初，刘仁轨引兵自熊津还，扶馀隆畏新罗之逼，不敢留，寻亦还朝。二月，丁巳，以工部尚书高藏为辽东州都督，封朝鲜王，遣归辽东，安辑高丽馀众；高丽先在诸州者，皆遣与藏俱归。又以司农卿扶馀隆为熊津都督，封带方王，亦遣归安辑百济馀众，仍移安东都护府于新城以统之。时百济荒残，命隆寓居高丽之境。藏至辽东，谋叛，潜与靺韍通；召还，徙邛州而死，散徙其人于河南、陇右诸州，贫者留安东城傍。高丽旧城没于新罗，馀众散入靺韍及突厥，隆亦竟不敢还故地，高氏、扶馀氏遂亡。
三月，癸亥朔，以郝处俊、高智周并为左庶子，李义琰为右庶子。
夏，四月，左庶子张大安同中书门下三品。大安，公谨之子也。
诏以河南、北旱，遣御史中丞崔谧等分道存问赈给。侍御史宁陵刘思立上疏，以为：“今麦秀蚕老，农事方殷，敕使抚巡，人皆竦扌卞，忘其家业，冀此天恩，聚集参迎，妨废不少。既缘赈给，须立簿书，本欲安存，更成烦扰。望且委州县赈给，待秋深务闲，出使褒贬。”疏奏，谧等遂不行。
五月，吐蕃寇扶州之临河镇，擒镇将杜孝升，令赍书说松州都督武居寂使降，考升固执不从。吐蕃军还，舍孝升而去，孝升复帅馀众拒守。诏以孝升为游击将军。
秋，八月，徙周王显为英王，更名哲。
命刘仁轨镇洮河军。冬，十二月，乙卯，诏大发兵讨吐蕃。
诏以显庆新礼，多不师古，其五礼并依《周礼》行事。自是礼官益无凭守，每有大礼，临时撰定。
仪凤三年戊寅，公元六七八年春，正月，辛酉，百官及蛮夷酋长朝天后于光顺门。
刘仁轨镇洮河，每有奏请，多为李敬玄所抑，由是怨之。仁轨知敬玄非将帅才，欲中伤之，奏言：“西边镇守，非敬玄莫可。”敬玄固辞，上曰：“仁轨须朕，朕亦自往，卿安得辞！”丙子，以敬玄代仁轨为洮河道大总管兼安抚大使，仍检校鄯州都督。又命益州大都督府长史李孝逸等发剑南、山南兵以赴之。孝逸，神通之子也。
癸未，遣左金吾将军曹怀舜等分往河南、北募猛士，不问布衣及仕宦。
夏，四月，戊申，赦天下，改来年元为通乾。
五月，壬戌，上幸九成宫。丙寅，山中雨，大寒，从兵有冻死者。
秋，七月，李敬玄奏破吐蕃于龙支。
上初即位，不忍观《破阵乐》，命撤之。辛酉，太常少卿韦万石奏：“久寝不作，惧成废缺。请自今大宴会复奏之。”上从之。
九月，辛酉，车驾还京师。
上将发兵讨新罗，侍中张文瓘卧疾在家，自舆入见，谏曰：“今吐蕃为寇，方发兵西讨；新罗虽云不顺，未尝犯边，若又东征，臣恐公私不堪其弊。”上乃止。癸亥，文瓘薨。
丙寅，李敬玄将兵十八万与吐蕃将论钦陵战于青海之上，兵败，工部尚书、左卫大将军彭城僖公刘审礼为吐蕃所虏。时审礼将前军深入，顿于濠所，为虏所攻，敬玄懦怯，按兵不救。闻审礼战没，狼狈还走，顿于承风岭，阻泥沟以自固，虏屯兵高冈以压之。左领军员外将军黑齿常之，夜帅敢死之士五百人袭击虏营，虏众溃乱，其将跋地设引兵遁去，敬玄乃收馀众还鄯州。
审礼诸子自缚诣阙，请入吐蕃赎其父；敕听次子易从诣吐蕃省之。比至，审礼已病卒，易从昼夜号哭不绝声；吐蕃哀之，还其尸，易从徒跣负之以归。上嘉黑齿常之之功，擢拜左武卫将军，充河源军副使。
李敬玄之西征也，监察御史原武娄师德应猛士诏从军，及败，敕师德收集散亡，军乃复振。因命使于吐蕃，吐蕃将论赞婆迎之赤岭。师德宣导上意，谕以祸福，赞婆甚悦，为之数年不犯边。师德迁殿中侍御史，充河源军司马，兼知营田事。
上以吐蕃为忧，悉召侍臣谋之，或欲和亲以息民；或欲严设守备，俟公私富实而讨之；或欲亟发兵击之。议竟不决，赐食而遣之。
太学生宋城魏元忠上封事，言御吐蕃之策，以为：理国之要，在文与武。今言文者则以辞华为首而不及经纶，言武者则以骑射为先而不知方略，是皆何益于理乱哉！故陆机著《辨亡》之论，无救河桥之败，养由基射穿七札，不济鄢陵之师，此已然之明效也。古语有之：‘人无常俗，政有理乱；兵无强弱，将有巧拙。’故选将当以智略为本，勇力为末。今朝廷用人，类取将门子弟及死事之家，彼皆庸人，岂足当阃外之任！李左车、陈汤、吕蒙、孟观，皆出贫贱而立殊功，未闻其家代为将也。
夫赏罚者，军国之切务，苟有功不赏，有罪不诛，虽尧、舜不能以致理。议者皆云：‘近日征伐，虚有赏格而无事实。’盖由小才之吏不知大体，徒惜勋庸，恐虚仓库。不知士不用命，所损几何！黔首虽微，不可欺罔。岂得悬不信之令，设虚赏之科，而望其立功乎！自苏定方征辽东，李勣破平壤，赏绝不行，勋仍淹滞，不闻斩一台郎，戮一令史，以谢勋人。大非川之败，薛仁贵、郭待封等不即重诛，向使早诛仁贵等，则自馀诸将岂敢失利于后哉！臣恐叶蕃之平，非旦夕可冀也。
