吞并辽东
抚顺位于浑河岸边，西距后来的盛京（沈阳）约10公里，是重要的贸易城市和军事重镇。
当时驻守抚顺的明朝将领是游击李永芳。在明与后金破裂前，他曾见过努尔哈赤。5月9日，努尔哈赤率军抵达抚顺城下，遣使致书李永芳说：“因尔明国，兵助叶赫，故来征之。”扬言若不投降就攻城。
汝若战，则吾兵所发之矢，岂有目能识汝乎？倘中则必死矣。力既不支，虽战死亦无益。若出降，吾兵亦不入城，汝所属军民皆得保全。假使吾兵攻入城中，老幼必惊散，尔之禄位亦卑薄矣。
反之，若举城纳降，努尔哈赤便禁止部下虏掠城中官员军民及其亲属为奴，也不要求李永芳及其部众改变汉族习俗，甚至可以不行满族剃发之俗。
若不战而降，必不扰尔所属军民，仍以原礼优之。况尔乃多识见人也。不特汝然，纵至微之人，犹超拔之，结为婚姻，岂有不超升尔职，与吾一等大臣相齐之理乎？
金兵只发动了一次进攻，李永芳便率所属千余户出降了，其中包括秀才范文程等一批辽东士大夫。
李永芳的投降，有着不寻常的意义。一员明朝游击率所属军民将抚顺城献给了女真人，作为报答，他得到了这样一种待遇：既不是已被同化的境外居民，也不是受人役使的汉族奴隶，而是被接纳到金国贵族行列中的汉族边民。他娶了努尔哈赤的孙女为妻，被授予比以前更高的官职，获准保留原有部属作为家丁，后来又得到战时以副将身份随侍努尔哈赤左右及参加1627年征伐朝鲜战役的殊荣。1634年，李永芳以三等子爵卒。其后，他的九个儿子又继续为清朝效力。
抚顺陷落了，派去的援军也被击溃了，这对明朝真是莫大的耻辱。万历皇帝的大臣们为了挽回败局，起用了老将杨镐。此人以前的作战经历大体胜负参半。1598年，他在朝鲜大败丰臣秀吉，但不久以后，他的4万人马又被丰臣秀吉打得落花流水。尔后，杨镐一度失宠。1610年被召回，授辽东经略。他的上述经历，加上张承荫被革职，导致了朝廷再次将他起用，授以兵部侍郎之职，令其指挥辽东明军，抵御后金，收复失地。
杨镐组织的战役也以惨败告终。1619年4月5日，明朝四路大军集结于沈阳，号称47万，实际只有约9万人。按计划，各路军队分头出动，10天后应在赫图阿拉（兴京）会合。但各路将领都没按预定时间到达。4月14日，杜松部提前一天抵达赫图阿拉，在萨尔浒一带被金军歼灭。第二天，马林部在尚间崖被击溃；4月17日，刘部及朝鲜援军也在布达里冈遭受重创。杨镐闻讯后，急忙率部撤回沈阳，才未受损失。这次战役，明军至少损失了4.5万人。自称公正无私的东林党领袖高攀龙，怀疑杨镐与努尔哈赤暗中勾结。于是，杨镐被劾革职，下狱处死。
这时，朝廷似乎已无计可施，遂再次寄希望于熊廷弼，让他出任辽东经略。而熊廷弼则再次体验了左右为难的苦恼：一方面，辽东防线软弱无力；另一方面，朝廷的催促又急如星火。整饬防务需要时间和经费，而朝廷既无充分耐心，也无足够的财力来完成这项任务。由于受到朝中一些政治派系的攻击，以及1619年7月26日和9月3日开原、铁岭相继失陷，熊廷弼又被撤职，取而代之的是袁应泰。此后，局势进一步恶化。首先，看上去似乎坚不可摧的沈阳，在城内蒙古人的策应下，被金军攻破了。接着，1621年5月11日，袁应泰遣军出辽阳，随即被歼。两天后，辽阳便陷落了。袁应泰全身披挂，自杀而死。至该年夏初，辽河以东、明军重镇锦州以北的全部地区，都被金军占领了。
后金吞并辽东后，又有许多汉人投入了努尔哈赤的怀抱，熊廷弼的好友马与进便是其中最重要的一个人物。马氏原籍山东蓬莱，明朝后期，马氏的一支到辽阳做官，从此便定居在辽阳了。该家族可考的最早祖先是马重德。他曾在江南作明朝的地方官，并因公正廉洁而深受百姓爱戴，被奉为当地神灵。作为明朝的将领，马与进也战功赫赫。1621年金军入侵时，他又积极投入了辽东保卫战。他的声誉确实很好，以至当其防区惨遭金兵蹂躏时，人们竟纷纷传说他已英勇战死。其妻赵氏在辽阳听到这一传说后，为表示对丈夫及其为之献身的大明王朝的无限忠诚，竟带领全家老小和家奴40余人集体自杀，并率先怀抱孙女投入井中。然而，马与进并没有英勇地战死，而是向敌军投降了。其子马鸣佩，数年后成了清朝驻南京的总督。
努尔哈赤占领辽东的计划，不是没有遭到过一些女真贵族的反对。按照努尔哈赤1613年讨伐乌拉时所采取的步骤，应先对城寨周围的村落进行有计划的劫掠，使敌人无处觅食，进而将其击溃。这完全符合部落首领们的意愿，因为他们能分享奴隶、牲畜、粮草、钱财等战利品。当敌人的村落被劫掠一空，城寨也被洗劫之后，各旗贝勒便可率众返回远在东部山区的气候寒冷、牧草充裕的家乡了。而现在，努尔哈赤却打算带领他们久驻西部平原，并一个接一个地修建新的都城，不断向辽西汉族地区逼进。1619年，努尔哈赤下令于界藩修建宫室，为继续西进作准备。尽管努尔哈赤对众贝勒说，汉族地区照样可以放牧和狩猎，但他们仍不愿放弃自己原来的牧场和军事上的独立性。1619年9月，他们又跟随努尔哈赤离开界藩，渡过浑河，到达了萨尔浒，但反对他迁都辽阳的主张；努尔哈赤被迫惩罚了其中最不顺服的阿敏。1621年底，金军完全占领了辽东，努尔哈赤遂将都城迁到了辽阳。
后金对辽东的吞并，导致了熊廷弼最后一次被起用。但他的谨慎态度又一次与急进派发生了冲突。在侯震旸（侯峒曾之父）等东林党人的支持下，熊廷弼同朝中宠臣、广宁巡抚王化贞进行了斗争。王化贞提出了一套精心设计的方案，主张沿辽河左岸设营，分兵屯戍，再雇用40万蒙古兵，并征募朝鲜援军，从侧翼攻击金军，从而一举收复失地。尽管熊廷弼坚持认为该计划过于冒险，但它在朝中仍获得了极大支持。1622年初，正当双方在朝中争吵不休之时，后金军队又一次发动了大规模进攻。这一次，他们将越过辽河，进入明朝的屯田区。