冬十月辛酉朔，诏天气渐寒，暂缓回銮。以田兴恕为贵州提督。予阵亡提督周天受、周天培世职，建祠予谥，附祀道员福咸等。壬戌，以刘源灏为云贵总督，邓尔恒为贵州巡抚。甲子，敕文谦、恒祺办理通商事宜，吴廷栋督办防务。以文安为湖南提督。以冯子材督办镇江军务。丙寅，恭亲王奕奏换俄人和约，请用御宝，从之。辛未，俄罗斯致枪炮。癸酉，敕乐斌、英桂回任。庚辰，以严树森为河南巡抚，毛昶熙督办河南捻匪。辛巳，命都兴阿督办江北军务，李若珠副之。以总兵田在田接办徐、宿剿匪，淮徐道吴棠帮同办理。
十一月辛卯，胜保奏以大顺广道联英专办河防，准其奏报，从之。癸巳，翁同书奏陈谨天戒，固邦本，收人才，练京营，争形势。得旨：“收人才一条，利少弊多。馀留览。”甲午，浙江贼陷新城、临安、富阳。乙未，王梦龄奏剿贼获胜，三河肃清，并请节制黄开榜水师，从之。庚子，曾国藩奏鲍超等克复黟县。辛丑，李若珠乞养亲，以曾秉忠代之。癸卯，以杭州解严，优赉瑞昌、王有龄等。瑞昌奏陈庆端力保浙疆，请加优奖。得旨：“不分畛域，皆尔大吏分内之事。甄叙督抚，出自朝旨，非汝所得擅请。”戊申，命成琦会景惇查勘俄罗斯东界。癸卯，浙军张玉良攻复严州。甲寅，官文、胡林翼奏陈玉成图犯怀、桐，多隆阿会合李续宜迎剿，大败之，杀贼万馀。多隆阿赐黄马褂，李续宜加二品衔。
十二月辛酉，命西凌阿、国瑞帮办僧格林沁军务。丙寅，命张亮基留办云南军务。己巳，始置总理各国通商事务衙门，命恭亲王奕、桂良、文祥管理。以崇厚充三口通商大臣，薛焕兼办上海等处通商事务。准旗人学习外国语言文字。己巳，以田兴恕为钦差大臣，督办贵州军务。丙子，左宗棠奏督军克复江西德兴、安徽婺源，予三品京卿。乙酉，以官文、周祖培为大学士，肃顺协办大学士，沈兆霖为户部尚书，朱凤标为兵部尚书。戊子，祫祭太庙。
是岁，免江苏、浙江、安徽三省额赋逋赋，又直隶、山东、河南、江西、湖北、湖南、福建、广西等省四百一州县卫被灾、被贼额赋有差。会计天下民数二万六千零九十二万四千六百七十五名口，存仓穣数五百二十三万一千九百二十石四斗六升五合一勺。朝鲜入贡。
十一年辛酉，上在木兰。春正月庚寅朔，上御绥成殿受贺。辛酉，诏二月十三日回銮。乙未，曾国藩奏杨载福剿贼，克都昌，解南陵围。田在田奏捻匪犯砀山，击走之，加提督衔。丙申，召翁同书来京，以李续宜为安徽巡抚。丁酉，以福济为成都将军。辛丑，贼陷孝丰，杭州戒严。壬寅，诏：“纪年开秩，应予特赦，非常赦所不原者咸减除之。”癸卯，左宗棠兵复饶州暨都梁。乙巳，恒福以病免，以文煜为直隶总督，谭廷襄为山东巡抚，邓尔恒为陕西巡抚，何冠英署贵州巡抚。丁未，僧格林沁奏捻匪窜入山东，派队追剿，及于菏泽，失利。得旨：“僧格林沁督带重兵，北地倚为屏障。乃以饥疲之卒，追方张之寇，旁无援应，宜其败也。勇往有馀，未能持重。尚其汰兵选将，扼要严防，谋定后动，勿再轻进。”戊申，诏袁甲三等：“捻匪裹胁良民，未便概行诛戮，可剀切晓谕，设法解散。投诚者免罪，杀贼者叙功。并传知李世忠一体招抚。”辛亥，贵州官军克复独山。壬子，翁同书奏陈抚练苗沛霖劫扰寿州，跋扈异常。诏李续宜酌办。河南捻匪窜扰东明、长垣。