“又，出师之要，全资马力。臣请开畜马之禁，使百姓皆得畜马；若官军大举，委州县长吏以官钱增价市之，则皆为官有。彼胡虏恃马力以为强，若听人间市而畜之，乃是损彼之强为中国之利也。”先是禁百姓畜马，故元忠言之。上善其言，召见，令直中书省，仗内供奉。
冬，十月，丙午，徐州刺史密贞王元晓薨。
十一月，壬子，黄门侍郎、同中书门下三品来恒薨。
十二月，诏停来年通乾之号，以反语不善故也。
调露元年己卯，公元六七九年春，正月，己酉，上幸东都。
司农卿韦弘机作宿羽、高山、上阳等宫，制度壮丽。上阳宫临洛水，为长廊亘一里。宫成，上移御之。侍御史狄仁杰劾奏弘机导上为奢泰，弘机坐免官。左司郎中王本立恃恩用事，朝廷畏之。仁杰奏其奸，请付法回，上特原之，仁杰曰：“国家虽乏英才，岂少本立辈！陛下何惜罪人，以亏王法。必欲曲赦本立，请弃臣于无人之境，为忠贞将来之诫！”本立竟得罪，由是朝廷肃然。
庚戌，右仆射、太子宾客道恭公戴至德薨。
二月，壬戌，吐蕃赞普卒，子器弩悉弄立，生八年矣。时器弩悉弄与其舅黮萨若诣羊同发兵，有弟生六年，在论钦陵军中。国人畏钦陵之强，欲立之，钦陵不可，与萨若共立器弩悉弄。
上闻赞普卒，嗣主未定，命裴行俭乘间图之。行俭曰：“钦陵为政，大臣辑睦，未可图也。”乃止。
夏，四月，辛酉，郝处俊为侍中。
偃师人明崇俨，以符咒幻术为上及天后重，官至正谏大夫。五月，壬午，崇俨为盗所杀，求贼，竟不得。赠崇俨侍中。
丙戌，命太子监国。太子处事明审，时人称之。
戊戌，作紫桂宫于渑池之西。
六月，辛亥，赦天下，改元。
初，西突厥十姓可汗阿史那都支及其别帅李遮匐与吐蕃连和，侵逼安西，朝议欲发兵讨之。吏部侍郎裴行俭曰：“吐蕃为寇，审礼覆没，干戈未息，岂可复出师西方！今波斯王卒，其子泥洹师为质在京师，宜遣使者送归国，道过二虏，以便宜取之，可不血刃而擒也。”上从之，命行俭册立波斯王，仍为安抚大食使。行俭奏肃州刺史王方翼以为己副，仍令检校安西都护。
秋，七月，己卯朔，诏以今年冬至有事于嵩山。
初，裴行俭尝为西州长史，及奉使过西州，吏人郊迎，行俭悉召其豪杰子弟千馀人自随，且扬言天时方热，未可涉远，须稍凉乃西上。阿史那都支觇知之，遂不设备。行俭徐召四镇诸胡酋长谓曰：“昔在西州，纵猎甚乐，今欲寻旧赏，谁能从吾猎者？”诸胡子弟争请从行，近得万人。行俭阳为畋猎，校勒部伍，数日，遂倍道西进。去都支部落十馀里，先遣都支所亲问其安否，外示闲暇，似非讨袭，续使人促召相见。都支先与李遮匐约，秋中拒汉使，猝闻军至，计无所出，帅其子弟迎谒，遂擒之。因传其契箭，悉召诸部酋长，执送碎叶城。简其精骑，轻赍，昼夜进掩遮匐，途中，获都支还使与遮匐使者同来；行俭释遮匐使者，使先往谕遮匐以都支已就擒，遮匐亦降。于是囚都支、遮匐以归，遣波斯王自还其国，留王方翼于安西，使筑碎叶城。
冬，十月，单于大都护府突厥阿史德温傅、奉职二部俱反，立阿史那泥熟匐为可汗，二十四州酋长皆叛应之，众数十万。遣鸿胪卿单于大都护府长史萧嗣业、右领军卫将军花大智、右千牛卫将军李景嘉等将兵讨之。嗣业等先战屡捷，因不设备；会大雪，突厥夜袭其营，嗣业狼狈拔营走，众遂大乱，为虏所败，死者不可胜数。大智、景嘉引步兵且行且战，得入单于都护府。嗣业减死，流桂州，大智、景嘉并免官。
突厥寇定州，刺史霍王元轨命开门偃旗，虏疑有伏，惧而宵遁。州人李嘉运与虏通谋，事泄，上令元轨穷其党与，元轨曰：“强寇在境，人心不安。若多所逮系，是驱之使叛也。”乃独杀嘉运，馀无所问，因自劾违制。上览表大喜，谓使者曰：“朕亦悔之，向无王，失定州矣。”自是朝廷有大事，上多密敕问之。
壬子，遣左金吾卫将军曹怀舜屯井陉。右武卫将军崔献屯龙门，以备突厥。突厥扇诱奚、契丹侵掠营州，都督周道务遣户曹始平唐休瓃将兵击破之。
庚申，诏以突厥背诞，罢封嵩山。
癸亥，吐蕃文成公主遣其大臣论塞调傍来告丧，并请和亲，上遣郎将宋令文诣吐蕃会赞普之葬。
十一月，戊寅朔，以太子左庶子、同中书门下三品高智周为御史大夫，罢知政事。