冬十月戊辰朔，允杨岳斌回籍省亲，并募勇赴甘。命刑部尚书绵森、户部侍郎吴廷栋往治察哈尔狱。己巳，改乌鲁木齐提督文祥名为文祺。辛未，褫将军常清职，命明绪代之，以联捷为参赞大臣。命武隆阿统援救乌鲁木齐各军，节制领队大臣以下。壬申，鲍超军击贼大捷，赏双眼花翎。席宝田军获贼酋洪仁囗等。皖南北肃清。乙亥，回匪陷乌鲁木齐满城及绥来，都统平瑞等死之。哈密汉、回乱。命保恒署乌鲁木齐都统，李鸿章署两江总督，吴棠署江苏巡抚，富明阿署漕运总督。戊寅，获洪福瑱于石城，诛之。赏枕葆桢一等轻车都尉。封鲍超一等子。论恢复全浙功，封左宗棠一等伯，赏蒋益澧骑都尉。粤匪陷瑞金，旋复之。庚辰，粤匪陷漳州、龙岩、南靖、武平，按察使张运兰等死之。刘蓉分军守邠州等处。乙酉，明谊与俄使换分界约，科布多城卡外蒙古，阿尔泰淖尔乌梁海均属俄。给鲍超假，所部宋国永等军援闽，归左宗棠节制。丁亥，雷正绾军克莲花城，赏曹克忠黄马褂。僧格林沁剿贼大捷，赏郭宝昌等黄马褂，贼首马融和以众降。己丑，四川援军复仁怀。庚寅，粤匪陷平和。辛卯，陷嘉应、大埔。丙寅，谕曾国藩仍驻金陵，李鸿章等回本任。是月，免河南信阳等处被扰额赋，浙江西安等县逋赋。
十一月己亥，豁江宁所属粮赋三年。壬寅，回匪陷河州。癸卯，筑濮州金隄。乙巳，文祺、伯锡尔剿平哈密回。己酉，免江苏历年州县摊赔银两，永禁派摊名目。壬子，沈葆桢请饬援闽，兼防贼回窜。甲寅，粤军复武平，命闽、浙、赣军会剿，毋纵入海。回匪陷阿克苏、乌什，办事大臣富珠哩、文兴等死之。癸亥，僧格林沁击襄、枣窜匪不利，发、捻各匪遂窜邓州。甲子，谕饬刘连捷、刘铭传各军前进，归僧格林沁调遣。乙丑，雷正绾等军剿败固原回匪。丙寅，文祺等剿巴里坤回匪，平之。回匪陷库尔喀喇乌苏，伊犁戒严。丁卯，满庆言汪曲结布卒，请赏青饶汪曲诺们罕名号，协理西藏商上事务，允之。是月，免江苏上元等县被扰逋赋。
十二月戊辰朔，闽军剿漳州匪失利，林文察等死之。己巳，命吴棠仍兼管江北事务。庚午，肇庆客匪平。都兴阿等军克清水堡。甲戌，停河南例贡枣实。筑浙江海塘。乙亥，回匪陷金县。曹克忠军克盐关。戊寅，伊犁官军败绩，领队大臣托克托奈等死之。允明绪请借俄兵助剿。己卯，济木萨官军失利。庚辰，予诸暨义民包立身等优恤。允吴棠请，试行河运。乙酉，陶茂林军复金县。丙戌，戍李元度军台。己丑，僧格林沁移军宝丰剿贼，胜之。甲午，官军剿回匪大捷，伊犁解围，赏明绪黄马褂。是月，免浙江瑞安被扰逋赋，江苏太仓等州厅县，淮安等卫被扰灾赋。
是岁，朝鲜、琉球入贡。
四年乙丑春正月丁酉朔，官军克静宁贼巢。回匪陷古城汉城。庚子，巴彦岱城被围，官军不利。释陈孚恩、乐斌，命襄办伊犁兵饟事。壬寅，从曾国藩请，调刘铭传军赴闽，鲍超募川军赴甘。追予死事道员何桂珍、知州刘腾鸿、游击毕金科谥。甲辰，乌鲁木齐提督文祺卒于巴里坤。回匪陷木垒等处。丁未，张集馨以罪褫职。复已革提督马德昭原官。平、固回匪窜扰灵台及沠阳、陇州。戊申，命伯锡尔署哈密帮办大臣。辛亥，台湾会匪平。甲寅，粤匪陷永定、云霄。丙辰，复设淮扬河务兵备道，改设徐海河务兵备道。丁巳，粤、捻并窜鲁山，护军统领恒龄等死之。癸亥，回匪陷济木萨。甲子，黔匪陷定番，旋复之，又陷黔西。乙丑，回匪窜永昌。
