命门经主篇
雷公问于岐伯曰：十二经各有一主，主在何经？岐伯曰：肾中之命门为十二经之主也。雷公曰：十二经最神者，心也。宜心为主，不宜以肾中之命门为主也。岐伯曰：以心为主，此主之所以不明也。主在肾之中，不在心之内。然而离心非主，离肾亦非主也。命门殆通心肾以为主乎。岂惟通心肾哉。五脏七腑无不共相贯通也。雷公曰：其共相贯通者，何也？岐伯曰：人非火不生，命门属火，先天之火也。十二经得命门之火始能生化，虽十二经来通于命门，亦命门之火原能通之也。雷公曰：命门属火，宜与火相亲，何偏居于肾以亲水气耶？岐伯曰：肾火，无形之火也；肾水，无形之水也。有形之火，水能克之，无形之火，水能生之。火克于水者，有形之水也．火生于水者，无形之水也。然而无形之火偏能生无形之水，故火不藏于火，转藏于水。所谓一阳陷于二阴之间也。人身先生命门而后生心。心生肺，肺生脾，脾生肝，肝生肾，相合而相生，亦相克而相生也。十二经非命门不生，正不可以生克而拘视之也。故心得命门，而神明应物也；肝得命门，而谋虑也；胆得命门，而决断也；胃得命门，而受纳也；脾得命门，而转输也；肺得命门，而治节也；大肠得命门，而传导也；小肠得命门，而布化也；肾得命门，而作强也；三焦得命门，而决渎也；膀胱得命门，而畜泄也。是十二经为主之官，而命门为十二官之主。有此主则十二官治。无此主则十二官亡矣。命门为主，供十二官之取资。其火易衰，其火亦易旺，然衰乃真衰，旺乃假旺。先天之火非先天之水不生，水中补火，则真衰者不衰矣。火中补水，则假旺者不旺矣。见其衰，补火而不济之以水则火
益微；见其旺，泻火而不济之以水则火益炽．雷公曰：何遭之渺乎，非天师又孰能知之．
陈士铎曰：命门在心肾之中，又何说之有无。如世人隶知也。此篇讲得畅快，非无主之文。
五行生克篇
雷公问于岐伯曰：余读《内经》载五行甚详，其旨尽之乎？岐伯曰：五行之理，又何易穷哉。雷公曰：盍不尽言之？岐伯曰；谈天乎，谈地乎，谈人乎。雷公曰，请言人之五行。岐伯曰：心、肝。脾，肺、肾配火、木，土、金、水，非人身之五行乎。雷公曰；请言其变。吱伯曰：变则又何能尽哉。试言其生克。生克之变者，生中克也，克中生也。生不全生也，克不全克也，生畏克而不敢生也，克畏生而不敢克也。雷公曰：何以见生中之克乎？岐伯曰：肾生肝，肾中无水，水涸而火腾矣，肝木受焚，肾何生乎？肝生心，肝中无水，水燥而木焦矣，心火无烟，肝何生乎？心君火也，包络相火也，二火无水将自炎也，土不得火之生，反得火之害矣．脾生肺金也，土中无水，于土何以生物，铄石流金，不生金反克金矣。肺生肾水也，金中无水，死金何以出泉。崩垆飞汞，不生水反克水矣。盖五行多水则不生，五行无水亦不生也。雷公曰：何以见克中之生乎？岐伯曰：肝克土，土得木以疏通则土有生气矣。脾克水，水得土而畜积则土有生基矣。肾克火，火得水以相济，则火有神光矣。心克金，然肺金必得心火以煅炼也。肺克木，然肝术必得肺金以斫削也。非皆克以生之乎。雷公曰：请言生不全生。岐伯曰；生不全生者，专言肾水也．各脏腑无不取资于肾。心得肾水而神明焕发也；脾得肾水而精微化导也；肺得肾水而清肃下行也；肝得肾水而谋虑决断也。七腑亦无不得肾水而布化也。然而取资多者分给必少矣。亲于此者疏于彼，厚于上者薄于下。