一代枭雄与世长辞
天命六年（1621年），清太祖自统大军，水陆并进，进攻明之沈阳卫。明军以万余人当数倍之众，展开血战，结果仍被歼灭。太祖之所以能取得大捷，亦因事先派人潜入沈阳，联络城内的蒙古饥民以为内应之故。
攻陷沈阳后，太祖召集诸贝勒、大臣商议后又进攻辽东的首府辽阳。不久，辽阳也被攻陷。至此，辽河以东，已无明之完土。在追逐过程中，后金军队把汉民驱徙到河东，分给八族官兵为奴，也即清代包衣的来源——属上三旗（指正黄、镶黄、正白）的隶于内务府。既附旗籍后，便不问其原来氏族。曹雪芹的先世就是包衣，隶正白旗。
沈、辽到手后，太祖又问诸贝勒、大臣今后应移居辽阳还是回到赫图阿拉（兴京），大家以“还国”相答。太祖说：“国之所重，在土地人民。今还师，则辽阳一城，敌且复至，据而固守，周遭百姓，必将逃匿山谷，不复为我有矣。舍已得之疆土而还，后必复顽征讨，非计之得也。且此地，乃明及朝鲜、蒙古接壤要害之区，天既与我，即宜居之。”
众人都觉得很对，于是决定迁都。
这时还是明代天启年间，太祖还不可能有进窥关内、灭明称帝的意图，但也见得他在谋略上确有高出众人的卓见。
迁都之议决定后，诸福晋（夫人）在众贝勒迎接下来到辽阳，踏着芦席上铺设的红地毡，进入汗的衙门里。因为辽阳旧城年久倾颓，而东南有朝鲜，北有蒙古，都未宁贴，故须更筑坚城，分兵守御。太祖乃下令降附之民筑城，筑于城东太子河畔，并兴建宫殿、城池、坛庙、衙署，称为东京。
当时的沈阳城只有辽阳城的一半规模，但太祖鉴于沈阳比辽阳更有发展前途，又想迁都沈阳。
在迁都辽阳时，诸贝勒、大臣本就不赞成，这次又以力役繁兴、民不堪虐为由向太祖力谏。太祖列举了迁沈的许多好处：其地四通八达，征明、征蒙古、征朝鲜皆便利；近处多河流，顺流而下又便于砍伐木材；出游打猎，山近兽多……最后，他责问道：“吾等虑已定，故欲迁都，汝等何故不从！”接着，他于初三日出东京，宿虎皮驿，初四日至沈阳。
从这两次迁都之事上，都表现出太祖果敢专断的性格。
沈阳后来称为盛京，满文音译为“穆克屯和屯”。城中的大政殿和十王亭是宫殿的主体建筑，大政殿坐北朝南，台基上矗立着朱红圆柱，形状为亭子式八角重檐建筑，顶铺黄琉璃瓦，殿的八脊顶端聚成尖状，上设相轮宝珠与八力士宝顶，体现出藏传佛教色彩，十王亭分列左右。宫殿保存到今天，也成了一座完整的清故宫。全部建筑占地共六万多平方米，屋子三百余间，西路有戏台，储存《四库全书》的文溯阁即在西路。
这时的关外，明室尚驻有重兵，所以两方常发生战斗。天命十年（1625年），太祖得知明辽东经略易人，新任经略高第怯弱惧战，主动放弃关外诸城，企图退守关内，只有宁前道袁崇焕拒不从命，坚守宁远（今辽宁兴城）孤城。太祖以为这是一个好机会，便于次年正月十四日，亲率六万大军进击，并于二十三日到达宁远，越城五里横截山海关大路驻营，企图割断关内外的联系。太祖知袁崇焕颇有智谋，而清兵星夜疾驰，士马困疲，所以不敢轻易攻城，乃先遣使诱降袁崇焕，但为崇焕所拒。
宁远城由袁崇焕亲自督修，城脚以大石头砌成，袁营有兵四五万人，其中有善于用火器的闽卒，架设新从葡萄牙输入的红衣炮。城西龙宫寺的囤粮也已运入觉华岛，又命士兵凿冰十五里，以防清兵履冰入岛。袁崇焕本人刺臂写血书，烹体肉，激励守城军民，誓与孤城共存亡。
