玄移还上宫，召侍官皆入止省中；加扬州刺史新安王桓谦征讨都督，以殷仲文代桓修为徐、兖二州刺史。谦等请亟遣兵击裕，玄曰：“彼兵锐甚，计出万死，若有蹉跌，则彼气成而吾事去矣；不如屯大众于覆舟山以待之。彼空行二百里，无所得，锐气已挫，忽见大军，必惊愕；我按兵坚阵，勿与交锋，彼求战不得，自然散走，此策之上也。”谦等固请击之，乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继北上。玄忧惧特甚。或曰：“裕等乌合微弱，势必无成，陛下何虑之深！”玄曰：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅；共举大事，何谓无成！”
南凉王傉檀畏秦之强，乃去年号，罢尚书丞郎官，遣参军关尚使于秦。秦王兴曰：“车骑献款称藩，而擅兴兵造大城，岂为臣之道乎？”尚曰：“王公设险以守其国，先王之制也。车骑僻在遐藩，密迩勍寇，盖为国家重门之防，不图陛下忽以为嫌。”兴善之。傉檀求领凉州，兴不许。
初，袁真杀朱宪，宪弟绰逃奔桓温。温克寿阳，绰辄发真棺，戮其尸。温怒，将杀之，桓冲请而免之。绰事冲如父，冲薨，绰呕血而卒。刘裕克京口，以绰子龄石为建武参军。三月，戊午朔，裕军与吴甫之遇于江乘。将战，龄石言于裕曰：“龄石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在军后。”裕义而许之。甫之，玄骁将也，其兵甚锐。裕手执长刀，大呼以冲之，众皆披靡，即斩甫之，进至罗落桥。皇甫敷帅数千人逆战，宁远将军檀赁之败死。裕进战弥厉，敷围之数重，裕倚大树挺战。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟将刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕党俄至，射敷中额而踣，裕援刀直进。敷曰：“君有天命，以子孙为托。”裕斩之，厚抚其孤。裕以檀凭之所领兵配参军檀祗。祗，凭之之从子也。
玄闻二将死，大惧，召诸道术人推算及为厌胜。问群臣曰：“朕其败乎？”吏部郎曹靖之对曰：“民怨神怒，臣实惧焉。”玄曰：“民或可怨，神何为怒？”对曰：“晋氏宗庙，飘泊江滨，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不谏？”对曰：“辇上君子皆以为尧、舜之世，臣何敢言！”玄默然。使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中、后将军卞范之屯覆舟山西，众合二万。
己未，裕军食毕，悉弃其馀粮，进至覆舟山东，使羸弱登山，张旗帜为疑兵，数道并前，布满山谷。玄侦候者还，云“裕军四塞，不知多少。”玄益忧恐，遣武卫将军庾赜之帅精卒副援诸军。谦等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有斗志。裕与刘毅等分为数队，进突谦陈；裕以身先之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。时东北风急，因纵火焚之，烟炎慻天，鼓噪之音震动京邑，谦等诸军大溃。
玄时虽遣军拒裕，而走意已决，潜使领军将军殷仲文具舟于石头；闻谦等败，帅亲信数千人，声言赴战，遂将其子昻，兄子浚出南掖门。遇前相国参军胡藩，执马鞚谏曰：“今羽林射手犹有八百，皆是义战，西人受累世之恩，不驱令一战，一旦舍此，欲安之乎！”玄不对，但举策指天，因鞭马而走，西趋石头，与仲文等浮江南走。经日不食，左右进粗饭，玄咽不能下，昻抱其胸而抚之，玄悲不自胜。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕于马上抱方回与仲德对哭。追赠元德给事中，以仲德为中军参军。裕止桓谦故营，遣刘钟据东府。庚申，裕屯石头城，立留台百官，焚桓温神主于宣阳门外，造晋新主，纳于太庙。遣诸将追玄，尚书王嘏帅百官奉迎乘舆，诛玄宗族在建康者。裕使臧熹入宫，收图书、器物，封闭府库；有金饰乐器，裕问熹：“卿得无欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，劬劳王家，虽复不肖，实无情于乐。”裕笑曰：“聊以戏卿耳。”熹，焘之弟也。