此生之所以难全也。雷公曰：请言克不全克。岐伯曰：克不全克者，专言肾火也。肾火易动难静，易逆难顺，易上难下，故一动则无不动矣，一逆则无不逆矣，一上则无不上矣。腾于心躁烦矣。入于脾干涸矣，于肺喘嗽矣，流于肝焚烧矣，冲击于七腑燥渴矣。虽然肾火乃雷火也，亦龙火也。龙雷之火其性虽猛，然聚则力专，分则势散，无乎不克反无乎全克矣。雷公曰：生畏克而不敢生者若何？岐伯曰；肝木生心火也，而肺金太旺，肝畏肺克不敢生心则心气转弱，金克肝木矣。心火生胃土也，而肾火太旺不敢生胃则胃气更虚，水侵胃土矣。心包之火生脾土也，而肾水过泛不敢生脾，则脾气加困，水欺脾土矣。脾胃之土生肺金也，而肝木过刚，脾胃畏肝不敢生肺，则肺气愈损，木侮脾胃矣。肺金生肾水也，而心火过炎，肺畏心克，不敢生肾，则肾气益枯，火刑肺金矣。肾水生肝木也，而脾胃过燥，肾畏脾胃之土，不敢生肝，则肝气更凋，土制肾水矣。雷公曰：何法以制之乎？岐伯曰：制克以遂其生，则生不畏克。助生而忘其克，则克即为生，雷公曰：善。克畏生而不敢克者，又若何？岐伯曰：肝木之盛由于肾水之旺也，木旺而肺气自衰，柔金安能克刚木乎。脾胃土盛由于心火之旺也，土旺而肝气自弱，僵木能克焦土乎。肾水之盛由肺金之旺也，水旺而脾土自微浅，土能克湍水乎。心火之盛由于肝木乏旺也，火旺而肾气必虚，匀水能克烈火乎。肺金之盛由于脾土之旺也，金盛而心气自怯，寒火能克顽金乎。雷公曰：何法以制之？岐伯曰：救其生不必制其克，则弱多为强。因其克反更培其生则衰转为盛。雷公曰：善。
陈士铎曰：五行生克本不可颠倒。不可颠倒而颠倒者，言生克之变也。篇中专言其变，而变不可穷矣。 当细细观之。
小心真主篇
为当问于岐伯曰：物之生也，生于阳。物之成也，成于阴。阳，火也；阴，水也。二者在身藏干何物乎？岐伯曰：大哉，问也。阴阳有先后天之殊也，后天之阴阳藏于各脏腑。先天之阴阳藏于命门。为当日：命门何物也？岐伯曰：命门者，水火之源。水者，阴中之水也；火者，阴中之火也。为当曰：水火均属阴，是命门藏阴不藏阳也。其藏阳又何所乎？岐伯曰：命门，藏阴即藏阳也。为当曰：其藏阴即藏阳之义何居？岐伯曰：阴中之水者，真水也；阴中之火者，真火也。真火者，真水之所生；真水者，真火之所生也。水生于火者，火中有阳也。火生于水者，水中有阳也。故命门之火，谓之原气。命门之水，谓之原精。精旺则体强，气旺则形壮。命门水火实藏阴阳，所以为十二经之主也。主者，即十二官之化源也。命门之精气尽，则水火两亡，阴阳间隔，真息不调，人病辄死矣。为当日：阴阳有偏胜，何也？岐伯曰：阴胜者，非阴盛也，命门火微也。阳胜者，非阳盛也，命门水竭也。为当日：阴胜在下阳胜在上者，何也？岐伯曰：阴胜于下者，水竭其源则阴不归阳矣。阳胜于上者，火衰其本则阳不归阴矣。阳不归阴，则火炎于上而不降。阴不归阳，则水沉于下而不升。可见命门为水火之府也，阴阳之宅也，精气之根也，死生之窦也。为当曰：命门为十二官之主寄于何脏？岐伯曰：七节之旁中有小心，小心即命门也。为当曰：鬲肓之上，中有父母，非小心之谓欤。岐伯曰：鬲肓之上，中有父母者，言三焦包络也，非言小心也。小心在心之下，肾之中。
陈士铎曰：小心在心肾之中，乃阴阳之中也。阴无阳气则火不生，阳无阴气则水不长。世人错认小心在鬲肓之上，此命门。
