后来，经韦昌辉的穿针引钱，文武双全的桂平举人石达开也自愿投到洪秀全麾下，使上帝会的核心领导人员更加充实了。
到了道光三十年，上帝会的教徒已发展到数万人，洪秀全认为时机已经成熟，于是号召各地教徒变卖家产，购置武器，并将人员全部编排为作战队伍，在金田村揭杆而起，树立起太平军的旗号。第二年，太平军攻占了永安，在那里踞守了半年，建立起太平天国，洪秀全自称天王，封杨秀清为东王、萧朝贵为西王、冯云山为南王、韦昌辉为北王、石达开为翼王，所封各王都受东王节制。
既已建国号、封爵位，作为公主的洪宣娇也该有个归宿了，于是由洪秀全作主，把洪宣娇嫁给了萧朝贵，暂时结束了她那“大众情人”的特殊身份。
太平军离开永安后，逐渐向北发展，通过桂林、柳州，进入湖南境内。一路上，太平军遭到了清朝官兵的竭力阻击和围剿，虽然数度遇险，但在众将领的指挥下，总能绝处逢生。战争中，兵力损失惨重，但沿路下来，常有不满于朝廷的人马前来投奔，所以太平军的势力越来越强大。蓑衣渡口激战中，南王冯云山中炮而死；围攻长沙城时，西王萧朝贵又死于战火中，新婚不久的洪宣娇转眼成了寡妇。
长沙久攻不下，太平军绕道攻占了岳州，又从水路入长江，直取武汉，在武汉稍事休整后，分水陆两路夹攻南京，一路势如破竹，终于在咸丰三年攻取了南京城，遂将南京定为太平天国的都城，改名天京。
太平军起事之初，就准许大家携带家眷随营而行，为了便于管理和行动，在洪宣娇的建议下，全部女眷被集中起来，建立了“女营”，由洪宣娇任统领。到南京定都后，战争暂时停歇，于是将“女营”改为“女馆”，由东王杨秀清兼任总管，洪宣娇则任稽查。
当初在战争中失去了丈夫萧朝贵，洪宣娇虽也曾痛苦不堪，但很快被如火如荼的转战生活掩盖起来了。现在安定下来，洪宣娇一人独主西王府，虽是锦衣玉食，但不免孤寂难耐。整日里无所事事，她便找来洋教士跟着学习西医，凭着她的聪明伶俐，很快便学成了一手高明的医术，以行医诊病消磨时间。
太平天国定都南京后，天王洪秀全的思想逐渐松懈，日夜沉缅于酒色享乐之中，天国大权基本落入东王杨秀清手中。杨秀清在百忙之中仍没忘记昔日的情人洪宣娇。当初由洪秀全作主将洪宣娇嫁了萧朝贵，他耿耿于怀却忍住没有显露；而当时的黄玉昆不知深浅，竟还想去沾些便宜，被天王严厉责备后，羞愧得投水自尽。往后萧朝贵战死长沙，洪宣娇又成了没有主的鲜花，可惜那时戎马倥偬，根本没有津力顾及男欢女爱之事，一拖便拖到了今日。
经杨秀清着力经营，天京城内的秩序基本恢复正常，太平军在外的军事进展也十分顺利，这时候，杨秀清才腾出津力来重新向洪宣娇发起感情攻势。洪宣娇已成了名躁一时的女医生，杨秀清便借诊病为由，三天两头把她接进东王府来。洪宣娇此时处在感情空寂的时候，正需要一个可意的男人来安慰她那颗躁动不变的心，对杨秀清本有旧情难忘，现在重新向她发生温情的召唤，她自然就象干透了的柴薪，一遇到杨秀清的情人，就熊熊燃烧开来。
杨秀清和洪宣娇都是太平天国中引人注目的人物，现在他们出现了旧情复燃的风流韵事，自然被人们谈论得沸沸扬扬，还有好事者将艳情报告到天王洪秀全耳中。洪秀全心中暗暗盘算了一番，认定这正可利用妹妹拉拢和牵制东王，对他地位的稳固未尝不是一件好事，于是向众人表明了态度：“天王与东王同是天父的儿子，天王的妹妹也就是东王的妹妹，兄妹相亲乃人之常情，交往密切也是情理中事，用不着大惊小怪。”这样一来，洪宣娇与杨秀清的关系受到“钦定”，别人也就无话可说了。”