壬戌，玄司徒王谧与众议推裕领扬州，裕固辞，乃以谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，谧推裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
裕始至建康，诸大处分皆委于刘穆之，仓猝立定，无不允惬。裕遂托以腹心，动止咨焉；穆之亦竭节尽诚，无所遣隐。时晋政宽驰，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙，重以司马元显政令违舛。桓玄虽欲厘整，而科条繁密，众莫之从。穆之斟酌时宜，随方矫正；裕以身范物，先以威禁；内外百官皆肃然奉职，不盈旬日，风俗顿改。
初，诸葛长民至豫州，失期，不得发。刁逵执长民，槛车送桓玄。至当利而玄败，送人共破槛出长民，还趣历阳。逵弃城走，为其下所执，斩于石头，子侄无少长皆死，唯赦其季弟给事中骋。逵故吏匿其弟子雍送洛阳，秦王兴以为太子中庶子。裕以魏咏之为豫州刺史，镇历阳，诸葛长民为宣城内史。
初，裕名微位薄，轻狡无行，盛流皆不与相知，惟王谧独奇贵之，谓裕曰：“卿当为一代英雄。”裕尝与刁逵樗蒲，不时输直，逵缚之马枊。谧见之，责逵而释之，代之还直。由是裕深憾逵而德谧。
萧方等曰：夫蛟龙潜伏，鱼虾亵之。是以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安可以布衣之嫌而成万乘之隙也！今王谧为公，刁逵亡族，醻恩报怨，何其狭哉！
尚书左仆射王愉及子荆州刺史绥谋袭裕，事泄，族诛，绥弟子慧龙为僧彬所匿，得免。
魏以中土萧条，诏县户不满百者罢之。
丁卯，刘裕迁镇东府。
桓玄至寻阳，郭昶之给其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，刘毅帅何无忌、刘道规等诸军追之。玄留龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之守湓口。玄于道自作《起居注》，叙讨刘裕事，自谓经略举无遗策，诸军违节度，以致奔败。专覃思著述，不暇与群下议时事。《起居注》既成，宣示远近。
丙戌，刘裕称受帝密诏，以武陵王遵承制总百官行事，加侍中、大将军，因大赦，惟桓玄一族不宥。
刘敬宣、高雅之结青州大姓及鲜卑豪帅，谋杀南燕主备德，推司马休之为主。备德以刘轨为司空，甚宠信之。雅之欲邀轨同谋，敬宣曰：“刘公衰老，有安齐之志，不可告也。”雅之卒告之，轨不从。谋颇泄，敬宣等南走，南燕人收轨，杀之，追及雅之，又杀之。敬宣、休之至淮、泗间，闻桓玄败，遂来归，刘裕以敬宣为晋陵太守。
南燕主备德闻桓玄败，命北地王钟等将兵欲取江南，会备德有疾而止。
夏，四月，己丑，武陵王遵入居东宫，内外毕敬；迁除百官称制书，教称令书。以司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
庚寅，桓玄挟帝至江陵，桓石康纳之。玄更署置百官，以卞范之为尚书仆射。自以奔败之后，恐威令不行，乃更增峻刑罚，众益离怨。殷仲文谏，玄怒曰：“今以诸将失律，天文不利，故还都旧楚；而群小纷纷，妄兴异议！方当纠之以猛，未可施之以宽也。”荆、江诸郡闻玄播越，有上表奔问起居者，玄皆不受，更令所在贺迁新都。
初，王谧为玄佐命元臣，玄之受禅，谧手解帝玺绶；乃玄败，众谓谧宜诛，刘裕特保全之。刘毅尝因朝会，问谧玺绶所在。谧内不自安，逃奔曲阿。裕笺白武陵王，迎还复位。
桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。