真主不明也，谁知小心即命门哉。
水不克火篇
大封司马问于岐伯曰；水克火者也，人有饮水而火不解者，岂火不能制水乎？岐伯曰：人生于火，养于水。水养火者，先天之真水也。水克火者，后天之邪水也。饮水而火热不解者，外水不能救内火也。大封司马曰：余终不解其义，幸明示之。岐伯曰：天开于子，地辟于丑，人生于寅，寅实有火也。天地以阳气为生，以阴气为杀。阳即火，阴即水也。然而火不同，有形之火，离火也。无形之火，乾火也。有形之火，水之所克。无形之火，水之所生。饮水而火不解者，无形之火得有形之水而不相入也。岂惟不能解，且有激之而火炽者。大封司马曰：然则水不可饮乎？岐伯曰：水可少饮以解燥。不可畅饮以解氛。大封司马曰：此何故乎？岐伯曰：无形之火旺，则有形之火微。无形之火衰则有形之火盛。火得水反炽，必多饮水也，水多则无形之火因之益微矣。无形之火微，而有形之火愈增酷烈之势，此外水之所以不能救内火，非水之不克火也。大封司马曰：何以治之？岐伯曰：补先天无形之水，则无形之火自息矣，不可见其火热饮水不解，劝多饮以速亡也。
陈士铎曰：水分有形无形，何疑于水哉。水克有形之火，难克无形之火，故水不可饮也。说得端然实理，非泛然而论也。
三关升降篇
巫咸问曰：人身三关在何经乎？岐伯曰：三关者，河车之关也。上玉枕，中肾脊、下尾间。巫咸曰：三关何故关人生死乎？岐伯曰：关人生死，故名曰关。巫咸曰：请问生死之义。岐伯曰：命门者，水中火也。水火之中实藏先天之气，脾胃之气后天之气也。先天之气不交于后天，则先天之气不长。后天之气不交于先天，则后天之气不化。二气必昼夜交，而后生生不息也。然而后天之气必得先天之气先交而后生。而先天之气必由下而上，升降诸脾胃，以分散于各脏腑。三关者，先天之气所行之径道也。气旺则升降无碍，气衰则阻，阻则人病矣。巫咸曰：气衰安旺乎？岐伯曰；助命门之火，益肾阴之水，则气自旺矣。巫咸曰：善。
陈士铎曰：人有三关，故可生可死。
然生死实在先天，不在后天也。篇中讲后天者返死而生，非爱生而恶死。人能长守先天，何恶先天之能死乎。
表微篇
奚仲问于岐伯曰：天师《阴阳别论》中有阴结，阳结之言。结在脏乎？抑结在腑乎？岐伯曰：合脏腑言之也。奚仲曰：脏阴腑阳，阴结在脏，阳结在腑乎？岐伯曰：阴结阳结者，言阴阳之气结也。合脏腑言之，非阳结而阴不结，阴结而阳不结也。阴阳之道，彼此相根，独阳不结，独阴亦不结也。奚仲曰：《阴阳别论》中，又有刚与刚之言。言脏乎？言腑乎？岐伯曰：专言脏腑也，阳阴气不和，脏腑有过刚之失，两刚相遇，阳过旺阴不相接也。奚仲曰：脏之刚乎？抑腑之刚乎？岐伯曰：脏刚传腑，则刚在脏也。腑刚传脏，则刚在腑也．奚仲曰：《阴阳别论》中又有阴抟阳抟之言，亦言脏腑乎？岐伯曰：阴抟阳抟者言十二经之脉，非言脏腑也。虽然十二脏腑之阴阳不和，而后十二经脉始现阴阳之抟，否则抟之象不现于脉也。然则阴抟阳抟言脉面即言脏腑也。奚仲曰：善。
陈士铎曰：阳结、阴结、阴抟、阳抟、俱讲得微妙。
呼吸篇