二月辛未，以蒙兵援古城，战不利，谕撤已调各兵均回旗。壬申，陕军败回匪于醴泉，命胡中和总统进剿。戊寅，以云南临安官绅不附回逆，谕嘉之。己卯，允沈葆桢假归省。癸未，以直隶诸省雷雹灾异，诏修省。雷正绾军复克固原等处。贵州参将曹元兴谋逆，伏诛。甲申，长阳土匪平。丙戌，复永定、龙岩。武隆额等军援巴彦岱城，失利。己丑，黔西匪陷大定。苗匪陷天柱、古州。以马如龙、岑毓英肃清曲靖、寻甸，擒斩逆首马联升等，奖叙有差。癸巳，福建官军剿李世贤、汪海洋各股于古田、漳州，大捷。
三月丁酉，以田兴恕玩视军务，惨杀教民，遣戍新疆。辛丑，陶茂林剿平郭家驿等处回匪。谕僧格林沁“驻军指挥调度，勿轻临前敌，致蹈危机”。壬寅，恭亲王罢军机，撤议政。命文祥等办总理各国事务衙门事宜。粤匪陷诏安，知县赵人成死之。癸卯，凉州回众叛，剿平之。允英、法在江宁通商。命鲍超筹备西征，准专奏。惇亲王言恭亲王被参不实，下王公、大学士等详议以闻。乙巳，塔城回乱。锡霖乞病，罢之，命赴伊犁，由明绪调遣。提督谭胜达以剋扣勇粮褫职，仍命赴鲍超军。以武隆额署塔尔巴哈台参赞大臣。丁未，巴里坤领队大臣色普诗新以兵援古城，遇贼，失利，死之。己酉，闽军败汀州、连城踞贼。庚戌，甘军击退古浪、平番回匪。辛亥，从王大臣请，命恭亲王仍在内廷行走，并管总理各国事务衙门。丙辰，谕官文简汰兵、勇。己未，命杨岳斌赴甘。沈葆桢丁母忧，诏夺情署江西巡抚。辛酉，西宁回匪复叛，陷大通。壬戌，桂军复永淳。癸亥，命毛昶熙回京。是春，免直、苏、皖、赣灾扰诸处额赋及逋课。
夏四月乙丑朔，禁热河围场垦红椿内地。肃州回匪踞嘉峪关，围州城，抚彝回匪亦起。丁卯，彭玉麟疏辞漕督，请专办水师，允之。留吴棠漕运总督任，办清、淮防务。己巳，官军复盐茶厅，免已革提督成瑞罪。庚午，回匪陷古城，领队大臣惠庆等死之。乙亥，台湾肃清。丁丑，黔军复玉屏、天柱。命恭亲王仍直军机，毋复议政。甘州回匪陷永固堡。壬午，粤匪再陷沭、宿。霆军十八营不原西征，溃于金口。止鲍超西征，命招集溃勇赴闽剿贼。乙酉，宁夏官军剿贼大捷。丙戌，粤、捻并回窜兖、济，命刘铭传赴直隶设防。己丑，赐崇绮等二百六十五人进士及第出身有差。壬辰，以山东贼势蔓延，命曾国藩出省督师，会僧格林沁军南北合击。癸巳，僧格林沁剿贼于菏泽南吴家店，失利，与内阁学士全顺、总兵何建鳌等均死之。事闻，辍朝三日，特予配飨太庙。命曾国藩督师剿贼，李鸿章署两江总督。
