一、免疫失败的原因
1.各种原因导致的免疫剂量不足
疫苗如不进行正确地保存、运输、使用，就可能引起免疫剂量不足，导致免疫失败。
（1）疫苗保存不当 弱毒冻干苗长时间在室温下放置，特别是在炎热夏季，会造成免疫失败。实践证明，猪瘟兔化弱毒冻干苗，在0～8℃只能保存6个月，若放在25℃左右，至多10天即失去了效力。一些冻干苗在27℃条件下保存1周后有20%不合格，保存2周后60%不合格。含氢氧化铝胶的灭活苗冻结后其免疫力降低。
（2）疫苗稀释或使用不当 疫苗稀释不当会造成免疫失败。有些疫苗和稀释液内可能含有能灭活其他弱毒苗的防腐剂，在同一支注射器内混合使用多种疫苗，就会导致活苗失活。稀释的疫苗在使用前未振摇均匀，稀释后的疫苗未及时使用等，都可能使疫苗免疫失败。如猪瘟兔化弱毒疫苗在稀释液的pH值超过7时很容易失活。
选用针头不当也会造成免疫失败。如注射小猪群使用孔径大的针头，药液溢出；注射大、中猪群使用的针头过短，低于脂肪厚度，疫苗不能直接进入肌层，停留在皮下脂肪内，不能发挥抗原的效力。
此外，注射部位涂擦酒精、碘酊过多，或使用5%以上的碘酊消毒皮肤，这对活疫苗有破坏作用；或包裹注射针头外的棉花酒精湿度过大，酒精渗进针孔损坏活疫苗活力；或使用其他化学消毒剂处理过的注射器或针头如果有残留的消毒剂也会使弱毒苗灭活。
2.疫苗毒株的血清型不包括引起疾病病原的血清型或亚型
目前发现，口蹄疫病毒有7个血清型，80多个亚型。该病毒易变异。新的亚型在不断出现，型间互不交叉保护，或型内各亚型间仅有部分交叉保护。若口蹄疫疫苗毒株的血清亚型不包含流行的口蹄疫病毒的血清亚型，则可引起免疫失败。
而猪的A型流感病毒HA有15个亚型，NA有9个亚型。现在分离的猪流感病毒有H4N6、H3N2、H1N2、H5N1与H1N1等毒株；胸膜肺炎放线杆菌至少有12个血清型；猪链球菌荚膜抗原血清型有35种以上。如果疫苗毒株（或菌株）的血清型不包括流行病原的血清型，则引起免疫失败。
3.佐剂的应用不合理，忽视黏膜免疫
通过给猪皮下或肌内注射不含佐剂或含一般佐剂的灭活苗（包括油苗），可刺激机体免疫系统产生IgM和IgG类抗体，但引起的细胞免疫较弱，保护黏膜表面的IgA生成很少，不能控制肠道、呼吸道、乳腺、生殖道等黏膜表面感染。控制黏膜表面感染，需要依靠细胞免疫、分泌型IgA的作用。使用弱毒苗或高效佐剂的死苗则可引起细胞免疫、黏膜免疫。如猪肺炎支原体灭活疫苗，对佐剂的要求则相对较高。
4.疫苗受到污染
有些疾病是通过接种疫苗的途径暴发的。如使用牛病毒性腹泻病毒污染的小牛血清制作的弱毒苗，可导致猪群的牛病毒性腹泻病毒感染。牛病毒性腹泻病毒污染了猪瘟疫苗，可抑制猪体内猪瘟病毒中和抗体的产生。
5.强毒株流行、持续性感染猪长期带毒、排毒，或病原发生变异
强毒株流行，持续性感染猪长期带毒、排毒是免疫失败的重要原因，如猪瘟这方面的问题导致的免疫失败。怀孕母猪感染猪瘟强毒株、野毒株后，由于这些毒株可通过胎盘而造成乳猪在出生前即被感染，发生乳猪猪瘟。
猪流感病毒易发生变异。由于动物群体免疫压力，动物群中流行毒株为逃脱中和抗体的作用可发生抗原漂移。由于A型流感病毒含有8个独立的RNA节段，如果有两种毒株共同感染一个个体，在复制时，它们就可交换彼此的RNA节段，通过基因重排产生含有来自不同亲本基因的新毒株，发生抗原转变，这就是世界各地不同时期流行的猪流感病毒H亚型不同的主要原因。
6.免疫程序不合理
（1）给已怀孕母猪接种弱毒苗，弱毒苗有可能进入胎儿体内，胎儿的免疫系统未成熟，导致免疫耐受和持续感染。有的可引起流产、死胎或畸形。
（2）如果在免疫期间猪群遭受感染，疫苗还来不及诱导免疫力产生，猪群就会发生临床疫病，表现为疫苗免疫失败。由于在这种情况下，疾病症状会在接种后不久出现，人们就会误以为是由疫苗导致的发病。
（3）未对猪群免疫力进行及时监测，对接种后未产生保护性免疫力或抗体水平低于临界值的猪只未进行及时补免，造成免疫空白，一旦强毒感染，就会导致发病。