雷公问于岐伯曰：人气之呼吸应天地之呼吸乎？岐伯曰；天地人同之。雷公曰：心肺主呼，肾肝主吸，是呼出乃心肺也，吸入乃肾肝也。何有时呼出不属心肺而属肾肝，吸入不属肾肝而属心肺乎？岐伯曰：一呼不再呼，一吸不再吸，故呼中有吸，吸中有呼也。雷公曰：请悉言之。岐伯曰：呼出者，阳气之出也。吸入者，阴气之入也。故呼应天，而吸应地。呼不再呼，呼中有吸也。吸不再吸，吸中有呼也。故呼应天而亦应地，吸应地而亦应天。所以呼出心也、肺也，从天言之也；吸入肾也、肝也，从地言之也。呼出肾也、肝也，从地言之也；吸入心也、肺也，从天言之也。盖独阳不生，呼中有吸者，阳中有阴也；独阴不长，吸中有呼者，阴中有阳也。天之气不降则地之气不升。地之气不升则天之气不降。天之气下降者，即天之气呼出也。地之气上升者，即地之气吸入也。故呼出心肺，阳气也，而肾肝阴气辄随阳而俱出矣。吸入肾肝，阴气也，而心肺阳气辄随阴而俱入矣。所以阴阳之气，虽有呼吸而阴阳之根无间隔也。呼吸之间虽有出入而阴阳之本无两歧也。雷公曰：善。
陈士铎曰：呼中有吸，吸中有呼，是一是二，人可参天地也。
脉动篇
雷公问于岐伯曰：手太阴肺、足阳明胃、足少阴肾，三经之脉常动不休者何也？岐伯曰：脉之常动不休者，不止肺、胃、肾也。雷公曰：何以见之？岐伯曰：四末阴阳之会者，气之大络也。四街者，气之曲径也。周流一身，昼夜环转，气无一息之止，脉无一晷之停也。肺、胃、肾脉独动者，胜于各脏腑耳。非三经之气独动不休也。夫气之在脉也，邪气中之也，有清气中之，有浊气中之。邪气中之也，清气中在上，浊气中在下，此皆客气也。见于脉中，决于气口。气口虚，补而实之，气口盛，泻而泄之。雷公曰：十二经动脉之穴可悉举之乎？岐伯曰：手厥阴心包经，动脉在手之劳宫也。手太阴肺经，动脉在手之太渊也。手少阴心经，动脉在手之阴郄也。足太阴脾经，动脉在腹冲门也。足厥阴肝经，动脉在足之太冲也。足少阴肾经，动脉在足之太溪也。手少阳三焦经，动脉在面之和髎也。手太阳小肠经，动脉在项之天窗也。手阳明大肠经，动脉在手之阳溪也。足太阳膀胱经，动脉在足之委中也。足少阳胆经，动脉在足之悬钟也。足阳明胃经，动脉在足之冲阳也。各经时动时止，不若胃为六腑之原，肺为五脏之主，肾为十二经之海，各常动不休也。
陈士铎曰：讲脉之动处，俱有条理，非无因之文也。
瞳子散大篇
云师问于岐伯曰：目病，瞳子散大者伺也？岐伯曰：必得之内热多饮也。云师曰：世人好饮亦常耳，未见瞳子皆散大也。岐伯白：内热者，气血之虚也。气血虚，则精耗矣。五脏六腑之精皆上注于目，瞳子尤精之所注也。精注瞳子，而目明，精不注瞳子，而目暗。今瞳子散大则视物必无准矣，云师曰：然往往视小为大也。歧伯曰：瞳子之系通于脑。脑热则瞳子亦热，热极而瞳子散大矣。夫瞳子之精，神水也。得脑气之热，则水中无非火气，火欲爆而光不收，安得不散大乎。云师曰：何火之虐乎？岐伯曰：必饮火酒兼食辛热之味也。火酒大热，得辛热之味以助之则益热矣。且辛之气散，而火酒者，气酒也，亦主散。况火酒至阳之味，阳之昧必升于头面，火热之毒真归于脑中矣。脑中之精，最恶散而最易散也。得火酒辛热之气，有随入随散者脑气既散于中，而瞳子散大应于外矣。彼气血未虚者，脑气尚不至尽散也，故瞳子亦无散大之象。然目则未有不昏者也。云师曰：善。
陈士铎曰：瞳子散大，不止于酒。大约肾水不足，亦能散大。然水之不足，乃火之有余也。益其阴而火降，火降而散大者不散大也。不可悟火之虐乎。必认作火酒之一者，尚非至理。