溶酶体（lysosome）是发现较晚的一种细胞器。1949年，C.de Duve等在研究大鼠肝匀浆中与糖代谢有关的酶的分布时，发现用蒸馏水制备的组织匀浆中的酸性磷酸酶的活性比用蔗糖液制备的组织匀浆中酶的活性高，且放置时间久的材料其酶活性要比新鲜材料的高，而酶活性与久置材料中的沉降颗粒无关。由此推想，细胞内存在某种结构，该结构中含有酸性磷酸酶，其膜可能非常敏感易碎，破碎后可释放出内含物。这些现象的发现和上述设想均促使de Duve开始寻找一种含有酸性磷酸酶活性的结构实体，直到1955年，de Duve研究组应用新发展的细胞分级技术，终于找到了这种结构实体。由于其内含有多种水解酶，可对蛋白质、核酸和多糖等起溶解与消化作用，故1956年将其命名为溶酶体。现已证实，溶酶体是一种广泛存在于真核细胞中专门具有细胞内消化作用的膜性细胞器。