（4）由于仔猪体内尚残留部分母源抗体，能干扰疫苗的免疫力，免疫时间较短，抵抗不住野毒的侵袭而得病，导致免疫失败。
7.猪体的免疫功能受到抑制
（1）自身的免疫抑制 猪只发生遗传性免疫抑制疾病或猪只衰老均可导致免疫抑制。
（2）营养性免疫抑制 营养不良、维生素和某些微量元素的缺乏或过多均可导致免疫功能受损。例如，维生素A缺乏会导致淋巴器官的萎缩，影响淋巴细胞的分化、增殖、受体表达与活化，导致体内的T淋巴细胞、NK细胞数量减少，吞噬细胞的吞噬能力下降，B淋巴细胞的抗体产生能力下降。
（3）毒物与毒素所引起的免疫抑制 真菌毒素、重金属、工业化学物质和杀虫剂等可损害免疫系统，引起免疫抑制，即使在不使猪群发生中毒症状的剂量下，就能使猪群易发感染性疾病。饲料中的黄曲霉毒素可降低猪对猪瘟的免疫力，并由于继发沙门氏菌而加重临床症状，增加口腔接种猪痢疾密螺旋体的易感性。
（4）药物引起的免疫抑制 免疫接种期间使用了免疫抑制药物，如地塞米松、氯霉素，可导致免疫抑制。因此必须限制使用可抑制机体免疫反应的药物，特别是在机体免疫接种期间。
（5）环境应激引起的免疫抑制 应激因素如过冷、过热、拥挤、捕捉、混群、断奶、限饲、运输、噪声和保定，导致血浆皮质醇浓度显著升高，抑制猪群免疫功能。
（6）病原体感染所引起的免疫抑制 引起免疫抑制的感染因素很多：猪肺炎支原体感染损害呼吸道上皮黏膜纤毛系统，引起单核细胞流入细支气管和血管周围，刺激机体产生促炎细胞因子，降低巨噬细胞的吞噬作用，引起免疫抑制。
猪繁殖与呼吸综合征病毒损伤猪体的免疫系统和呼吸系统，特别是肺，感染肺泡巨噬细胞或单核细胞，引起免疫抑制。人工感染猪Ⅱ型圆环病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒，可出现猪多系统瘦弱综合征（PMWS）。在猪肺炎支原体免疫时或免疫之后，感染猪繁殖与呼吸综合征病毒将降低猪肺炎支原体的免疫效果。
猪伪狂犬病病毒能损伤猪肺的防御体系，抑制肺泡巨噬细胞的功能。如伪狂犬病病毒可在单核细胞和肺泡巨噬细胞内进行复制并损害其杀菌和细胞毒功能。猪细小病毒也可在肺泡巨噬细胞和淋巴细胞内复制，并损害巨噬细胞的吞噬功能和淋巴细胞的母细胞分化能力。胸膜肺炎放线菌的细胞毒素对肺泡巨噬细胞有毒性。
（7）免疫前已感染了所免疫预防的疫病或其他疾病，降低了机体的抗病能力及对疫苗接种的应答能力 猪群免疫功能受到抑制时，猪群不能充分对免疫接种做出应答，甚至在正常情况下具有较低致病性的微生物或弱毒疫苗可引起猪群发病，使猪群发生难以控制的复发性疾病、多种疾病综合征，猪只死亡率增加。
8.免疫干扰
（1）已有抗体和细胞免疫的干扰 体内已有抗体的干扰：如母源抗体的存在，可使仔猪在一定时间内被动得到保护，但又给免疫接种带来影响。
（2）免疫的病原微生物之间的干扰作用 同时免疫两种或多种弱毒苗往往会产生干扰现象，干扰的原因可能有两个方面：一是两种病毒感染的受体相似或相等，产生竞争作用；二是一种病毒感染细胞后产生干扰素，影响另一种病毒的复制。
（3）药物的作用 药物除能直接引起免疫抑制外，还可能影响弱毒疫苗微生物本身。在使用由细菌制成的活苗时，猪群在接种前后10天内使用敏感的抗菌类药物，易造成免疫失败。将病毒苗与弱毒菌苗混合使用，若病毒苗中加有抗生素则可杀死弱毒菌苗，从而导致免疫失败。
9.免疫耐受
如在胚胎期或新生期淋巴细胞尚未发育成熟的阶段，接触了抗原，那么，出生后都可以特异性抑制对这种抗原的反应。发生特异性免疫耐受后，对疫苗病毒感染不产生免疫反应。但是，受到野毒感染后可发病，如仔猪胚胎在妊娠早期发生先天性感染，仔猪产后对猪瘟病毒具有免疫耐受现象，尔后遭到猪瘟强毒感染后发生猪瘟。
10.免疫麻痹
使用疫苗的免疫剂量过大，机体免疫应答就会受到抑制，发生免疫麻痹。超大剂量活疫苗感染在免疫抑制的情况下甚至可导致猪只发生临床疾病。