拿破仑从前线撤回了开罗。
撤退是拿破仑不得已之举，他的远征只是想追随自己梦想中的偶像：亚历山大大帝的途径。但是，他没有那么好的机会，也没有那么充足的兵力。他既缺少兵又缺钱，还缺粮食与补给。他在阿克取得战功不假，但实际上损失仍然很大。
6月14号，拿破仑返回开罗的时候，他提前传令说让整个城市开始筹办庆典，以迎接他的凯旋之师。
入城之时，拿破仑展示战俘与缴获的军旗，他要求士兵穿上最好的衣服，可是，经过这么长时间远征，两次穿越大沙漠，法军依旧显得非常惨兮兮的，他们没有什么完整的军服，不是少了帽子就是少了靴子。
在叙利亚远程中，拿破仑折损了4000人，其中包括在城下的损伤以及由于得鼠疫的损伤，其中以鼠疫最为惨重，这种病在之前折磨了欧洲几十年，但这时候又开始折磨拿破仑的军队了。
一周后，拿破仑派刚托姆去亚历山大港，让他安排威尼斯制造的巡航舰“卡利亚·米罗号”准备启航。而拿破仑和他的副官也开始准备他们的绝密长途旅行。
拿破仑期间告诉督政府说：“我们是沙漠的全境之王，我们击败了所以的敌人。”第一句话确实没有什么自夸价值，但是第二句话就是一个谎言，因为奥斯曼土耳其组织了一支舰队，已经瞄准埃及开来了。
7月15号，拿破仑、蒙日、贝雷何来和迪·罗克郎从大金字塔里过夜出来，他们兴致勃勃，认为可以以自己的亲身经历来证明传说的不存在。但是他们马上接到汇报，土军已经到了阿布基尔的沿海。
拿破仑立刻下令进行大阅兵，不仅仅是提升法军的士气，更是为了向埃及人，这些被征服的人们显示法军的强大。最为重要的一点，他必须向围观群众中的英国间谍表示法军不是那么好惹的。
拿破仑精准地预判到了亚历山大城的马尔蒙部队即将被敌军包围，便要求马尔蒙和他的部队只准白天睡觉，离天亮还早时就要吹起床号，确保所有的军官晚上披挂整齐，以及在城外准备一大群狗来防备敌人偷袭。拿破仑还把自己所有可以用的兵力从开罗运到了亚历山大。
7月23号，拿破仑本人也赶到了亚历山大。很快，法军得知阿布基尔港的小股守军溃败，并且被土耳其军队斩首。这件事导致的损失并不惨重，但十分影响士气，因为法国人不喜欢这种残酷的作战方式，同时，这也导致两天后在阿布吉尔会战中，很少有法军被俘，法军为了保住自己性命，奋力苦战直到战死。
阿布基尔会战中，8000名的法军大败了土耳其军队，杀死了近7000名土耳其人、马穆鲁克人以及贝都因人。说句良心话，法军也是不得不杀死他们，因为不杀他们，法军就会被杀死。法军本身可以抓住3000名俘虏的，但是很不幸，最后只得到3000具尸体。这些俘虏是怎么死的？没人知道，但我们可以相信，法军非常残忍地杀死了入侵埃及的那些土耳其人，作为那场斩首事件的报复。同时，土耳其人收复埃及的计划彻底破产了。
然而，就在这时候，法国开始面临着第二次反法同盟，他们面临着英国、奥地利（即神圣罗马帝国）、俄国、土耳其以及教皇国组成的新反法同盟。拿破仑必须尽快返回本土。而此时，马塞纳和莫罗正在莱茵河地区与奥地利和德意志人苦战，只可惜除了马塞纳将军打得非常好以外，其他人，比如莫罗，打得并不怎么样。马塞纳独木难支，他即使自己战胜，也没有办法改变当时战事的失利，这导致马赛那没办法进攻，反而要跟着一起后撤。
所幸的是，反法同盟出了大问题。他们根本没有制定好作战计划，他们互相在扯淡，互相争夺总指挥权，在讨论到底该怎么打仗，他们花了几周去讨论作战计划，导致了之前已经取胜的部队竟然在原地作战。
但是，即使如此，之前拿破仑所取得战争成果迅速失去了。英国在考虑恢复意大利王室，而反革命分子和以前第一次反法同盟期间一样，积极地卖身投敌。很多当时在外面流落的法国旧王公大臣已经开始考虑响应英国的号召了。
而此时，拿破仑只能焦急在亚历山大城的海边干瞪眼，因为来接他回国的船还在航行。
其实拿破仑决定回到法国是一个非常胆大的壮举，为什么？因为他没有庞大的海军护航，整个地中海几乎都是英国所控制，拿破仑几乎是偷渡回法国的。但是他还不能告诉大家他是准备回去法国，为什么呢？因为当时他必须对埃及军团撒谎，他不能表示他自己是抛下自己的军队。他只能说，督政府要求他回到法国。
8月22号，拿破仑登上了“米隆号”，开始“偷渡”。到第二天早上八点，在“卡卡利号”的陪伴下，拿破仑顺着东北风起航，开始了漫长的回国之旅。
拿破仑实际上非常非常紧张，因为地中海到处都是英国的海军在巡航，拿破仑甚至在脖子上挂了一瓶毒药，这样当他被英国人抓住时，他可以立刻服毒自尽，而不是被英国人羞辱后处死。
幸好，拿破仑出航后接下来几天的风向没有变，所以他幸运地躲过了英国的两艘巡洋舰和一艘威尼斯出产的奥地利巡航舰绕道回到法国。
拿破仑的船走的非常慢。他们先是沿着非洲的海岸线西进，到了迦太基湾，接着又北上，到了撒丁岛。在这期间，拿破仑突然表现得非常无忧无虑，他总是在琢磨着地理或者化学，或者跟别人讲鬼故事。贝尔蒂埃则会给拿破仑读历史书，一直读到深夜，哪怕对方是在晕船。
当某一天他们正在聊天，聊到了拿破仑的家庭时，拿破仑突然指着一个方向说到：“看，那里就是我父亲曾经的葡萄园所在地。”大家以为他在开玩笑，但是他们确实看到了一片陆地，那就是拿破仑的故乡：科西嘉岛。
两艘船驶入了阿雅克肖港，两侧的炮台鸣炮致敬，所有人冲到岸边，围住他们的巡航舰，拿破仑回到了故乡。当晚，拿破仑和家族里还留在科西嘉岛的亲戚共进晚餐，并让自己的一个表弟大声朗读公共报纸，以掌握当时意大利军队的各种报道。
其实这次拿破仑对埃及的征服，并不是军事掌握战略上的成功，但是是一个学术上、文化上、艺术上的成功，尤其是1809年，法国将军德农写的《埃及记》出版以后，几乎成为了一个非常完整的著作，上面写着奉“拿破仑大帝的陛下诏令出版”。埃及人之后不停地出版续作，最终达到21卷，里面非常详尽地记载当时各种埃及的文物、地理、建筑、文化、政治等各种方面。这种书虽然没有政治夸耀成分，但是它代表了法国文明的高度，它是与后来所获得的罗塞塔石碑一起成为了当时拿破仑征服埃及的一个文化见证者。
只可惜，在2011年，阿拉伯之春反抗运动爆发了。12月17号，在开罗解放广场的附近埃及学院起火，院内19万份书籍被焚毁，这简直文化史上最惨无人道的事情之一，而其中包括德农写的《埃及记》的唯一手稿也在此次事件中焚毁了。
但是，现在不是关心这个的时候，拿破仑回国了，这个英雄回来了，那些企图反对法国，反对革命的人，完蛋了……