五月乙未朔，谕成禄进剿肃州踞匪。霆营叛勇由江西窜福建。粤、捻并窜开州、东明。丙申，陶茂林军溃，回匪围安定，兰州戒严。戊戌，命曾国藩节制直、豫、鲁三省军防。甘肃溃勇窜扰陕西。乙巳，免李元度遣戍。丁未，粤、捻并渡运河，东窜济宁、兖、泰。戊申，严谕盛京、吉林剿办马贼。己酉，以剿贼无功，褫官文、张之万、毛昶熙职，均留任，并撤官文宫衔。趣鲍超赴江西。辛亥，命侍读学士卫荣光赴东昌督办沿河民团。壬子，官军克漳州、南靖。允沈葆桢终制。曾国藩辞节制三省军务，不许。回匪陷肃州。粤、捻分窜丰、沛。谕整顿沿海水师。窜陕溃勇平。谕刘长佑驻直境，崇厚驻东昌，部署沿河防务。黔匪陷广顺，旋复之。甲寅，雨。粤匪围永定。乙卯，苏军复漳浦。以刘坤一为江西巡抚。庚申，以防剿迟延，褫提督刘铭传职，仍留任。杨岳斌请开缺，不允，仍命赴甘。壬戌，奇台官军复济木萨。癸亥，官军复阶州。
闰五月甲子朔，起沈葆桢督办江西防剿。乙丑，粤匪由福建窜嘉应。戊辰，粤军复平和、诏安。川军复正安。壬申，泗城匪平。甲戌，减杭、嘉、湖属漕米二十六万石。丁丑，汪海洋回窜永定，官军失利，总兵丁长胜等死之。己卯，回匪踞阜康。张总愚南窜至雉河集，谕刘铭传、吴棠等会剿。粤匪陷广东镇平。遵义匪降。丙戌，鄂尔多斯蒙兵击退花马池回匪。黔匪陷绥阳。己丑，上临僧忠亲王丧，赐奠。赏其孙那尔苏贝勒、温苏都辅国公。曾国藩驻军临淮。特克慎卒，命皂保查巴尔虎争界事，恩合为吉林将军。庚寅，以久旱，谕修省求言。癸巳，谕耆英获咎，毋庸昭雪。禁肃顺之子出仕。以耆英子庆锡鸣冤，谓其死由肃顺也。
六月甲午朔，增设安徽安庐滁和道。改凤庐颍道为凤颍六泗道，仍兼凤阳关监督。命刘长佑回保定，潘鼎新军驻济宁。丙申，甘肃民勇复嘉峪关。以安西、玉门诸县回乱，谕杨岳斌进驻兰州。己亥，申谕各省甄别牧令。壬寅，塔尔巴哈台回匪诱戕参赞锡霖等，围城，为喇嘛棍噶札拉参兵击退。调武隆额为塔尔巴哈台参赞大臣。以额腾额为叶尔羌参赞大臣。丙午，雨。论载华等办工侵蚀罪，夺载华贝子、恩弼辅国公，仍圈禁二年。己酉，沈桂芬以忧免，命曾国荃为山西巡抚。黔匪复陷天柱，扰湖南会同，劳崇光、李瀚章合剿之。黔军复黔西，在独山失利。壬子，岷州回匪乱，戕知州增启等，扰洮州。乙卯，援黔川军复正安。丁巳，奇台、哈密陷，哈密办事大臣札克当阿死之。文麟退巴里坤。谕杨岳斌、成禄、联捷军进击肃州匪。回子台吉陆布沁投诚。丁巳，御史穆缉香阿请慎选侍御仆从。谕内务府稽察有便僻侧媚者，举实严惩。是夏，免陕西、浙江、福建等州县被扰额赋，及哈密兵扰粮课。
秋七月癸亥朔，谕刘蓉严防定边、鄜、延、邠、陇，杨岳斌防范回酋赫明堂。甲子，回匪陷巴燕岱，伊犁领队大臣穆克登额等死之。褫助逆伯克都鲁素等职。官军复库尔喀喇乌苏。命布尔和德署领队大臣，援塔城。雷正绾各军攻金积堡失利，退至韦州。丁卯，武隆额剿礼拜寺回逆，平之。黔匪陷石阡，知府严谨阵没，官军旋复其城。癸酉，命董恂、崇厚为全权大臣，办理商约事务。己卯，赏科尔沁亲王伯彦那谟祜世袭博多勒噶台亲王号。壬午，御史蔡寿祺以妄言褫职。黔匪陷大定，旋复之。己丑，奉天马贼扰遵化、蓟州，罢玉明，予严议。以恩合署盛京将军。换荷兰约。庚寅，谕禁法教士干预军事。壬辰，陈国瑞罢帮办军务。