太祖见劝降不成，便发动猛攻，城上明军即以红衣炮轰击。清军前锋攻城兵，身披铁铠二重，号为“铁头子”，推动双轮战车进逼。战车用槐、榆二木做成，厚八寸，上覆生牛皮，内藏勇士（敢死队）数人，靠近城墙时勇士便在内凿城。明军则制成护城的木柜，半边卡在城堞之内，半边伸出墙外，柜中甲士俯下射箭，但仍无法击退“铁头子”，而城墙下半截已有数十处被凿损，百姓大为惊慌，袁崇焕身先士卒，命令以柴草浇上油，再加火药，用铁绳系至城下，然后以柴、棉等物掺硝磺、松脂焚烧。清兵战车起火，铁头子只好退下。明军乘机发炮猛轰，清太祖突然中炮受伤，八旗兵于是退至龙宫寺结集。
后来清兵一度踏上觉华岛，占领了东山、西山，屠杀明方的军民，烧毁岛上的粮草。但想到明朝援军正四面逼来，太祖又在重伤中，便迅即撤离至兴水县的白塔峪扎营。太祖也深为懊悔，于二月初九日回到沈阳。
这一战役，就死伤人数说，明方大于清方，仅觉华岛便达三万余人。以孤城而奋战如此惨烈，说明无论汉满，士兵都表现得十分勇猛，且火力已在战争中占了重要地位；而清太祖的失败，轻敌是主要的原因。
太祖败归养伤后，仍然亲自督师出战。这一次的敌人是蒙古巴林部的囊奴克，最终被皇太极（即清太宗）放箭落马，包围了囊奴克营寨，将牲畜、财物全部夺过来。蒙古的科尔沁诸贝勒大首领鄂巴台吉遂前来通好朝拜，便将鄂巴招为女婿。但这些其实是在夸耀太宗皇太极的武功。
太祖在宁远之役后，虽然又曾出征蒙古，并且获得胜利，但百战老将，受此败绩，对方却是四十岁的初战文臣。他身上的创伤又未曾完全治愈，这在他心灵上自必产生很大震动。儿子那么多，都在战争中立过功，自己已到六十八岁，将来应当由谁来嗣位？继承者能不能像他那样英明精悍？他谆谆劝导诸子要互相和睦，不得偏私，这与民间一般的家训绝不相同，实际是深怀隐忧。太祖后期的作战，多半得力于父子兵，而在父子兵的壮大过程中，却随时萌含家庭之变的因素，也即为政变提供条件。谁都是汗父之子，谁都可以恃功而坐南面。他曾经想以褚英嗣位，最后却成为他的对头，甚至要诅咒他死亡。那么，还有谁可以信任的呢？他的同母弟舒尔哈齐曾被他幽禁而死。人到暮年，清夜扪心，能不负疚吗？《清太祖实录》三月三日，曾记有这样一段话：
吾思虑之事甚多，意者朕心倦惰而不留心于治道欤？国势安危、民情甘苦而不省察欤？功勋正直之人有所颠倒欤？吾虑子嗣中果有效吾尽心为国者否？大臣等果俱勤谨于政事否？
也许还有些不能记载或未曾宣泄的内心活动。这一切使他在有限的岁月中，有着极其沉重的心理负荷，被痛苦、悔恨和焦急磨耗着。
天命十一年（1626年）七月间，太祖病势加重，前往清河温泉疗养。二贝勒阿敏为他杀牛祭神，但并无效果，便乘船顺太子河而下，并传谕大福晋阿巴亥前来迎接，会于浑河。大福晋到达后，又溯流至叆鸡堡（距沈阳城四十里）。这说明对大福晋是很宠爱的。八月十一日，因背疽突发，这一代枭雄终于与世长辞。
日本稻叶君山《清朝全史》第十二章云：“然太祖之柩未冷，宫廷之间，又演出惨剧。”这惨剧，首先表现在对一个妇女身上，即太祖的妃子阿巴亥。