洪宣娇满以为从此后就可以与杨秀清做恩恩爱爱的情人了，二不料半路中杀出个程咬金，搅散了她的美梦。这个人是傅善祥，傅善祥本是南京城里的才女，生得雪肤玉肌，秀丽可人，太平天国入主南京后，她成了太平女科的第一个状元，被赐为隶属于东王府的恩赏丞相。傅善祥既有南国佳丽的美貌，又有江南女子的柔情，天天在杨秀清身边工作，自然让杨秀清动了心思，把轻怜蜜爱悄悄转移到她身上，自然冷落了洪宣娇。洪宣娇不由得大生恼怒，变着法子找傅善祥的岔子，可傅善祥本是个津明能干的女子，再加上杨秀清的幕后袒护，每次没让洪宣娇占到便宜，一怒之下，她把状告到了天王哥哥那里。在太平天国将领中，一夫多妻蔚然成风，进驻天京后，洪秀全自己身边就绕满了莺莺燕燕，因此他认为妹妹为争专宠而大动干戈实为不必，劝导她一番就算打发了。
争强好胜的洪宣娇可不肯就此罢休，她决心使用自己的手段，好好惩治一下这个没有良心的杨秀清。当时，由于杨秀清在天京大权独揽，许多太平天国将领都对他心存不满，洪宣娇看准世态人心，着力从中连络，很快联合了一批反杨势力，其中包括天后的弟弟赖汉英副丞祖、燕王秦日纲、殿前丞相罗琼树等。由于东王势力强大，这批人还不敢轻举妄动，所以洪宣娇又唆使赖汉英密陈天王说：“东王传功称骄，有篡权之疑，不如趁早防备，否则后悔就来不及了！”这时恰好天王洪秀全对东王杨秀清自称“万岁”之事心存芥蒂，经赖汉英一鼓动，还真的动了惩治东王之心，于是密召北王韦昌辉回京共图大事。
北王从安徽战地匆匆赶回天京，这期间洪宣娇一改常态，主动地出入东王府，对杨秀清表现得特别爇络，杨秀清喜出望外，还以为她已不计前嫌了呢！听说北王返京，洪宣娇提议由杨秀清出面为他举办一次盛大的洗尘宴，杨秀清欣然应允。
这一天，东王府里大摆筵席，客人几乎囊括了太平天国的所有在京将领。事先，经洪宣娇安排，赖汉英带领亲兵上万人埋伏在东王府四周，罗琼树、秦日纲、韦昌辉等人都是有备赴宴。酒酣耳爇之际，大家把臂言欢，气氛和乐；洪宣娇悄悄向韦昌辉递了个眼色，韦昌辉放下酒杯，“霍”地站起身，还没等东王府的人明白是怎么回事，他已飞快地拔出腰刀，一刀直刺入东工杨秀清的胸膛，用力甚猛，刀直从后背穿出。这一下，东王府顿时乱成受惊的蚂蚁窝，赖汉英指挥着伏兵冲进府来，东王府的亲兵拔刀相拒，双方整整厮杀了一天，才以东王府势力彻底杀尽而结束，最后还放火烧毁了东王府。乱战之中，秦日纲不幸丧身。
从这里开始，天平天国内部的争斗厮杀正式拉开了序幕，接下来，韦昌辉杀死了翼王石达开一家老小，天玉又除韦昌辉以拢络翼王，翼王却终究离开了天王洪秀全。经过这样一番砍砍杀杀，太平天国元气大损，最后，诸王中只剩下忠王李秀成，毕竟独立难撑。到同治六年六月，清军终于攻破天京城，轰轰烈烈的太平天国宣告结束。
据说天京城破之日，洪宣娇乔装成民妇，随着逃难的人群到了上海，而后又辗转随同洋传教士远渡美国，在美国旧金山一带开业行医，至今那里还流传着许多关于洪宣娇的传说呢！