青州黃巾眾百萬入兗州，殺任城相鄭遂，轉入東平。劉岱欲擊之，鮑信諫曰：「今賊眾百萬，百姓皆震恐，士卒無鬥志，不可敵也。觀賊眾群輩相隨，軍無輜重，唯以鈔略為資，今不若畜士眾之力，先為固守。彼欲戰不得，攻又不能，其勢必離散，後選精銳，據其要害，擊之可破也。」岱不從，遂與戰，果為所殺。世語曰：岱既死，陳宮謂太祖曰：「州今無主，而王命斷絕，宮請說州中，明府尋往牧之，資之以收天下，此霸王之業也。」宮說別駕、治中曰：「今天下分裂而州無主；曹東郡，命世之才也，若迎以牧州，必寧生民。」鮑信等亦謂之然。信乃與州吏萬潛等至東郡迎太祖領兗州牧。遂進兵擊黃巾于壽張東。信力戰鬥死，僅而破之。魏書曰：太祖將步騎千餘人，行視戰地，卒抵賊營，戰不利，死者數百人，引還。賊尋前進。黃巾為賊久，數乘勝，兵皆精悍。太祖舊兵少，新兵不習練，舉軍皆懼。太祖被甲嬰胄，親巡將士，明勸賞罰，眾乃複奮，承間討擊，賊稍折退。賊乃移書太祖曰：「昔在濟南，毀壞神壇，其道乃與中黃太乙同，似若知道，今更迷惑。漢行已盡，黃家當立。天之大運，非君才力所能存也。」太祖見檄書，呵罵之，數開示降路；遂設奇伏，晝夜會戰，戰輒禽獲，賊乃退走。購求信喪不得，眾乃刻木如信形狀，祭而哭焉。追黃巾至濟北。乞降。冬，受降卒三十餘萬，男女百餘萬口，收其精銳者，號為青州兵。
袁術與紹有隙，術求援於公孫瓚，瓚使劉備屯高唐，單經屯平原，陶謙屯發幹，以逼紹。太祖與紹會擊，皆破之。
四年春，軍鄄城。荊州牧劉表斷術糧道，術引軍入陳留，屯封丘，黑山餘賊及於夫羅等佐之。術使將劉詳屯匡亭。太祖擊詳，術救之，與戰，大破之。術退保封丘，遂圍之，未合，術走襄邑，追到太壽，決渠水灌城。走寧陵，又追之，走九江。夏，太祖還軍定陶。
下邳闕宣聚眾數千人，自稱天子；徐州牧陶謙與共舉兵，取泰山華、費，略任城。秋，太祖征陶謙，下十餘城，謙守城不敢出。
是歲，孫策受袁術使渡江，數年間遂有江東。
興平元年春，太祖自徐州還，初，太祖父嵩，去官後還譙，董卓之亂，避難琅邪，為陶謙所害，故太祖志在複讎東伐。世語曰：嵩在泰山華縣。太祖令泰山太守應劭送家詣兗州，劭兵未至，陶謙密遣數千騎掩捕。嵩家以為劭迎，不設備。謙兵至，殺太祖弟德于門中。嵩懼，穿後垣，先出其妾，妾肥，不時得出；嵩逃於廁，與妾俱被害，闔門皆死。劭懼，棄官赴袁紹。後太祖定冀州，劭時已死。韋曜吳書曰：太祖迎嵩，輜重百餘兩。陶謙遣都尉張闓將騎二百衛送，闓於泰山華、費間殺嵩，取財物，因奔淮南。太祖歸咎於陶謙，故伐之。夏，使荀彧、程昱守鄄城，複征陶謙，拔五城，遂略地至東海。還過郯，謙將曹豹與劉備屯郯東，要太祖。太祖擊破之，遂攻拔襄賁，所過多所殘戮。孫盛曰：夫伐罪吊民，古之令軌；罪謙之由，而殘其屬部，過矣。