二月己未朔，云南官军克复晋宁。壬戌，复置奉天金州水师营。丙寅，诏准山东抵还法国教堂地基，并敕直省遇有交涉，即行酌办请旨，勿许推诿。丁卯，张玉良军克复江山、常山。庚午，曾国藩奏左宗棠败贼于景德镇，鲍超败贼于石门洋塘。壬申，浙军克复富阳。热河朝阳盗匪陷城，命克兴阿剿之。命明谊、明绪会勘俄界，英蕴、奎英办理俄人通商。捻匪扑汶河，副都统伊兴阿、总兵滕家胜逆战阵殁。乙亥，陈玉成纠合捻匪由英山犯湖北蕲水，诏胡林翼回兵击之。庚辰，诏曰：“前经降旨，订日回銮。旬日以来，体气未复。绥俟秋间再降谕旨。”壬午，朝鲜国王遣使朝觐行在。温谕止之，颁赐文绮、珍器，及其使臣。癸未，诏挑选兵丁演习俄国送到枪炮。甲申，裁撤黑龙江团丁归农。
三月己丑朔，诏派办约大臣崇纶、崇厚给与全权便宜行事。敕侍郎成琦赴兴凯湖会勘俄人分界事宜。予道员联捷四品京卿，办理河防。壬辰，恭亲王奕请赴行在祗叩起居。上手诏答之曰：“别经半载，时思握手而谈。惟近日欬嗽不止，时有红痰，尚须静摄，未宜多言。且俟秋间再为面话。”丙申，诏皇长子于四月七日入学，以李鸿藻充师傅。戊戌，都兴阿奏镇、扬水师船只年久损坏，请饬广东购运红单船应用，从之。庚子，命胜保督办直隶、山东剿匪。以贾臻署安徽巡抚。庚戌，英、法两国兵退出广东省城。辛亥，以前大学士彭蕴章署兵部尚书。甲寅，浙江贼陷海盐、平湖、乍浦，副都统锡龄阿死之。丙辰，广西土匪陷太平府、养利州。
夏四月己未朔，严树森奏贼犯汝宁，道员张曜击走之。戊辰，山东捻匪、教匪连陷馆陶七县。僧格林沁入滕县固守，诏胜保分兵援之。甲戌，诏曰：“朕闻各处办捐，有指捐、借捐、炮船捐、亩捐、米捐、饟捐、堤工捐、船捐、房捐、盐捐、板捐、活捐，名目滋多，员司猥杂。其实取民者多，归公者寡。近年军锜浩繁，不得已而借资民力商力。然必涓滴归公，撙节动用，始得实济。若似此徵求无艺，杒薄民生，尚复成何政体。各大臣、督抚，尚其严密稽查，剔除奸蠹，以副朕意。”乙亥，左宗棠败贼于乐平。庚辰，山东教匪扑围大名，联捷击走之。癸未，皖贼复窜浙江，陷常山、江山，进偪衢州。
五月癸巳，田在田奏苗练犯符离，敕僧格林沁分兵援之。甲午，邓尔恒被戕于曲靖。饬刘源灏查办。以瑛棨为陕西巡抚。庚子，胜保奏克复馆陶。辛丑，命贾臻、李世忠帮办袁甲三军务。甲辰，命多隆阿帮办官文、胡林翼军务。乙巳，贼陷浙江寿昌、金华、龙游、汤豨、长兴，进陷兰豨、武义。诏催左宗棠赴援。
六月戊午朔，日有食之。庚申，曾国藩、胡林翼奏：“安庆省城自我军长围，逆酋陈玉成率党回援安庆，于集贤关外赤冈岭坚筑四垒。经鲍超、成大吉会合多隆阿马队奋力进剿，昼夜轰击。五月初一日，三垒俱降。释去胁从，将长发老贼概行正法。其踞第一垒之贼刘沧琳，乘夜潜遁。经鲍超歼于马踏石，馀为水师斩戮殆尽，并将刘沧琳验明支解枭示。”得旨嘉奖。布鲁斯亚国换约通商。辛酉，许俄人在库伦、恰克图通商。乙丑，钦天监奏八月初一日，日月合璧，五星联珠。得旨，不必宣付史馆。甲戌，贼陷浙江遂昌、松阳、永康。丙子，回匪扑扰喀什噶尔。诏景廉赴阿克苏防剿。丙戌，浙江官军克复长兴。
秋七月丁亥，诏每年秋间王公致祭两陵，如遇山水涨发，可在途守候道路通时，即行前往。届期不到，由守护之贝勒、公等行礼。甲午，曾国藩奏收复安徽徽州。戊戌，予四川阵亡侍卫昭勇侯杨炘建祠。
辛丑，上不豫。壬寅，上大渐，召王大臣承写朱谕，立皇长子为皇太子。癸卯，上崩于行宫，年三十一。十月，奉移梓宫至京。十二月，恭上尊谥。同治四年九月，葬定陵。
论曰：文宗遭阳九之运，躬明夷之会。外强要盟，内孽竞作，奄忽一纪，遂无一日之安。而能任贤擢材，洞观肆应。赋民首杜烦苛，治军慎持驭索。辅弼充位，悉出庙算。乡使假年御宇，安有后来之伏患哉？