秦馆被拆走的重要零部件，都被包弥勒暗中送上了东渡的船。为迷惑闵自道，他还以自己的一家老小为诱饵，假说想要移居庸城，都说虎毒不食子，包弥勒为了自己的后半生真是豁出去了，可人算不如天算，就在他以为计划天衣无缝，坐在船舱中喝酒的时候，周逸逍和费茹泪出现在他面前，见到二人包弥勒端酒杯的手迟迟没有放下，愣愣地看着他们。
“再不喝就洒没了”周逸逍提醒他
包弥勒看着杯中酒自知大势已去将酒一饮而尽“我...我认输了，只要能保我性命，我一定好好配...”
嗖...嗖...
两只飞镖从舷窗射进来，正中包弥勒脖颈血流如注浸湿衣裳，不等周逸逍追出去传来跳水的噗通声，包弥勒很快没了气息。
在上船之前闵自道就买通了守军，将秦馆剩下的资料和装备都搬上了船，随着船队一直向东在秦国边境才停下来，与徐福，徐母告别后，按照闵自道的安排这里将会是新秦馆的地址，傍晚的时候费芊水派遣的增援也到了，传送系统修复后，众人得以返回现代。
坠秋因闵自道的事受到牵连，被董事会罢免了部分职权，其所主导的研发计划被迫停止下来。周逸逍成功协助秦馆交接，除了给予假期和奖金外，还被费芊水破例安排了一场只有银番导游才能参加的培训。
......
被暂停的计划名为“天堂庄园”是坠秋多年来的心血。她认为传统的时空旅游早晚都会被取代，单纯的回到过去体验古人生活的模式太过单一，现代人尤其是遭受过战争洗礼的人，喜欢更加刺激，更加狂野的游玩体验，在坠秋的计划中，人们将不再受到“星替”系统违反史实的限制，完全可以随心所欲的玩乐。
董事会也好，费芊水也好，哪怕是费马本人也无法阻止她实施“天堂庄园”的计划，为达成这一目的，坠秋暗中派人联系上了“黑枭匪团”，让他们帮忙策划一场足够改变费马格局的事件。
经过筹划，“黑枭匪团”先是派人混入费马公司，将一种瘫痪病毒放入公司的服务器中，直接导致了“星替系统”的坐标被毁，从汉朝一直到元朝的有效坐标范围全部失效。时空旅行无法进行，费马集团面临破产危机。
从管彤那里得知，圣殿手中还存在一种坐标系统，周逸逍主动找山门谈合作无果，在海喆的帮助下雇佣赤阳匪团盗取新的坐标系统。得手后却被时空局的梦芬抢夺，新坐标系统中携带有破坏病毒，再加上时光机“孤梦”本身就有故障，仅有的时光机彻底报销。
周逸逍苦苦哀求褚狄帮忙制造新的时光机，依靠现有掌握的技术褚狄造出了简易的时光机和坐标系统，测试阶段周逸逍无意间回到了更早的时间设定，见证了整个事件的真相和起因。
2100年
周晓天、费马、饶雪三人曾是大学同学。其中饶雪是一名非常有天赋的历史研究生，她在研究了人类的发展史之后，得出了人类社会的运行规律。根据规律推算得出的结论是，在未来2200年人类社会的财富将会蒸发，文明被毁于一旦，而人类自己将不复存在。
为了能够阻止这一情况，让未来的人有所警觉，饶雪想要将这个消息传出去，于是她找到了费马和当时在时空研究所工作的物理工程博士周晓天帮忙，想运用时光机向未来发出警告，于是三人开始进行合作。
周晓天成功研制出了时光机（初代），而费马也成功编写出了坐标系统，饶雪将写有人类社会运行规律的演算式和最终预言结果，以甲骨文字方式刻在了两张飞米硼纤板上。
为了确保将信息传出，三人进行了大量时空测试实验（情桥便是测试时留下的节点），精明的费马发现可以利用时空穿梭技术进行商业旅游开发，于是将全部精力投入到星替系统的开发，而就是在费马开发程序的时候，周晓天与饶雪对已经开发的程序进行测试，也就是在这段时间，两人产生感情并导致饶雪怀孕，其后星替系统测试成功。
经过努力，三人成功将信息传送到未来！信息被未来的执行长成功接收到，而此时正在计划将剩余的人类斩尽杀绝。由于未来克隆人大量存在，与人类相比他们更加听话，更节省社会资源，更容易替换，更容易被统治。
预言的出现让执行长惊慌，为防止预言泄露，导致自己灭绝人类的计划失败，执行长派出直属于政府的特工“零史”（洪流真正的老大）回到过去，意图杀死饶雪。同时为了能够顺理成章的将人类灭绝，必须让未来的执政委员会看到人类过往的丑陋，使他们丧失对人类的信心，进而同意灭绝人类。
出发前执行长吩咐零史杀掉饶雪后，回到过去尽可能破坏人类的历史，让战争和杀戮成为整个人类历史的主要基调，过往的历史就能成为人类的罪证，最后在未来铲除所有人类。
为保证计划万无一失，执行长除了派遣零史外，还派了一个真正的克隆人编号K-H-7“坠秋”协助他。
在三人成功向未来发射信息之后，费马准备成立一家时空旅行的科技公司，并邀请周晓天与自己合作，利用周晓天的时光机加上自己的星替系统，进行时空旅行项目。
周晓天表示拒绝，他想将初代时光机作为珍贵的礼物送给饶雪。费马去找饶雪想让她劝说周晓天同意与自己合伙。
零史利用空间虫洞回到2100年，找到并杀死了饶雪，回到历史中进行破坏并创立“洪流”组织。
饶雪的死让周晓天不能接受，为了救饶雪，周晓天想利用初代时光机“恒心”回到过去救回饶雪，但是由于没有精准的坐标系统，无法准确回到饶雪被杀的时刻，所以求助费马。
费马提出以时光机或者时光机技术为条件才能帮他，周晓天认为费马根本不顾过往的交情，心里只有生意金钱，两人大吵并因此决裂。
周晓天转投时空研究所，找到了当时的研究所主任梦芬，他以时光机技术为代价使用时空研究所当时已经确定了的空间虫洞，回到了饶雪被杀的那天，及时出现并与零史厮打起来，但两人不是零史的对手，其实费马于事发当天就在门口听到了饶雪打电话，发现饶雪已经怀了周晓天的孩子，因爱生恨故而见死不救。
两人快要被杀的时候饶雪告诉了周晓天自己怀了他的孩子，这时候时光机出现时间定格bug，周晓天利用这段时间将时光调整为16年后，将机器对准饶雪的肚子并将功率调到最大导致时光机爆炸，时光机爆炸的瞬间将周晓天、饶雪、零史，以及躲在角落里费马的部分大脑炸成碎片。
在获得了其父和费马的碎片意识后，周逸逍得以重建时光机和坐标系统，在成功阻止了零史的暗杀后，将时光机和坐标系统逆向开发，古今未来得以连成一体，时光旅行仍在继续！