然而，事情终究还是办成了，虽然无数人反对，无数人骂仗，郑贵妃还是变成了郑皇贵妃。
争得天翻地覆，该办的事还是办了，万历十四年三月，郑贵妃正式册封。这件事情的成功解决给万历留下了这样一个印象：自己想办的事情，是能够办成的。
这是一个悲剧性的判断。
然而此后，在册立太子的问题上，万历确实消停了——整整消停了四年多，当然，不闹事，不代表不挨骂。事实上，在这四年里，言官们非常尽责，他们找到了新的突破口——皇帝不上朝，并以此为契机，在雒于仁等模范先锋的带领下，继续奋勇前进。
但总体而言，小事不断，大事没有，安定团结的局面依旧。直到这历史性的一天：万历十八年（1590）正月初一。解决雒于仁事件后，申时行再次揭开了盖子：“臣等更有一事奏请。”
“皇长子今年已经九岁，朝廷内外都认为应册立为太子，希望陛下早日决定。”在万历看来，这件事比雒于仁的酒色财气疏更头疼，于是他接过了申时行刚刚用过的铁锹，接着和稀泥：
“这个我自然知道。我没有嫡子（即皇后的儿子），长幼有序，其实郑贵妃也多次让我册立长子，但现在长子年纪还小，身体也弱，等他身体强壮些后，我才放心啊。”
这段话说得很有水平，按照语文学来分析，大致有三层意思。第一层先说自己没有嫡子，是说我只能立长子，然后又讲长幼有序，是说我不会插队，但说来说去，就是不说要立谁。接着又把郑贵妃扯出来，搞此地无银三百两。最后语气一转，得出结论：虽然我只能立长子、不会插队，老婆也没有干涉此事，但考虑到儿子太小，身体太差，暂时还是别立了吧。这招糊弄别人可能还行，对付申时行就有点儿滑稽了，和了几十年稀泥，哪排得上你小子？
于是申先生将计就计，说了这样一句话：“皇长子已经九岁，应该出阁读书了，请陛下早日决定此事。”
这似乎是一件完全不相干的事情，但事实绝非如此，因为在明代，皇子出阁读书，就等于承认其为太子。申时行的用意非常明显：既然你不愿意封他为太子，那让他出去读书总可以吧，形式不重要，内容才是关键。
万历倒也不笨，他也不说不读书，只是强调人如果天资聪明，不读书也行。申时行马上反驳，说即使人再聪明，如果没有人教导，也是不能成才的。
就这样，两位仁兄从继承人问题到教育问题，你来我往，互不相让，闹到最后，万历烦了：
“我都知道了，先生你回去吧！”话说到这个份儿上，也只好回去了，申时行离开了宫殿，向自己家走去。然而，当他刚刚踏出宫门的时候，却听到了身后急促的脚步声。申时行转身，看见了一个太监，他带来了皇帝的谕令：“先不要走，我已经叫皇长子来了，先生你见一见吧。”
十几年后，当申时行在家撰写回忆录的时候，曾无数次提及这个不可思议的场景以及此后那奇特的一幕，终其一生，他也未能猜透万历的企图。
申时行不敢怠慢，即刻回到了宫中，在那里，他看见了万历和他的两个儿子，皇长子朱常洛，以及皇三子朱常洵。
但给他留下最深刻印象的，却并非这两个皇子，而是此时万历的表情。没有愤怒，没有狡黠，只有安详与平和。
他指着皇长子，对申时行说：“皇长子已经长大了，只是身体还有些弱。”
然后他又指着皇三子，说道：“皇三子已经五岁了。”接下来的，是一片沉默。
万历平静地看着申时行，一言不发，此时的他，不是一个酒色财气的昏庸之辈，不是一个暴跳如雷的使气之徒。
他是一个父亲，一个看着子女不断成长，无比欣慰的父亲。申时行知道机会来了，于是他打破了沉默：“皇长子年纪已经大了，应该出阁读书。”万历的心意似乎仍未改变：
“我已经指派内侍教他读书。”事到如今，只好豁出去了：
“皇上您在东宫的时候，才六岁，就已经读书了。皇长子此刻读书，已经晚了！”
万历的回答并不愤怒，却让人哭笑不得：“我五岁就已能读书！”
申时行知道，在他的一生中，可能再也找不到一个更好的机会，去劝服万历，于是他做出了一个惊人的举动。
他上前几步，未经许可，便径自走到了皇长子的面前，端详片刻，对万历由衷地说道：
“皇长子仪表非凡，必成大器，这是皇上的福分啊，希望陛下能够早定大计，朝廷幸甚！国家幸甚！”
万历十八年正月初一日，在愤怒、沟通、争执后，万历终于第一次露出了笑容。
万历微笑地点点头，对申时行说道：“这个我自然知道。其实郑贵妃也劝过我早立长子，以免外人猜疑，我没有嫡子，册立长子是迟早的事情啊。”这句和缓的话，让申时行感到了温暖，儿子出来了，好话也说了，虽然也讲几句什么郑贵妃支持，没有嫡子之类的屁话，但终究是表了态。形势大好，然而接下来，申时行却一言不发，行礼之后便退出了大殿。这正是他的绝顶聪明之处，点到即止，见好就收，今天先定调，后面再来。但他无论如何也想不到，这次和谐的对话，不但史无前例，而且后无来者。
“争国本”事件的严重性，将远远超出他的预料，因为决定此事最终走向的，既不是万历，也不会是他。
谈话结束后，申时行回到了家中，开始满怀希望地等待万历的圣谕，安排皇长子出阁读书。
可是一天天过去了，希望变成了失望，到了月底，他坐不住了，随即上疏，询问皇长子出阁读书的日期。这意思是说，当初咱俩谈好的事，你得守信用，给个准信。
