就在武昌城内的清朝大员们就守城与弃城争论不休的时候，西征军带着各处劫掠的辎重，撤出汉阳、汉口，主力部队护送辎重回皖，仅留部分兵力驻守蕲、黄，作为将来再次劫掠的桥头堡。
西征军主力涌入皖境后，用一个多月攻克省府庐州，皖北大捷后、
紧接着，西征军的目光再次转向湖北，此次太平军兵分两路一路由国宗韦志俊、石镇芒率领由天京进犯湖北，另一路由骁将曾天养会同国宗石祥祯、石风魁、韦以德以及春官又副丞相林绍璋等统率四万多大军从皖北进犯湖北。
就在太平军退出湖北经略皖境之时，武昌城内的的蔡纶渐渐胜出，因为即使太平军暂时撤出武汉时，吴文铬仍然坚决固守武昌，反对乘太平军撤出湖北时打击太平军，一定要等到湖南两广船炮到齐后方在出击。
白白错过战机，因为这时候明显清军占据优势在湖北，若此时出击一则可以减轻皖进压力，二是可以打击太平军。迫使太平军不能从容夺取庐州。
等着准备好在出击，也不是不行。但这有一个前提是谁先准备好。若是清军先准备好自然是没问题。但若是太平军先准备好，那固守武昌无异于坐以待毙。
很遗憾这次庐州并没有复制南昌那样坚守八十多天成功守城。而是仅仅一个多月就被攻破，而且庐州被攻破之后，太平军立即调转枪口进犯湖北。
此时湖北不但唇亡齿寒，而且因为在此前蔡纶的据理力争的向咸丰帝弹劾吴文镕说：“现有兵勇一万数千名，除守城及扎营附城要隘外，尚有数千可以出征。若待湖南两广各船炮到齐，道路道遥，深恐有需时日。况贼匪大股多赴安徽，现在楚境者俱系零星小丑，并有土匪冒名抢劫，长发老贼实系无多。若派数千官兵配以现有炮船，水陆夹击足资痛剿。”
咸丰帝在接到蔡纶的奏报之后，命终日闭城坐守武昌，不图前进的吴文傛，亲自督官军出省督战。
但吴文镕此时在出动已经晚了，战机稍纵即逝。（在其出发前十天，太平军以攻克庐州。）
在接到皇命之后吴文镕冒着风雪，带着清军的数千水陆大军奔袭黄州，在据黄州二十五里外的堵城扎十一一座营垒。
而此时黄州集结着从皖境赶来的数万太平军，清军前来无异于以卵击石。
但这些吴文镕是不清楚的，就在清军气势汹汹兵至黄州城下，另一众清兵没想到的是。太平军并未如他们所想的闭城死守，而是从各门蜂拥而出。
但来进犯的太平军看到数十倍于己的太平军出城袭来的时候，从下到上开始慌乱。先是各营壮勇逃散（民兵），之后官兵逃散（正规军）继之，最后全军溃散。
此战太平军斩杀德亮，逼吴文镕、唐树里投水自尽。
数万太平军紧追数千清军，连摧毁清军十一座营地后，乘势西进连克汉阳、汉口、金口，兵临武昌城下后数万太平军兵分三路，一路由石桢祥、林邵璋统帅南攻湖南，再犯湖南省府长沙。另一路由韦志俊、石凤魁统帅夺取武昌。一路由曾天养、陈玉成等带兵攻取武昌周围州县。
在此危急时刻，咸丰帝紧急补救。
命湖南巡抚骆秉章派精兵援鄂，并同时命曾国藩与陈启迈统带各部炮船迅速顺流而下，驰援武汉。
但曾国藩并未轻举妄动，因为江南大局系于一身，再次婉拒了咸丰帝的驰援命令。