會張邈與陳宮叛迎呂布，郡縣皆應。荀彧、程昱保鄄城，范、東阿二縣固守，太祖乃引軍還。布到，攻鄄城不能下，西屯濮陽。太祖曰：「布一旦得一州，不能據東平，斷亢父、泰山之道乘險要我，而乃屯濮陽，吾知其無能為也。」遂進軍攻之。布出兵戰，先以騎犯青州兵。青州兵奔，太祖陳亂，馳突火出，墜馬，燒左手掌。司馬樓異扶太祖上馬，遂引去。袁獻帝春秋曰：太祖圍濮陽，濮陽大姓田氏為反間，太祖得入城。燒其東門，示無反意。及戰，軍敗。布騎得太祖而不知是，問曰：「曹操何在？」太祖曰：「乘黃馬走者是也。」布騎乃釋太祖而追黃馬者。門火猶盛，太祖突火而出。未至營止，諸將未與太祖相見，皆怖。太祖乃自力勞軍，令軍中促為攻具，進複攻之，與布相守百餘日。蝗蟲起，百姓大餓，布糧食亦盡，各引去。
秋九月，太祖還鄄城。布到乘氏，為其縣人李進所破，東屯山陽。於是紹使人說太祖，欲連和。太祖新失兗州，軍食盡，將許之。程昱止太祖，太祖從之。冬十月，太祖至東阿。
是歲穀一斛五十餘萬錢，人相食，乃罷吏兵新募者。陶謙死，劉備代之。
二年春，襲定陶。濟陰太守吳資保南城，未拔。會呂布至，又擊破之。夏，布將薛蘭、李封屯钜野，太祖攻之，布救蘭，蘭敗，布走，遂斬蘭等。布複從東緡與陳宮將萬餘人來戰，時太祖兵少，設伏，縱奇兵擊，大破之。魏書曰：於是兵皆出取麥，在者不能千人，屯營不固。太祖乃令婦人守陴，悉兵拒之。屯西有大堤，其南樹木幽深。布疑有伏，乃相謂曰：「曹操多譎，勿入伏中。」引軍屯南十餘裏。明日複來，太祖隱兵堤裏，出半兵堤外。布益進，乃令輕兵挑戰，既合，伏兵乃悉乘堤，步騎並進，大破之，獲其鼓車，追至其營而還。布夜走，太祖複攻，拔定陶，分兵平諸縣。布東奔劉備，張邈從布，使其弟超將家屬保雍丘。秋八月，圍雍丘。冬十月，天子拜太祖兗州牧。十二月，雍丘潰，超自殺。夷邈三族。邈詣袁術請救，為其眾所殺，兗州平，遂東略陳地。
是歲，長安亂，天子東遷，敗于曹陽，渡河幸安邑。
建安元年春正月，太祖軍臨武平，袁術所置陳相袁嗣降。
太祖將迎天子，諸將或疑，荀彧、程昱勸之，乃遣曹洪將兵西迎，衛將軍董承與袁術將萇奴拒險，洪不得進。
汝南、潁川黃巾何儀、劉辟、黃邵、何曼等，眾各數萬，初應袁術，又附孫堅。二月，太祖進軍討破之，斬辟、邵等，儀及其眾皆降。天子拜太祖建德將軍，夏六月，遷鎮東將軍，封費亭侯。秋七月，楊奉、韓暹以天子還洛陽，獻帝春秋曰：天子初至洛陽，幸城西故中常侍趙忠宅。使張楊繕治宮室，名殿曰揚安殿，八月，帝乃遷居。奉別屯梁。太祖遂至洛陽，衛京都，暹遁走。天子假太祖節鉞，錄尚書事。獻帝紀曰：又領司隸校尉。洛陽殘破，董昭等勸太祖都許。九月，車駕出轘轅而東，以太祖為大將軍，封武平侯。自天子西遷，朝廷日亂，至是宗廟社稷制度始立。張璠漢紀曰：初，天子敗於曹陽，欲浮河東下。侍中太史令王立曰：「自去春太白犯鎮星於牛鬥，過天津，熒惑又逆行守北河，不可犯也。」由是天子遂不北渡河，將自軹關東出。立又謂宗正劉艾曰：「前太白守天關，與熒惑會；金火交會，革命之象也。漢祚終矣，晉、魏必有興者。」立後數言於帝曰：「天命有去就，五行不常盛，代火者土也，承漢者魏也，能安天下者，曹姓也，唯委任曹氏而已。」公聞之，使人語立曰：「知公忠於朝廷，然天道深遠，幸勿多言。」
