火星历5300年，也就是地球历两亿五千万年，繁盛一时的火星文明已称霸半个银河系。但在与一个潘多拉文明的交战中，遭到了毁灭性的打击！只因为他们误杀了潘多拉文明的二公主。母星被击毁，两百亿人口化为尘埃。文明等级只差一级，火星人本以为潘多拉文明的科技水平远远落后于火星文明，可以将其征服，使其成为火星文明的附属文明。
令火星人没有想到的是，敌人在正面作战的的舰队只是为了牵制火星舰队的主力舰队。而另一支舰队则绕过战场，伪装成民用飞船，直奔火星文明的母星。并带着一种毁灭性武器，可以摧毁一颗行星，这种武器就是离子炮。一发离子炮所产生的能量是太阳释放一周能量的总和。产生的冲击波会造成毁灭性的地震，并使板块互相碰撞。
经过了一周的长时间跃迁，潘多拉舰队终于到达火星文明的母星系—太阳系。火星人在跨入星际时代后，忽视了对母星的防御。他们认为，太阳系地处银河系边缘地带，是不会被其它文明发现的！母星上有火星近一半以上的人口，不过大多数都搬到了近地轨道中的太空城内。火星上只保留了基本的火星文明建筑、火星文明遗迹、火星文明数据中心，还有部分兵工厂，用于生产保卫太空城的防御性武器！
在火星军用天文观测台内，观测人员发现了异常情况，立即拉响警报。火星总参谋部内，参谋长尼克正召开紧急作战会议！他用全息影像播放了在太空中所观测到的异常情况。
他说到:“这是一次大规模空间扰动，我怀疑是虫洞出现的征兆。”其它将领纷纷吐槽:你大半夜把我们叫来就为了说这个，大家快散了吧！耽误大家的时间！没等这个将军说完，一个士兵便跑到尼克面前:“报告长官，发现人造虫洞，敌军来袭！”
尼克立即下达作战指令:全体军队进入一级战备，防御系统全面开启。立即派出十艘侦察舰到达虫洞附近。十艘泰坦级侦察舰从火星某军事基地起飞，不到十分钟便到达目标地域。这是因为火星人已经掌握了跃迁引擎技术和曲率航行技术！侦察舰先释放了一千个探测器，布置在虫洞附近。但下一分钟让所有人傻眼了，一艘近十万米的巨型飞船出现在火星侦察舰的附近，火星人顿时傻眼了。十万米的巨型飞船，简直无法相信自己的眼睛。潘多拉文明已经掌握了空间扩容技术。所以可以将十万米的飞船放在一万米的民用飞船内。只能怪潘多拉文明的人隐藏太深了，如果让火星人知道潘多拉星人有这么大一艘战舰，无论如何都不敢开战。潘多拉舰队首先切断了火星人的通讯，随后释放干扰器，切断了火星侦察舰队的通讯。随后，战舰直接碾压过去。直径一万亳米口径离子炮迅速充能，充能需要十分钟时间，潘多拉舰队先派出十艘重巡洋舰摧毁火星人的防御设施！尼克这才意识到，火星文明可能遭受毁灭性打击。他下令:发射十二艘火种飞船，飞船上有火星文明所有的科技资料和火星文明的发展史，还有一台工业母机。
随后，尼克下令发动自杀式攻击，为火种飞船的离开争取时间。由于潘多拉舰队发射了空间干扰弹，使得空间非常不稳定，使火星人无法使用跃迁引擎，只能采用常规动力。经过一波又一波的自杀式攻击，火星舰队终于杀出一条血路，使火种飞船顺利离开。不过，只有四艘火种飞船成功离开。一分钟后，尼克发布一条空间广播:尊敬的火星人民，我们的母星即将遭到毁灭性打击，请全体人民全部转入地下掩体避难！七分钟后，离子炮发射，火星文明毁灭，消失在了浩瀚星河中。
正面战场，在潘多拉星系的一颗殖民星附近。火星人看上了这颗星球上有火星人需要的稀缺资源:氦晶矿。这是一种具有储存能量功能的晶体矿，本身就蕴含着巨大的能量。是制作能量炮必不可少的矿物质。火星人的舰队虽然规模庞大，是潘多拉舰队的三倍，但在潘多拉星人的顽强抵抗下，这颗殖民星久攻不下。星空中到处都是战舰残骸，不过大多数都是火星文明的。因为潘多拉人隐藏了自己的真正实力。火星人的战舰一个接一个被打爆，连指挥官都傻眼了。他想:三天前潘多拉舰队不是被火星舰队咬着屁股打吗？他顿时恍然大悟:原来只是诱饵。刚开始，火星舰队占上风。但随着资源的消耗，战局进入白热化。双方舰队整整激战了五天五夜，战舰的残骸到处都是。火星舰队还有二十四艘战舰，潘多拉舰队还有十二艘战舰。火星舰队组织十四艘驱逐舰向潘多拉舰队发动自杀式攻击，终于消灭了潘多拉舰队，占领了这颗殖民星。