杀董卓时，伏羲也在现场，他冷眼旁观，看到了董卓变身为巴艾尔的场景。
此时，从空中飞来一只神鹰，上面端坐一人，长发披肩，手执扁拐，那不就是自己么？然后就是祭起八卦，时空扭转，亚当显身，杀了董卓！之后时空恢复，人们都以为是吕布杀了董卓，似乎他与亚当从未出现过！这时，伏羲才终于相信，这一切都是命中注定，结局不可改变！
作为诛杀国贼的首要功臣，自然少不了朝廷的嘉赏和人民的称赞。于是，王允态度开始发生改变，有些飘飘然了：
“连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，还有什么可怕的呢？”
他便对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，甚至居功自傲。每当群臣集会，王允很少像以前那样和大家推心置腹，共同商讨权宜之计，而是正襟危坐，面无和悦之色。慢慢地，群臣不再像以前那样推崇和拥护他了。
当朝文学家蔡邕曾是董卓旧臣，听到董卓被杀消息时，蔡邕正好和王允在一起。当时，蔡邕感到很突然，不禁脸色大变，发出一声叹息。王允勃然大怒，严厉指责：
“董卓是国家的罪人，祸国殃民，不可饶恕，你身为天子臣民，应该从大局考虑，从国家出发，共同声讨国贼，不想你念及他对你的一点私惠，竟然感到痛惜，这难道不是与董卓一个鼻孔出气儿吗？”
说完，不容分辩，立即将蔡邕押至廷尉处问罪。蔡邕有口难辩，但作为文学家和史官，他为了完成自己未完成的事业，继续写成汉史，便陈辞谢罪，自己愿意承受刺剑削足的酷刑以保全余生。士大夫们都十分同情蔡邕的遭遇，设法营救，却毫无结果，太尉马日磾专程前往王允住处，替蔡邕说情：
“伯喈（蔡邕字）是难得的旷世奇才，学问渊博，见多识广，特别是对本朝故事了解颇多，应当给他机会，让他继续写成史书；况且伯喈以忠孝闻名于士大夫，现在以莫须有之名给他判罪，恐怕有失众望，不服人心！”
王允根本不听劝告，反驳马日磾说：
“先前汉武帝不杀司马迁，让他写成谤书，流传后世，现在国事衰败，社会缺乏时代精神，不能让蔡邕像司马迁那样，毁谤和诬蔑幼小的天子，因为这既对神圣的教化毫无益处，还使我们这些人遭到批评和指责！”
马日磾无奈，只得退出，感慨地对别人说：
“王允这种作法恐怕不行吧！善待人才，这是一个国家得以维持和发展的命脉，而让国家经典得以流传，则是重视国家制度和创作的保障。如今，像王允这样不重贤才，我们的国家能维持久远吗？”
可怜的蔡邕最后冤死狱中。之后，文武百官和士大夫对蔡邕的死议论纷纷，王允这才明白，蔡邕罪不致死，后悔莫及。
董卓死后，王允在如何安排和处理他的旧部时，反复无常，态度极不慎重，这正是王允最后走向灭亡的最直接原因。他先是想全部赦免董卓的部下，吕布也多次相劝，可继而王允又对群臣解释说：
“本来，他们是没有罪的，只是身不由己，跟随董卓，所以不得已听从董卓差遣，犯了错误。现在如果给他们突然加上恶逆的罪名，而且特定赦免他们，恐怕反而使他们猜疑恐惧，心理承受不了。所以，赦免他们无罪不是使他们安心的上上之策，还不如让他们承受惩罚。”
吕布又想把董卓的财物赏赐公卿、将校，王允又不准。王允平日看不起吕布，以剑客对待他。吕布则认为自己有功，自吹自擂，既不得意，就渐渐与王允不和了。
