，终于，一次次尝试着飞向真正属于自己的蓝天。因为鹳妈妈说了，必须赶在冬季到来之前，练好飞行本领，参加所有鹳的集合大操练，到时候大家才能飞到温暖的地方去。
在鹳妈妈的耐心指点下，鹳娃娃的飞行学习进步很快。他们越来越感到，飞起来的乐趣真是没有什么事情可比。它们开始向鹳妈妈说，准备报复那些唱歌的孩子们，他们一直唱，每天都希望鹳娃娃怎样死掉，实在太讨厌了。
鹳妈妈听了娃娃们的抱怨，制止了鹳娃娃们的报复想法，叫鹳娃娃们要学会理解人类的孩子们，他们其实也并不全是真心希望鹳娃娃们死掉，只是出于一种好玩的心态。现在鹳娃娃们学会了飞翔，更要学会宽宏大量，只要把自己该做的事情做好了，就不要去计较别的话语。
鹳娃娃们听了妈妈的话，心里的不平渐渐消失了。最后，在鹳妈妈的帮助下，鹳娃娃全身心投入到飞翔的大演练中，并且取得了很好的成绩。在庆祝宴会上，鹳妈妈告诉鹳娃娃们，她准备了许多漂亮的布娃娃，要鹳娃娃们将这些布娃娃分别送给那些人类的孩子，就是那些曾经唱歌希望鹳娃娃们全部死掉的孩子。在这些孩子中，有一个叫彼得的得到了两个布娃娃，鹳妈妈还把鹳娃娃的名字也叫作彼得。因为这个孩子很善良，鹳娃娃们都高兴地接受了。