但是万历似乎突然失忆，啥反应都没有，申时行等了几天，一句话都没有等到。既然如此，那就另出新招。几天后，内阁大学士王锡爵上疏：“陛下，其实我们不求您立刻册立太子，只是现在皇长子九岁，皇三子已五岁，应该出阁读书。”不说立太子，只说要读书，而且还把皇三子一起拉上，由此而见，王锡爵也是个老狐狸。
万历那边却似乎是人死绝了，一点儿消息也没有，王锡爵等了两个月，石沉大海。
到了四月，包括申时行在内，大家都忍无可忍了，内阁四名大学士联名上疏，要求册立太子。
尝到甜头的万历故伎重演：无论你们说什么，我都不理，我是皇帝，你们能把我怎么样？
但他实在低估了手下的这帮老油条，对付油盐不进的人，他们一向都是有办法的。
几天后，万历同时收到了四份奏疏，分别是申时行、王锡爵、许国、王家屏四位内阁大学士的辞职报告，理由多种多样，有说身体不好，有说事务繁忙、难以继任的，反正一句话：不干了。
自万历退居二线以来，国家事务基本全靠内阁，内阁一共就四个人，要是都走了，万历就得累死。
没办法，皇帝大人只好现身，找内阁的几位同志谈判，好说歹说，就差求饶了，并且当场表态，会在近期解决这一问题。
内阁的几位大人总算给了点儿面子，一番交头接耳之后，上报皇帝：病的还是病，忙的还是忙，但考虑到工作需要，王家屏大学士愿意顾全大局，继续干活。
万历窃喜。
因为这位兄弟的策略，叫拖一天是一天，拖到这帮老家伙都退了，皇三子也大了，到时木已成舟，不同意也得同意。这次内阁算是上当了。然而上当的人，是他。因为他从未想过这样一个问题：为什么留下来的，偏偏是王家屏呢？
王家屏，山西大同人，隆庆二年（1568）进士。简单地说，这是个不上道的人。王家屏的科举成绩很好，被选为庶吉士，还编过《世宗实录》，应该说是很有前途的，可一直以来，他都没啥进步。原因很简单，高拱当政的时候，他曾上疏弹劾高拱的亲戚，高首辅派人找他谈话，让他给点儿面子，他说，不行。张居正当政的时候，他搞非暴力不合作，照常上班，就是不靠拢上级。张居正刚病倒的时候，许多人都去祈福，表示忠心，有人拉他一起去，他说，不去。张居正死了，万历十二年（1584），他进入内阁，成为大学士，此时的内阁，已经有了申时行、王锡爵、许国三个人，他排第四。按规矩，这位甩尾巴的新人应该老实点儿，可他偏偏是个异类，每次内阁讨论问题，即使大家都同意，他觉得不对，就反对；即使大家都反对，他觉得对，就同意。
他就这么在内阁里硬挺了六年，谁见了都怕，申时行拿他也没办法。更有甚者，写辞职信时，别人的理由都是身体有病，工作太忙，他却别出一格，说是天下大旱，作为内阁成员，负有责任，应该辞职（久旱乞罢）。
把他留下来，就是折腾万历的。
几天后，礼部尚书于慎行上疏，催促皇帝册立太子，语言比较激烈。万历也比较生气，罚了他三个月工资。
事情的发生，应该还算正常，不正常的，是事情的结局。换在以往，申时行已经开始挥舞铁锹和稀泥了，先安慰皇帝，再安抚大臣，最后你好我好大家好，收工。相比而言，王家屏要轻松得多，因为他只有一个意见——支持于慎行。
工资还没扣，他就即刻上疏，为于慎行辩解，说了一大通道理，把万历同志的脾气活活顶了回去。但更让人惊讶的是，这一次，万历没有发火。
因为他发不了火，事情很清楚，内阁四个人，走了三个，留下来的这个，还是个二杆子，明摆着是要为难自己。而且这位坚持战斗的王大人还说不得，再闹腾一次，没准儿就走人了，到时谁来收拾这个烂摊子？
可是光忍还不够，言官大臣赤膊上阵，内阁打黑枪，明里暗里都来，比逼宫还狠，不给个说法，是熬不过去了。
几天后，一个太监找到了王家屏，向他传达了皇帝的谕令：
“册立太子的事情，我准备明年办，不要再烦（扰）我了。”王家屏顿时喜出望外，然而，这句话还没有讲完：“如果还有人敢就此事上疏，就到十五岁再说！”
朱常洛是万历十年（1582）出生的，万历发出谕令的时间是万历十八年（1590），所以这句话的意思是说，如果你们再敢闹腾，这事就六年后再办！虽然不是无条件投降，但终究还是有了个说法，经过长达五年的斗争，大臣们胜利了——至少他们自己这样认为。事情解决了，王家屏兴奋了，兴奋之余，就干了一件事。他把皇帝的这道谕令告诉了礼部，而第一个获知消息的人，正是礼部尚书于慎行。
于慎行欣喜若狂，当即上疏告诉皇帝：“此事我刚刚知道，已经通报给朝廷众官员，要求他们耐心等候。”万历气得差点儿吐了白沫。因为万历给王家屏的，并不是正规的圣旨，而是托太监传达的口谕，看上去似乎没区别，但事实上，这是一个有深刻政治用意的举动。其实在古代，君无戏言这句话基本是胡扯，皇帝也是人，时不时编个瞎话，吹吹牛，也很正常，真正说了就要办的，只有圣旨。白纸黑字写在上面，糊弄不过去。所以万历才派太监给王家屏传话，而他的用意很简单：这件事情我心里有谱，但现在还不能办，先跟你通个气，以后遇事别跟我对着干，咱们慢慢来。