凉州兵是董卓的嫡系部队，战斗力强，而且对董卓最忠心。董卓死后，如何处置凉州兵，是关系王允本人和东汉政权的大事。王允企图削夺凉州兵将领的兵权，取缔全部凉州兵，并且计划利用关东兵去控制他们。可是后来有人对王允说：
“凉州兵素来害怕袁绍，畏惧关东兵，而今，如果派关东兵去解散他们，凉州兵人人都会担心性命不保，这样，很容易引起兵变和混乱。还不如任命皇甫嵩为将军，去担任凉州兵的统帅，并让他长期留在那儿，以便安抚军心。”
王允坚决反对：“这样绝对不行，关东兵是反董卓的义兵，与我们是同一条路线，现在董卓已死，如果继续把他们屯在险恶之地，虽然安抚了凉州兵，但是关东兵将领会疑心我们不重视他们。”
凉州百姓听到王允想解散凉州兵的风声，到处传言，说王允要杀掉所有凉州人。于是，整个凉州人心惶惶，一片惊慌。凉州兵将领本来就成了惊弓之鸟，对自己的前途深感忧虑，当他们得知王允要削夺他们的军权，解散凉州兵的消息后，更是惊慌。绝望的凉州兵寻思：反正是一死，不如死个痛快。于是他们迅速召集军队，严阵以待，准备见机起事，并且互相传告：蔡邕只不过受了董卓的一点厚遇而已，王允便不分青红皂白地把他杀了。对于我们，不仅没有丝毫赦免的意思，反而想剥夺我们的兵权，置我们于死地。我们除了联合起来，别无选择。
当时，凉州军中最有影响和实力的将领是李傕和郭汜。他们将所有凉州兵集合起来，誓师进军都城长安。东汉官兵不堪一击，不久，李傕、郭汜的部队便攻陷长安。吕布慌忙领兵出逃，在青锁门停住，招呼王允一同逃走。王允断然拒绝，对吕布说：
“如果天子祖先在天有灵，能赐福社稷，保佑我们的国家平安无事，我就心满意足了。如果愿望不能实现，我愿意献出自己的生命，以死来报效朝廷。皇上年纪幼小，少不更事，只能靠我们来辅助他。国家遭受如此灾难，如果弃了皇上，只顾自己逃命，我实在不忍心。况且，我身为宰相，不仅不能使国家平安无事，反而导致逆贼反叛，我责任重大啊！请你出城后，多多鼓励关东豪杰，要常常念及皇上！”说完，便扶着汉献帝逃到宣平城楼。
李傕、郭汜追到宣平门下，叩头便拜。汉献帝壮起胆子询问道：
“你们目无王法，作乱京城，到底打算作什么？”李傕回答说：
“董太师对陛下忠心耿耿，却无缘无故遭人杀害，我们只想替太师讨回公道，不敢造反。等到捉拿处决凶手后，我们愿意接受审判。”
王允二话没说，向汉献帝行了最后的君臣大礼，便随士兵走下了城楼。起先，王允提拔过同郡人宋翼为左冯翊、王宏为右扶风。当时三辅地区兵多粮广，李傕等想杀掉王允，害怕二郡为患。于是先征召宋翼、王宏。等二人到长安后，李傕逮捕了他们，把他们都处以极刑。王允时年五十六岁，他的长子侍中王盖、次子王景、王定及宗族十余人都被杀害，只有兄子王晨、王陵在伏羲的保护之下，得以逃归乡里。
王允死后，“天子感恸，百姓丧气”。
迁都许昌后，汉献帝思念王允的忠贞气节，便改用隆重的殡礼重新安葬王允，还特意派虎贲中郎将“奉策吊祭，赐东园秘器，赐以本官受绶，送还本郡”。后来，又封王允的孙子王黑为安乐亭侯，食邑三百户。
王允的坎坷一生，另有一件事情也值得提及：即他对汉代图书、档案等文化典籍的收集和保护。董卓迁都长安时，王允特意把兰台、石室两个藏书馆所藏的图书和档案全部收集整理，用箱子运往长安。
王允命该如此，令伏羲十分痛心。伏羲知道，历史的结局是不可改变的，自己不能永远留在过去。对于自己来说，时间已经停滞，在过去和未来中再待下去，也没什么意义，必须尽快回去。