天子之東也，奉自梁欲要之，不及。冬十月，公征奉，奉南奔袁術，遂攻其梁屯，拔之。於是以袁紹為太尉，紹恥班在公下，不肯受。公乃固辭，以大將軍讓紹。天子拜公司空，行車騎將軍。是歲用棗祗、韓浩等議，始興屯田。魏書曰：自遭荒亂，率乏糧穀。諸軍並起，無終歲之計，饑則寇略，飽則棄餘，瓦解流離，無敵自破者不可勝數。袁紹之在河北，軍人仰食桑椹。袁術在江、淮，取給蒲蠃。民人相食，州裏蕭條。公曰：「夫定國之術，在於強兵足食，秦人以急農兼天下，孝武以屯田定西域，此先代之良式也。」是歲乃募民屯田許下，得谷百萬斛。於是州郡例置田官，所在積穀。征伐四方，無運糧之勞，遂兼滅群賊，克平天下。
呂布襲劉備，取下邳。備來奔。程昱說公曰：「觀劉備有雄才而甚得眾心，終不為人下，不如早圖之。」公曰：「方今收英雄時也，殺一人而失天下之心，不可。」
張濟自關中走南陽。濟死，從子繡領其眾。二年春正月，公到宛。張繡降，既而悔之，複反。公與戰，軍敗，為流矢所中，長子昂、弟子安民遇害。魏書曰：公所乘馬名絕影，為流矢所中，傷頰及足，並中公右臂。世語曰：昂不能騎，進馬於公，公故免，而昂遇害。公乃引兵還舞陰，繡將騎來鈔，公擊破之。繡奔穰，與劉表合。公謂諸將曰：「吾降張繡等，失不便取其質，以至於此。吾知所以敗。諸卿觀之，自今已後不復敗矣。」遂還許。世語曰：舊制，三公領兵入見，皆交戟叉頸而前。初，公將討張繡，入覲天子，時始複此制。公自此不復朝見。
袁術欲稱帝於淮南，使人告呂布。布收其使，上其書。術怒，攻布，為布所破。秋九月，術侵陳，公東征之。術聞公自來，棄軍走，留其將橋蕤、李豐、梁綱、樂就；公到，擊破蕤等，皆斬之。術走渡淮。公還許。
公之自舞陰還也，南陽、章陵諸縣複叛為繡，公遣曹洪擊之，不利，還屯葉，數為繡、表所侵。冬十一月，公自南征，至宛。魏書曰：臨淯水，祠亡將士，歔欷流涕，眾皆感慟。表將鄧濟據湖陽。攻拔之，生擒濟，湖陽降。攻舞陰，下之。
三年春正月，公還許，初置軍師祭酒。三月，公圍張繡於穰。夏五月，劉表遣兵救繡，以絕軍後。獻帝春秋曰：袁紹叛卒詣公雲：「田豐使紹早襲許，若挾天子以令諸侯，四海可指麾而定。」公乃解繡圍。公將引還，繡兵來，公軍不得進，連營稍前。公與荀彧書曰：「賊來追吾，雖日行數裏，吾策之，到安眾，破繡必矣。」到安眾，繡與表兵合守險，公軍前後受敵。公乃夜鑿險為地道，悉過輜重，設奇兵。會明，賊謂公為遁也，悉軍來追。乃縱奇兵步騎夾攻，大破之。秋七月，公還許。荀彧問公：「前以策賊必破，何也？」公曰：「虜遏吾歸師，而與吾死地戰，吾是以知勝矣。」
呂布複為袁術使高順攻劉備，公遣夏侯惇救之，不利。備為順所敗。九月，公東征布。冬十月，屠彭城，獲其相侯諧。進至下邳，布自將騎逆擊。大破之，獲其驍將成廉。追至城下，布恐，欲降。陳宮等沮其計，求救於術，勸布出戰，戰又敗，乃還固守，攻之不下。時公連戰，士卒罷，欲還，用荀攸、郭嘉計，遂決泗、沂水以灌城。月餘，布將宋憲、魏續等執陳宮，舉城降，生禽布、宮，皆殺之。太山臧霸、孫觀、吳敦、尹禮、昌豨各聚眾。布之破劉備也，霸等悉從布。布敗，獲霸等，公厚納待，遂割青、徐二州附於海以委焉，分琅邪、東海、北海為城陽、利城、昌慮郡。
初，公為兗州，以東平畢諶為別駕。張邈之叛也，邈劫諶母弟妻子；公謝遣之，曰：「卿老母在彼，可去。」諶頓首無二心，公嘉之，為之流涕。既出，遂亡歸。及布破，諶生得，眾為諶懼，公曰：「夫人孝於其親者，豈不亦忠於君乎！吾所求也。」以為魯相。魏書曰：袁紹宿與故太尉楊彪、大長秋梁紹、少府孔融有隙，欲使公以他過誅之。公曰：「當今天下土崩瓦解，雄豪並起，輔相君長，人懷怏怏，各有自為之心，此上下相疑之秋也，雖以無嫌待之，猶懼未信；如有所除，則誰不自危？且夫起布衣，在塵垢之間，為庸人之所陵陷，可勝怨乎！高祖赦雍齒之讎而群情以安，如何忘之？」紹以為公外讬公義，內實離異，深懷怨望。臣松之以為楊彪亦曾為魏武所困，幾至於死，孔融竟不免於誅滅，豈所謂先行其言而後從之哉！非知之難，其在行之，信矣。
四年春二月，公還至昌邑。張楊將楊醜殺楊，眭固又殺醜，以其眾屬袁紹，屯射犬。夏四月，進軍臨河，使史渙、曹仁渡河擊之。固使楊故長史薛洪、河內太守繆尚留守，自將兵北迎紹求救，與渙、仁相遇犬城。交戰，大破之，斬固。公遂濟河，圍射犬。洪、尚率眾降，封為列侯，還軍敖倉。以魏種為河內太守，屬以河北事。
初，公舉種孝廉。兗州叛，公曰：「唯魏種且不棄孤也。」及聞種走，公怒曰：「種不南走越、北走胡，不置汝也！」既下射犬，生禽種，公曰：「唯其才也！」釋其縛而用之。
是時袁紹既並公孫瓚，兼四州之地，眾十餘萬，將進軍攻許，諸將以為不可敵，公曰：「吾知紹之為人，志大而智小，色厲而膽薄，忌克而少威，兵多而分畫不明，將驕而政令不一，土地雖廣，糧食雖豐，適足以為吾奉也。」秋八月，公進軍黎陽，使臧霸等入青州破齊、北海、東安，留於禁屯河上。九月，公還許，分兵守官渡。冬十一月，張繡率眾降，封列侯。十二月，公軍官渡。
袁術自敗於陳，稍困，袁譚自青州遣迎之。術欲從下邳北過，公遣劉備、硃靈要之。會術病死。程昱、郭嘉聞公遣備，言於公曰：「劉備不可縱。」公悔，追之不及。備之未東也，陰與董承等謀反，至下邳，遂殺徐州刺史車胄，舉兵屯沛。遣劉岱、王忠擊之，不克。獻帝春秋曰：備謂岱等曰：「使汝百人來，其無如我何；曹公自來，未可知耳！」魏武故事曰：岱字公山，沛國人。以司空長史從征伐有功，封列侯。魏略曰：王忠，扶風人，少為亭長。三輔亂，忠饑乏啖人，隨輩南向武關。值婁子伯為荊州遣迎北方客人；忠不欲去，因率等仵逆擊之，奪其兵，聚眾千餘人以歸公。拜忠中郎將，從征討。五官將知忠嘗啖人，因從駕出行，令俳取塚間髑髏系著忠馬鞍，以為歡笑。
廬江太守劉勳率眾降，封為列侯。